亞東縣位於日喀則市東南部，北鄰康馬縣、白朗縣、崗巴縣，向南呈楔狀伸入鄰國印度和不丹之間。
位於喜馬拉雅山脈中段（北段在北麓、南段在南麓），中部是帕裡鎮裡的卓木拉日雪山，地勢是北低—中高—南低。
全縣總面積4240平方公里，其中耕地面積1.2萬畝，森林面積24萬畝，平均海拔3400米，需預防內源氧缺乏症。
全縣轄堆納鄉、吉汝鄉、帕裡鎮、康布鄉、上亞東鄉、下亞東鄉、下司馬鎮（為縣城駐地）7個鄉（鎮）、25個行政村（居）、67個自然村。縣城下司馬鎮距日喀則市區309公里，距拉薩市區580公里。2014年7月，日喀則撤地設市，亞東縣屬於日喀則市。
亞東縣境內蘊藏豐富的旅遊資源，主要有亞東溝自然風光、及“一泉兩寺、一湖一山、一草一木”即康布溫泉，東嘎寺、嘎居寺、多慶湖、卓木拉日雪山、帕裡草原、下亞東原始森林。
亞東，歷史上曾隸屬於帕裡宗，亞東早期是卓木山谷裡的一個小山村的名稱。
7世紀前，亞東縣帕裡一帶由江孜地區稱為洛昂王邦國統治。
唐貞觀三年（629年），亞東部分地方由吐蕃政權設立的行政區劃“五茹”之一“茹拉”下屬的千戶之一“措額東布瓊”管理。
15世紀，江孜地方首領帕巴貝桑布家族後裔被稱為江孜法王家族。亞東縣轄境基本在江孜法王家族的統治下。
明崇禎十五年（1642年，藏曆第十一饒迥水馬年），在帕里正式設立有帕裡宗，在亞東設立日納宗（今錫金境內）。
1964年5月江孜地區與日喀則地區合併，亞東劃歸日喀則地區。縣府駐下司馬鎮。
亞東縣屬喜馬拉雅山高山地貌。平均海拔3500米，北部寬高，南部窄低。亞東南部總體地貌為一山溝——亞東溝。堆納鄉和帕裡鎮之間有一面積約1000平方公里的山麓衝擊平原。卓木拉日雪山位於帕裡鎮，距亞東縣縣城50公里。山高約7400米，是早古生代地層和喜瑪拉雅山花崗岩所組成的斷塊山系，形成了一個巨大的天然山口。由於卓木拉日雪山山脈橫通於縣境內的中部，從而導致亞東縣北低—中高—南低的地勢，還自然將縣劃分為兩個迥然不同的地貌單元。
亞東縣氣候高寒乾旱，年平均氣溫0℃，一月和七月平均氣溫分別為－9℃和8℃，生長期約150天，年平均降水量410毫米。南部海拔為2000—3400米，具有亞熱帶半溼潤季風型特點，氣候溫和溼潤，年平均氣溫7.7℃，一月和七月平均氣溫分別為0.2℃和14.4℃，生長期210天，年平均降水量873毫米。
北低—中高—南低的地勢導致水向南北流，南部是亞東河（沒有固定名稱，地圖上有時稱康布曲、或康布麻曲——因為麻曲流經康布鄉），北部是多條小河。
亞東縣的水資源較為豐富，主要來源於地表水資源、冰川水資源和大氣降水。亞東河常年奔流不息，水量充足、清澈，年均徑流量為17.1億立方米。因落差大，水流湍急，有較大的開發潛力。此外，還有多慶湖等大小湖泊34個。
亞東縣離恆河平原非常近，翻過乃堆拉山口就是一望無際人口稠密的大平原，因為地勢差距的緣故，乃堆拉山口一直是中國居高臨下，雖然印度也可以堵住山口，但是控制力就明顯不濟！在現在亞東縣的基礎設施和內地無異的情況下，交通的極大便利讓亞東的戰略地位非常突出。至少我們再也不用長途跋涉翻雪山過荒原，光到達就需要一個月的時間，來維護邊境的安寧了！
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