走進三星堆博物館，你就走進了一座古代的歷史迷宮。無論是誰，面對陳列著的那些沉默無語的巨大且眾多的青銅人像，誰也不能做到淡然處之，他們的心靈首先會震撼，繼而產生無數的困惑，因為有太多的謎在心頭縈索。
第一謎：三星堆文化源自何方？ 關於三星堆來源的說法可謂眾說紛紜，有說與岷江上游新石器文化有關，有說與川西平原上的史前文化有關，有說與川東鄂西文化有關等等。但究竟來自何方呢？ 它看似非常突然地出現在川西平原之上，並形成繁榮而奇特的古代文明。其中包含了大量外來文化因素，如良渚文化、山東龍山文化、二里頭文化等，以及南亞、西亞地區的文化因素。眾多文化因素的融合，才產生出一批獨樹一幟的器物和獨特的藝術作品。
第二謎： 三星堆文化如何形成？ 三星堆文化到底是怎樣形成的，目前專家們還是見仁見智。中國古書中有蜀人來自西部山區等說法，夾雜在神話故事之中，讓人難以結論。雖然說法眾多，讓人無所適從。幸運的是，大家彼此之間的爭論還不太離譜。眼下，認為三星堆文化是土著文化與外來文化彼此融合的產物，是多種文化交互影響的結果的看法，成為三星堆文化研究的主流。
第三謎： 三星堆遺址居民屬於哪一族？ 目前有氐羌說、濮人說、三苗說、巴人說、東夷說、越人說等不同看法。多數學者認為岷江上游石棺葬文化與三星堆關係密切，其主體居民可能是來自川西北及岷江上游的氐羌系。有人認為與夏人、三苗有關，也有人認為是古濮人的後裔。 但疑問在於，三星堆居民到底是民族融合形成的古蜀人，還是在古蜀人領導下的多民族集合體？
第四謎：三星堆文化的時代、地域和文化性質是什麼？ 三星堆文化的認識是從三星堆遺址的正式發掘，即1980年以後開始的。三星堆遺址可分為四期，各期文化既有密切聯繫又有一定區別。在長達兩千年、寬達上千公里的時空範圍內，它是一個還是幾個文化？有幾個區域類型？其性質、面貌和關係如何？它的時代是新石器末至商代末期，還是西周早期到晚期，抑或是西周晚期到春秋晚期？
第五謎：三星堆文化的主人是誰？ 三星堆遺址的繁榮時期，已經形成了一個高度發達的古代文明中心。處於這一時期的“三星堆文化”的主人，目前專家學者主要有“蠶叢氏蜀王”、“魚鳧氏蜀王”和“杜宇氏蜀王”三種看法。到底是蠶叢氏、柏灌氏、魚鳧氏這三個經常相提並論的部族依次創造出來的，還是這三個部族同時共同創造出來的？抑或是由蠶叢氏、柏灌氏、魚鳧氏或者杜宇蜀人獨自創造出來的三星堆文明？
第六謎：三星堆古蜀國的政權性質及宗教形態如何？ 三星堆是個古城、古國，那麼這個城和國家是個什麼樣的城和國家？是軍事首領還是國王、大巫師在掌權？ 三星堆古蜀國的國家性質，有的說是部族聯盟，有的說是酋邦國家，有的說是早期國家政權。究竟是一個附屬於中原王朝的部落軍事聯盟，還是一個相對獨立的早期國家？其宗教形態是自然崇拜、祖先崇拜還是神靈崇拜？是土著宗教還是薩滿教信仰？或是兼而有之？
第七謎：三星堆的青銅器冶煉技術及青銅文化是如何產生的？ 說到三星堆青銅器，這是三星堆文明最值得自豪的東西。 非常奇怪的是，三星堆青銅器不同尋常。它既發達，卻又帶有原始性；既技術高超卻又有落後處。於是，問題就出現了：為什麼三星堆青銅器會有這種奇怪的面貌？
第八謎：三星堆古蜀國何以突然消亡？ 不知何故，三星堆先民在這裡創造出如此輝煌的成就之後，卻突然消失了。三星堆文化為何在成都平原上異軍突起，為何又突然消失？古史上完全沒有記載。三星堆文明可以說是突然出現，以後又突然消失的青銅文明。 從遺址情況可以看出，宏大的三星堆古城和古遺址群是在商周之際突然放棄的，至今仍基本保持了當年的遺址和古城的地形地貌，既為後人留下寶貴的文化遺產，又為後人留下了無限的迷茫。
第九謎：出土上千件文物的兩個坑屬何年代及什麼性質？ 兩個坑的年代是什麼時候，儘管考古發掘者已認為這不是一個問題，但還是存有爭論。關於其年代，就有商代說、商末周初說、西周說、春秋戰國說等。即使對於坑的性質，也同樣有不同看法，比如有祭祀坑、墓葬陪葬坑、器物坑、厭勝坑、廢棄物填埋坑、盟誓坑等不同看法。
第十謎：三星堆文化為何無文字？ 三星堆出土的器物，無論是青銅器、玉器，還是金器、陶器，上面均無任何文字，這必然引發學者和專家的聯想：當時他們是怎樣傳達信息和交流溝通的？他們的歷史文化是如何傳承的？那些三星堆青銅器和陶器上的符號是文字、是族徽、是圖畫，還是某種宗教符號？是否是晚期蜀文化的重大之謎“巴蜀圖語”的前身？ 三星堆文物上的符號，是否與“巴蜀圖語”構成了自身獨特的“文字”系統？
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