宗教與政治分離，作為一種現代政治文明觀念，已被我們視為理所當然的認同與接受，但卻付出許多生命代價，而洛克是推動政治與宗教分離的勇敢逆行者！
洛克說：“必須嚴格區分公民政府的事務與宗教事務，並正確規定二者之間的界限。”
洛克認為，政治只能管涉及公共利益的行為，絕對不能管理人們頭腦中的東西；宗教對於人來說是自由的，你有什麼樣的想法，政府根本管不著。
洛克的宗教寬容思想，其基本的思維邏輯是：
1. 因為世俗的法官、政府乃至民眾自身，都無法可靠地評估相互牴觸的宗教觀點所主張的真理；
2. 即使他們可以評估，強制推行唯一的“國家宗教”或“意識形態”是行不通的，因為你無法用暴力去強制人們的信仰。
3. 比起宗教與思想多元，強制宗教或思想統一，會付出更多的社會成本、導致更多的社會混亂。
4.真理不是唯一的、永恆的，沒有人能夠窮盡真理，對不同的信仰最好採取寬容態度，判斷是非的終審權只能留給上帝。
引申到政治生活，反對的意見很可能是正確的，或者包含正確的成分，即使不正確也是應該包容與尊重的。
政府是為了維持人們的安全才存在的，而宗教的目的是保障人的靈魂的安全，兩者在目的上是截然不同的。
洛克的宗教寬容思想，很快就變成了現實，1791年美國《憲法第一修正案》規定：
“國會不得制定有關下列事項的法律：確立一種宗教或禁止信教自由：剝奪言論自由或出版自由：或剝奪人民和平集會及向政府要求伸冤的權利。”
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