火影忍者的主基調雖然是積極向上的，但有些暗線的確向我們展示了一個殘酷的忍者世界，岸本沒有直接表現出來，有些則是做了美化處理。但有一點是可以確定的，那就是無論是木葉還是所謂的各大反派，他們為了追尋自己目標的同時，都做了太多見不得人的事情。從“咒印”的運用當中我們就能看出一些。
團藏根部廣泛使用咒印
作為團藏的私人武裝，首要目標並非保護木葉村，而是聽從團藏的調遣。這在漫畫中多次得到了確定。無論是九尾之亂，還是大蛇丸入侵，還是佩恩入侵木葉，根組織都沒有出場，而是聽從團藏的指令按兵不動，直到安全後才出來收拾殘局。宇智波滅族之夜後，根是第一個趕到現場的，可見團藏對根有著完全的唯一控制權。為什麼團藏的根部這麼聽話？除了團藏的逼迫和制度以外，還有最保底的一個做法，那就是咒印。佐井曾經給第七班展示過自己舌頭上的咒印，有了這個就可以保證根組織成員不會洩密，一旦洩密，咒印就會發動將忍者抹除。
木葉日向一族籠中鳥咒印
根部本就是一個見不得光的組織的話，那日向一族就是光明正大的使用這種殘酷的咒印了。所有的分家都需要在出生後打上這個咒印，不僅能壓制住實力，還會為宗家服務一輩子，並且沒有機會去當日向一族的族長。通俗來說就是，髒活累活，甚至是犧牲生命的事情都讓分家做，功勞族長都留給宗家。就算是分家出了一個能力明顯要強於宗家的天才，那也一點用都沒有。宗家的雛田就算是個廢柴，下一代的族長還是她。
宇智波斑對帶土和琳使用的咒印
帶土被斑蠱惑之後，為了防止帶土後期背叛，於是對帶土的心臟打上了咒印，為了讓帶土長久的聽從自己的控制。野原琳也是為了不受到斑所下咒印的控制，自己撞向了卡卡西的雷切。帶土和琳兩個人使用了同樣的方法擺脫了咒印的控制，只不過帶土隨後成為了十尾人柱力，琳卻是當場死亡。
無論是所謂的反派宇智波斑，還是木葉的大族日向，還是木葉的陰影根部，他們都無一例外的使用了咒印這種“工具”來控制他人。所謂的忍者世界真沒有我們想象的那麼熱血美好。
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