非編碼RNA是指不能夠翻譯為蛋白質的功能性RNA分子，是近年來剛剛興起的表觀遺傳學研究的新方向。非編碼RNA分為管家非編碼RNA和調控非編碼RNA，調控非編碼RNA，按其大小主要分為兩類：短鏈非編碼RNA（包括siRNA，miRNA，piRNA）和長鏈非編碼RNA（long non-conding RNA，lncRNA）。而通常表觀遺傳學所說的非編碼RNA，主要是指調控非編碼RNA，他們通過調控基因表達的各個環節，最終影響個體表型。長鏈非編碼RNA在基因族以至於整個染色體水平發揮順式調節作用，短鏈非編碼RNA在基因組水平對基因表達進行調控，其可介導mRNA的降解，誘導染色質結構的改變，決定細胞的分化命運，還對外源的核酸序列有降解作用，以保護本身的基因組。
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