防走失，電梯直達安全島報人劉亞東A
劃重點
1.這篇文章的主要問題是什麼呢？還是數據量太小，現在全球公佈的序列，在GISAID已經有3123個病毒基因組，這篇文章只有160個樣本，數據存在偏倚可能；
2.似乎經常能看到病毒分類的論文，一會ABC，一會ABCDE，病毒分類這麼隨意麼？差不多，因為可以採用不同的算法定義分類標準（主要對病毒演化分類的信息分析工具缺乏共識，研究者動輒使用分析動植物甚至人類演化的工具來分析），比如一桌子水果，你說按照薔薇科芸香科也沒問題，你說按紅的黃的分也有道理，甚至按照這個水果能不能扒皮也能分出一類；
3.PNAS文章的發表規則，PNAS（Proceedings of the National Academy ofSciences，PNAS），全稱《美國國家科學院院刊》，也是頂級學術期刊之一了。但這個文章有一個後門，即對美國國家科學院院士——他們有權每年在PNAS，通過“專屬渠道”遞交最多4篇論文。這個非常規渠道允許作者選擇讓誰來評審自己的論文，以及如何答覆評審者的意見。（2013年，只有18%的直接投稿得以發表，而內部渠道論文的發表率則超過98%。）雖然尹哥承認絕大部分的
PNAS論文都是很靠譜的，但本次所討論的文章4位作者中的3位竟然是一家子……比起新冠病毒的起源，我們更應該去關注如何防控疫情和治療患者。但最近的一篇文章，彷彿又給新冠病毒起源在美國提供了有力的證據。
但這真是……
文章一發出，立刻有很多媒體揚眉吐氣，有力回擊：“美國有些政客一直恬不知恥的要中國賠償美國因為新冠病毒影響所造成的損失…… 吧啦吧啦等
”
但這真的是有力證據嗎？
這篇發表於PANS上的文章名稱是《用基因進化網絡分析新冠病毒》，一發出便引起一大波口水戰。
文章的主要結論有以下幾點：
1. 對160個早期新冠病毒基因組進行系統進化分析。分析結果得出3個分類簇：A（初始簇），B（東亞簇），C（歐洲簇）。A（初始簇）離採集自蝙蝠的病毒進化距離最近。
2. 基於新冠病毒序列中T29095C位點是胸腺嘧啶（T）還是胞嘧啶（C）可以將A（初始簇）分類成兩個子簇。A-t子簇新冠病毒採集自4名廣東人、3名日本人、2名美國人（有武漢旅行史）。A-c子簇新冠病毒採集自33人，其中15人來自美國和澳大利亞，5人來自武漢，8人來自中國其它省區及中國周邊國家。
3. 作者通過3個案例驗證分析方法的可靠性：（1）巴西第一例感染自意大利；（2）加拿大第一例感染自廣東；（3）墨西哥第一例感染自意大利，並可追蹤自被上海來訪同事感染的德國病例。
4. 關於病毒起源，作者認為最早的新冠病毒全基因組採集於2009年12月24日，時間上距離新冠病毒開始人際傳播已經有一段相當長的時間，故無法用於推斷新冠病毒的起源。
而新謠言的依據是結論中的第二條：
33例A-c子簇中，15例來自美國和澳大利亞。這一幕似曾相識……
尹哥清晰地記得一個多月前，臺灣一家媒體的報道，也是以非常“科學”的角度，對病毒基因組進行系統化分析。然後得出“病毒不可能起源於中國，而最有可能起源於美國”的結論。（新冠病毒起源自美國？魯迅：我沒說過。）
這篇文章同樣有理有據， 但也同樣存在幾個問題：
01
數據量不足
PNAS這篇文章的描述仍然存在著樣本量不足的情況，目前GISAID已經有3123個病毒基因組，這篇文章只有160個樣品，參考意義不大。就像在某一河段釣魚，兩次正好釣到同一種魚，並不能證明這條河裡的這種魚數量最多的結論。如果真的要做到客觀真實，必須要有大量、隨機、有代表性的樣本數據。
https://www.gisaid.org/epiflu-applications/next-hcov-19-app/
02
研究方法有問題
雖然人類新冠病毒和蝙蝠新冠病毒同源性高，但還是有近千個鹼基的差距。文章直接將根源定在蝙蝠是很令人費解的（見上圖紅圈標註）。這不是就是帶著結論找證據嗎？相對來說，做一個無假設溯源，或者是以人類病毒為根源的體系更合理。
上面的如還是看不懂，看這個例子：我們說的《三國演義》，實際上是以漢室正統，即蜀國的角度來寫的。但如果從魏國的角度看，就會截然不同。而如果從吳國角度看，又是另一番景象。
所以要學三國史，就不能以《三國演義》為主要溯源根據，起碼要選擇相對客觀的《三國志》（雖然陳壽也有點“身在西晉心在漢”）。03
研究目的被利用
作者寫這篇論文的目的主要是介紹“基因進化網絡”，至於這種工具的準確度我們先不展開討論（目前來看，並不是特別高，文章的圖片裡只標記了15個變異點，而實際上應該有上千個）。
作者自己也說，用這種遺傳網絡技術可以準確地追蹤既定的感染途徑，進而研究感染者所攜帶病毒基因進化關係。但還是被別有用心的人用於病毒溯源。
04 PNAS文章的發表規則文章的發表規則
PNAS文章多數是院士直接推薦的，跟學術水平和質量有時確實沒有必然關係。美國國家科學院院士可以通過“專屬渠道”，每年在PNAS上遞交最多4篇論文。這個非常規渠道允許作者選擇讓誰來評審自己的論文，以及如何答覆評審者的意見。（2013年，只有18%的直接投稿得以發表，而內部渠道論文的發表率則超過98%。）雖然尹哥承認絕大部分的
PNAS論文都是很靠譜的，但本次所討論的文章4位作者中的3位竟然是一家子……
病毒起源到底在哪裡，科學家還在努力。病毒甩鍋大賽從未停止，然而真相只有一個。
證明真相則需要證據，有些問題可能要等很久才能找到答案。
如今的精力應當用在共同抗疫上，每個人的立場不同，對同一個事物的看法也會不同。但我堅決反對通過對科學論文（其實論文作者也許都沒這麼想）夾帶私貨的分析，在公開場合大肆“帶節奏”甚至陰謀論，誤導公眾觀點的做法。
靠嗓門大隻能贏一時，而時間會是篩子，最終會淘去一切虛假的沉渣。
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