在1997-98赛季结束后，芝加哥公牛的迈克尔乔丹宣布再次退役。其实此时的乔丹已经没有理由再在NBA打下去了，他已经取得了别人无法取得的成就。带领球队拿下两个三连冠也是公牛的队史第一人。所以乔丹宣布退役，
在1998-99赛季开始的时候，公牛王朝随着乔丹的离开也已经是破烂不堪，球队辞退了六冠功臣菲尔杰克逊，皮蓬也是在这一年去往西部加盟休斯顿火箭。这个制霸九零年代的球队自此沦落了下去。
在1997年的选秀大会上，之前极力摆烂的圣城马刺拿到了状元签，他们毫不犹豫的就选走了蒂姆-邓肯。这位司职大前锋的年轻人来到马刺，与大卫罗宾逊组成内线双塔。蒂姆邓肯身为大前锋，却有着极其细腻的内线技术，还具有一手精准中距离。他的45°打板也成为了他的杀招之一。
在乔丹退役后的那个缩水赛季里，他在五十场常规赛里场均21.7分11.4篮板，大卫罗宾逊此时已经状态下滑明显，常规赛场均15.8分10篮板。由他俩组成的马刺内线已经十分强悍。圣城的实力已经开始显现开来，在神帅波波维奇的指导下，他们拿到37胜的出色战绩和爵士并列西部第一。
来到季后赛里，这一年圣城首轮遇到了森林狼，这个首轮虽然是圣城3-1轻松拿下了森林狼，但是森林狼里也是有着不好惹的主，他就是一个铁血防守者和进攻者集于一身的狼王加内特。当时人们也是期待着邓肯和加内特的对决。但是狼王的队友水平实在是不在水准之上，邓肯身边有着还在水准之上的大卫罗宾逊，控卫艾弗里-约翰逊等发挥不错的队友。
加内特场均21.8分11.0篮板敌不过邓肯的18.8分10.8篮板以及场均19.3分7.2助攻的艾弗里。最终森林狼被 马刺击败。
邓肯与凯尔特人时期的加内特
次轮马刺遇到了湖人。这一轮系列赛也是看点十足。当时湖人的科比已经有了很大的提升，再加上内线巨无霸奥尼尔，当时人们都是猜测湖人会4-1或4-2击败马刺。然而事实却让人大跌眼镜，马刺4-0横扫了湖人。邓肯得到终极进化，他在与奥尼尔的对抗中丝毫不落下风，场均29分10.8篮板。
科比场均得到21.3分，奥尼尔可得到23.8分13.0篮板。在马刺体系多点开花的攻势下，马刺横扫湖人。
东部总决赛，马刺遇到了开拓者，结果又是一次的横扫。当时的开拓者拥有着拉希德华莱士，立陶瓦巨人萨博尼斯。结果还是被横扫，邓肯和罗宾逊双塔分别场均16.8分9.5篮板和17.5分9.0篮板。马刺在乔丹退役后的九零年代里还算轻松的挺进了总决赛。
总决赛上，等待着圣城的是纽约。这一年的纽约尼克斯可以说是十分巧合的进入了总决赛，他们常规赛里是东部最后一名，但是他们黑八了热火，十分的令人惊讶。当时的热火是不好惹的，莫宁和蒂姆哈达威带领着热火是东部的头号种子。但是惨遭尤因带领的尼克斯的3-2击败。
然后他们也是横扫了老鹰，4-2击败拥有米勒的而步行者。
但是总决赛里，尤因却因为伤病问题不得不退出比赛，但是狂热的纽约球迷并不放弃，一次又一次的喊出“We Still Be live”的口号。但是失去内线的尼克斯根本抵挡不住马刺的双塔。邓肯场均27.4分14篮板再次统治内线带领马刺击败尼克斯获得了总冠军。
邓肯当属无疑的总决赛 m v p 。
圣城的传奇开始于邓肯，邓肯与波波维奇的师徒友谊也开始于此。邓肯无疑是马刺的队魂。
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