哲學是對宇宙基本規律的認知和思辨，動畫中也會涉及到一些哲學，來讓強化主題，或者讓故事更加飽滿，不過更偏向於對於“自我”的探究。
虐殺器官：
作品提出了一個有趣的理論，語言能通過暗示，激發人的潛意識，從而讓善良的人相互殘殺。同樣，也可以通過藥物來控制大腦，讓士兵們成為無所畏懼，沒有感情，沒有痛苦的完美戰士。
人是容易受外界影響的，大腦中產生的意識就能稱為自我意識嗎？
攻殼機動隊：
包括劇場版在內的《攻殼機動隊》系列的故事發生在網絡技術和機器人技術都高度發達的未來世界，讓我聯想到以下這些問題：
1、當人失去了肉體，只剩下意識，還能被稱為人嗎？
2、那麼當機器人獲得了人的自我意識，又該如何定義？
3、在人類與AI的界限越來越模糊的未來，網絡與現實的又該如何分辨，現在的你是真實存在的嗎？
作品通過一系列事件，討論了未來世界人與機械，人與社會的關係。至於如何理解，想必每個人看完之後都會找到自己的答案。
心理測量者：
TV版構建了一個反烏托邦社會，被控制的市民反抗極權，企圖推翻系統的統治。而到了劇場版中，卻承認了系統存在的價值。自由與秩序，到底那種才是人類社會進化的終點？
寶石之國：
不光是在講磷葉石的成長，作品的內核是一種宗教哲學，將人分一分為三，通過對“魂”、“肉”、“骨”三者的剖析，來探討人類的本質。
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