劉裕（南朝劉宋王朝開創者）長到弱冠之年，就告別了繼母，參加了北府軍，投奔在參將孫無終（孫無終，晉陵人東晉孝武帝時(今江蘇揚州)相謝玄招募勇士，組成"北府兵"，用來對抗前秦苻堅，孫無終被任命為參將，成為當時名將。）的麾下。孫無終看劉裕長得魁梧高大，人也忠信勇武，知道是個不可多得的人才，就讓劉裕做了自己的親兵，後來孫無忌又升了官，就提拔劉裕做了自己的司馬。
東晉安帝隆安三年（公元399年），會稽（今以紹興為中心的江浙一帶）孫恩反叛，衛將軍謝琰及前將軍劉牢之前去討伐。當時的劉牢之和孫無終都是北府軍中的名將，相互之間熟悉得緊。劉牢之素來知道孫無終的麾下有一員猛將劉裕，久仰其大名，常在孫無終面前提及劉裕。後來孫無終就將劉裕推薦給了劉牢之，以供其派遣。劉裕也不推辭，直接進了劉牢之的麾下。
當時正值討賊用人之際，劉牢之收了劉裕做了參軍，直接就參加了針對叛賊孫恩的討伐行動。劉裕親率數十人，深入賊窩，前去摸清敵軍的蹤跡，正好遇上數千名賊眾，劉裕大刀一揮，勇猛無常，竟然喝退了恁多的賊眾，嚇得他們聞風喪膽。再加上劉牢之的兒子劉敬宣帶兵前來接援，最後大敗孫恩，將孫恩趕到海上去了，之後孫恩一直坐船在海上飄著，等待時機，司機進攻東晉沿海一帶。
討伐叛賊孫恩的戰鬥暫告一段落，不久，劉牢之便攜劉裕班師回朝。沒想到，那孫恩率賊眾捲土重來，很快就攻陷會稽，殺了衛將軍謝琰。劉牢之再次奉命東征討賊，親命劉裕為討賊先鋒。劉裕採用圍追堵截，步步為營的戰術，屢破孫恩。孫恩見在會稽佔不到便宜，便北犯海鹽（今浙江海鹽縣），劉裕前去築城堵截，靜待孫恩賊眾前來攻城，以逸待勞。等賊眾攻城時，劉裕率率數十名死士，迎頭痛擊孫恩，孫恩賊眾烏合渙散，被擊潰逃至滬瀆（今上海）一帶，後又走海路順長江逃徙至丹徒（今江蘇鎮江一帶）。丹徒是劉裕的故鄉，怕孫恩賊眾襲殺自己的親人報復，劉裕急忙率軍前去截擊。
也怪那孫恩命裡犯克，正好在半路上被劉裕逮了個正著。又是一頓狂打猛揍，孫恩軍霎時潰散如鳥狀，後來經鬱州（江蘇連雲港附近雲臺山即花果山所在地，古稱鬱州。又稱嵎夷也稱隅夷或鬱夷）逃到臨海（今浙江臨海市）去了。在此過程中，劉裕因討賊屢建奇功被東晉朝廷封為下邳（今徐州）太守。劉裕領命後，繼續討賊於孫恩軍逃跑途中，及孫恩潰軍到達臨海，已被劉裕擊殺大半。時臨海太守辛景趁勢追擊，將那孫恩又趕至海上，這次孫恩就沒那麼幸運了，直接落入海水中淹死了。
