航母打擊群的編隊指揮部門一般都在護航大型艦艇上，並非設在航母上，這是目前各國海軍通用做法。為什麼會這樣？下面我們來詳細的分析一下。
首先，來談一下指揮艦的概念。指揮艦言外之意就是在一艘作戰艦艇上安裝完備的作戰指揮信息系統，能夠分析、處理彙總各種情報信息，並將各類信息及時準確的分發至各個單元，從而保障海上編隊的正常運作，就如同是空中預警機發揮類似的作用。
指揮艦是現代艦艇的重要一個分類，除了美國專門研發過一款藍嶺級大型指揮艦之外，其餘的國際上普遍採用現役的大型作戰艦艇進行指揮模塊優化，從而兼具發揮指揮艦的作用，或者說著重突出指揮的功能。比如我國在發展051系列驅逐艦時有051Z型“Z”就是指揮型的意思，另外深圳艦就是一艘不錯的指揮艦，服役後長期擔負南海艦隊旗艦。
相對於其他作戰艦艇，但就指揮這一功能模塊，指揮艦顯得更加專業，安裝的艦載海上聯合編隊作戰指揮系統的功能更加完備，指揮效率也更高。指揮艦的出現，將大幅降低航母自身資源的緊張性，更有助於發揮航母的
最大
作戰效能。
其次，我們從構造上看。航母艦島有別於其他水面作戰艦艇，主要有航海和航空指揮兩部分組成。我們知道航母主要以艦載機為核心戰力，因而在有限的空間內，航空指揮部門的作用更加突出，因而在設計之初就極為注重航空部門的建設。
受到飛行甲板與艦島尺寸之間的天生矛盾，未來搭載更多的艦載機和保障艦載機的出動能力，航母的艦島尺寸是越小越好，因而世界各國在發展航母時都在儘可能的簡化航母艦島設計，從而最大程度的縮小航母艦島的尺寸，這與提升航母艦載機的作戰能力並不衝突。航母本身就是一個龐大的作戰系統，需要保證航母自身的運作，因而在有限的艦島上需要集成儘可能多的功能，這就大大降低了航母自身的編隊指揮能力。反之，大噸位驅逐艦或者巡洋艦在構造上更加便捷一些，至少是實現指揮模塊集成更容易一些。
集成了指揮功能後，相對於其他的同類艦艇，只不過是在部分功能上進行一定程度的縮減，問題並不大，整體作戰能力影響並不嚴重。這也是為什麼很多國家將指揮系統集成到大噸位驅逐艦上的重要原因之一，簡單點講就是空間更加充裕。
航母編隊體系中，由編隊護航艦艇擔任指揮艦角色更加適合一些。能夠大幅縮減航母艦島的工作量，將更多的空間應用到與航母作戰息息相關的艦載機上，實現航母戰力發揮的最大化。尤其是在艦載信息設備處理能力上，航母本身就需要處理大量的信息，將指揮的功能移架出去，能夠優化航母編隊的作戰體系。
說白了就這麼簡單，並沒有太多層次的考量，對於一款武器裝備來說，如何發揮其最大作戰效能才是最根本的問題。
