原衛生部直屬高校一共有11所，其中北京醫科大學、中山醫科大學、同濟醫科大學、華西醫科大學、湖南醫科大學、上海醫科大學、西安醫科大學、白求恩醫科大學、山東醫科大學這9所高校都被其它高校合併了。目前，只剩下了北京協和醫學院和中國醫科大學這兩所高校依然是獨立辦學。
這9所醫科大學均是被985高校合併，成為了它們的醫學院。有的醫科大學被合併後，藉助著985高校的平臺，實力得到了較大的提升，例如北京醫科大學成為北大的醫學部後，有6個醫學類學科進入世界一流建設學科，在教育部第四輪學科評估中有基礎醫學、口腔醫學等5個醫學類學科進入A檔。
還有中山醫科大學、同濟醫科大學、上海醫科大學、華西醫科大學被合併後的發展也不錯。其中中山大學醫學院的基礎醫學、臨床醫學、藥學；四川大學華西醫學中心的口腔醫學、臨床醫學、藥學、護理學；華中科技大學同濟醫學院的公共衛生與預防醫學、臨床醫學；復旦大學上海醫學院的基礎醫學、臨床醫學、公共衛生與預防醫學、中西醫結合、藥學等學科的實力都很強悍。
但是，有一所高校可以說是國內最可惜的一所醫科大學，曾經它的名氣很大，但是被合併後無論是實力還是名氣都減弱了，它就是山東醫科大學。
說到山東醫科大學，可能很多人都會想到“北協和、南湘雅、西華西、東齊魯、中同濟”這句社會上廣泛流傳的話。這可見，在過去，山東醫科大學在醫學界的地位還是很高的，曾與協和醫學院這些國內頂尖的醫學高校齊名。
山東醫科大學的前身可追溯到創辦於1864年的登州文會館。1883年，會館開啟了新醫藥工作及醫學教育，齊魯大學醫科辦學由此開端，它成為了中國近代西醫教育的源頭之一。在上個世紀30年代，齊魯大學進入全盛時期，當時它被稱為“華北第一學府”，學校醫科實力很強大，從那時開始便有了“北協和、南湘雅、東齊魯、西華西”的美譽。
上個世紀50年代，由齊魯大學醫學院、山東省立醫學院、華東白求恩醫學院重組成山東醫學院。山東地區的醫學資源得到了更好的整合。1978年山東醫學院成為了衛生部直屬高校，1985年更名為山東醫科大學。2000年，在全國高校合併潮下，原山東大學、山東醫科大學、山東工業大學合併組建為新的山東大學。
但是，被合併後的山東醫科大學並沒有得到更大的發展。在教育部第四輪學科評估中，唯一進入A檔的學科只有藥學，它的基礎醫學、臨床醫學和護理學只被評為B+等級，與協和、華西和同濟的醫學類學科逐漸地產生了差距。更可惜的是，山大的一流建設學科中竟沒有一個醫學類學科。
在醫學領域比較權威的“醫學界”最新排名榜中，它排在了國內醫學院校中的第16位，排名比較靠後。2018年，由北京大學牽頭的組成的醫學九校聯盟（北大、協和、上交大、復旦、浙大、武大、中大、川大、華科）中也沒有了它的影子。這可以看到，它已經逐步退出了醫學領域的第一梯隊。
有網友認為，山東醫科大學併入山東大學後，實力不升反降，最主要是校區資源整合不力的問題。山大是一個名副其實的巨無霸大學，形成了一校三地（濟南、威海、青島）以及八個校園，本來資源的分配就是一個比較困難的問題。那麼，對於這個問題你又是怎樣看待的呢？
