清朝的八旗制度，起源於金代女真人時期的“猛安謀克”制度，通過此將所轄部眾的生產生活與軍事戰爭有效的組織結合起來，以此進行統一的領導，所有部眾同生活，共生產，拿起武器一起上戰場打仗，放下武器一同捕獵生活。這樣一套軍事和社會組織相結合的制度，被譽為清朝能夠定鼎中原、一統天下的重要基石，同時也為後來大清王朝從興盛走向衰落的重要原因。
眾所周知，八旗包括了鑲黃旗、正黃旗、正白旗、鑲白旗、正紅旗、鑲紅旗、正藍旗和鑲藍旗。其中鑲黃旗、正黃旗、正白旗被稱為“上三旗”，由皇帝直接統領，其餘的被稱為“下五旗”，由宗室王公統領，從這樣的稱謂以及統御關係上來，“上三旗”的地位高於“下五旗”成為了一種必然，而“上三旗”中的鑲黃旗一直以來又被稱為“頭旗”。至於“下五旗”之間，儘管沒有進行嚴格的地位高低的確認，但也可以根據其在左右翼排序的位置，進行地位上的區別與劃分。
而這樣的地位高低劃分也不是一成不變的，隨著統治者的更迭與領旗旗主的變更，各旗之間的地位也在發生著變化。
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努爾哈赤時期，地位最低的便是兩白旗。
“八旗”的形成並不是一蹴而就的，這也是經歷一個漫長而複雜的“從一到八”的過程。
明萬曆十二年（1584年），努爾哈赤以“十三副遺甲”起兵，其部隊以黑旗為幟，故稱“黑旗軍”，此為“一旗”階段。
到了明萬曆十七年（1589年），努爾哈赤統一建州女真，隨著勢力的壯大，努爾哈赤另設“紅旗軍”，由他自己親自統領，並將此前的“黑旗軍”交由自己的弟弟舒爾哈齊指揮，此為“兩旗”階段。
明萬曆二十一年（1601年）前後，努爾哈赤開始根據女真人傳統的“猛安謀克”制度，對所屬部眾進行大規模改造與重建，並以純色為辨，建立黃、白、紅、藍四旗，“軍民一體”的制度也就此形成，此為“四旗”階段。
明萬曆四十三年（1615年），努爾哈赤勢力進一步壯大，並且基本統一了除葉赫部外的女真諸部，於是其對於部眾進行了第二次大規模的調整，在此前“四旗”的基礎上，劃分為正黃、鑲黃、正白、鑲白、正紅、鑲紅、正藍、鑲藍，共計八個旗。
至此，“八旗”正式形成，並且在第二年，也就是明萬曆四十四年（1616年），正式建立後金政權。
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努爾哈赤時期的八旗，除了正黃旗（45個牛錄）和鑲黃旗（20個牛錄）為努爾哈赤親領外，其餘均為努爾哈赤的子、侄、孫統領，即：正紅旗（25牛錄）由努爾哈赤次子代善統領；鑲紅旗（26牛錄）由代善長子嶽託統領；正藍旗（21牛錄），由努爾哈赤五子莽古爾泰統領；鑲藍旗（33牛錄）由努爾哈赤的侄子，也就是舒爾哈齊的次子阿敏統領；正白旗（25牛錄）由努爾哈赤的八子皇太極統領；鑲白旗（15牛錄）努爾哈赤之孫，其長子褚英之子杜度統領。
滿洲人歷來是“以黃色為尊”，再加上兩黃旗是由最高統治者努爾哈赤親領，因而兩黃旗的地位是八旗中最高的。
而在努爾哈赤晚年的時候，其將親領的兩黃旗，分別授予阿濟格、多爾袞和多鐸每人15牛錄，其餘的20個牛錄自己統帥做親軍，並且明確表示阿濟格統領鑲黃旗，多鐸統領正黃旗，自己去世後統帥的親軍全部交給多鐸。
由於這20個牛錄的親兵基本都來自於鑲黃旗，並且包括費英東、額亦都等“五大臣”在內的一眾努爾哈赤親信與起兵元勳皆隸屬於鑲黃旗，同時在此後的征戰中，努爾哈赤依舊是直接統領鑲黃旗，所以從這一時期開始，鑲黃旗便成為了默認的“頭旗”，直至大清王朝滅亡，這一地位始終得以被保留。
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至於其他六旗，並沒有明確排列名次順序，其主要區別也僅僅是在圍獵和駐防的位置上。而這個時候的兩白旗，分別是在左右翼之末，再加上此時的皇太極雖然已經奪下了鑲白旗，但在“四大貝勒”中，也只是排在最後一位，所以其統領的兩白旗就自然而然的成為了努爾哈赤時期名義上的“末旗”。
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“上三旗”、“下五旗”的序列確定後，鑲藍旗成為了默認的“末旗”。
天命十一年（1626年），努爾哈赤去世，皇太極登上了後金汗位。
皇太極登基後的第一件事情就是將自己統領的兩白旗與由阿濟格、多爾袞、多鐸統領的兩黃旗進行“黃白互換”，進而改由自己親領正黃旗，其長子豪格統領鑲黃旗，並且將這兩旗的位置由左右翼之末提升為左右翼之首，多爾袞三兄弟的統領的兩白旗則從此前的左右翼之首的位置改為左翼之中。
與此同時，代善統領的正紅旗及其長子嶽託統領的鑲紅旗也被安排在了右翼之中的位置，因而阿敏統領的鑲藍旗與莽古爾泰統領的正藍旗成為了排在左右翼之末的“末旗”。
到了後金天聰九年（1635年），皇太極藉機對正藍旗進行清算的同時，就此吞併了正藍旗，“八旗”進入到了短暫的“七旗”時期。后皇太極又將兩黃旗進行重新的整合分配，並重建正藍旗，由他自己統領鑲黃旗、正黃旗，其長子豪格統領新的正藍旗。
至此，鑲黃旗、正黃旗、正藍旗的“上三旗”制度得以建立，同時鑲黃旗的“頭旗”地位也得到了最終的確認。
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至於“下五旗”的地位高低以及排序區別並沒有進行劃分，這其中也有著皇太極為了政治平衡所作出的權衡。
在二貝勒阿敏和三貝勒莽古爾泰相繼被皇太極扳倒後，代善成為了皇太極樹立其政治威望的最大威脅，儘管這一時期的代善一再選擇退讓，甚至主動放棄“兄長貝勒”的身份讓皇太極“南面獨坐”，但依舊遭到了非常嚴厲的打擊，尤其是在代善最為欣賞的兩個兒子嶽託和薩哈廉去世後，整個代善家族陷入到了“青黃不接”的局面，空有兩紅旗的地位與實力，但卻缺乏足夠的影響力。
阿濟格、多爾袞、多鐸掌握的兩白旗，儘管地位上受到了皇太極的打壓，但由於努爾哈赤的遺命安排，使得兩白旗始終是八旗中實力最為強大的存在。
至於濟爾哈朗的鑲藍旗，名義上應該處於“末旗”位置，當然這其中很大原因是在於濟爾哈朗並非努爾哈赤的子孫，而是出身於舒爾哈齊家族，可他與皇太極之間關係密切，是皇太極的“鐵桿”支持者，其在百官之中的地位也僅次於代善排名第二，所以鑲藍旗在這一時期也同樣成為一支不容小覷的政治勢力。
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然而，“下五旗”內部的相對平衡伴隨著清崇德八年（1643年）皇太極的去世而被打破，在多爾袞的主導下，八旗勢力開始進行重新排列。
首先，多爾袞對於自己的政敵力量進行了殘酷的打壓，尤其是對於豪格，多爾袞在順治五年（1648年）直接將其折磨致死，並且就此接管了豪格的正藍旗。後來，多爾袞重組兩白旗和正藍旗，改由其本人統領正白旗和鑲白旗，其弟多鐸統領正藍旗。
其次，多爾袞在皇太極去世，兩黃旗群龍無首的情況下，對於索尼、鰲拜、圖賴、圖爾格等一眾兩黃旗的高級將領進行了殘酷的迫害，打壓兩黃旗的勢力，並逐漸將兩黃旗的勢力排擠出了權力中心。
再次，就是極力抬高其統領的兩白旗的勢力，多爾袞不僅讓其所統領的正白旗取代正藍旗位列“上三旗”，同時還擅自讓正白旗圈換原本屬於鑲黃旗的京郊土地，所提拔任用的大臣也大部出自於兩白旗之中，例如蘇克薩哈等人。
所以這一時期，多爾袞統領的兩白旗和多鐸統領的正藍旗，儘管名義上排序並不佔優勢，但實際上權勢、地位遠超其他五旗，包括鑲黃旗與正黃旗。
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可伴隨著順治七年（1650年）多爾袞去世，此前八旗間的政治勢力劃分再度被打破重組。
順治皇帝剝奪了多爾袞統領的兩白旗，將正白旗改由順治皇帝本人親領，至於鑲白旗則重新賞賜給了豪格家族，同時順治還將“下五旗”旗主的任免權收歸在手中。
至此，清朝時期八旗的“上三旗”與“下五旗”的格局勢力劃分與家族勢力分佈正式確定，分別為：
“上三旗”：鑲黃旗、正黃旗、正白旗，由皇帝本人親領。
“下五旗”：鑲白旗，隸屬於肅親王豪格家族世系；正紅旗，禮親王代善世系；鑲紅旗，克勤郡王嶽託世系；正藍旗，豫親王多鐸世系，鑲藍旗，鄭親王濟爾哈朗世系。
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與此同時，自努爾哈赤時期就已經形成的“議政王大臣會議”，即在執行“滿洲貴族議會制度”，各旗旗主以及王公貴胄的座次，也按照所屬旗在圍獵和駐防的位置上進行確認與安排，即：
左翼四旗：鑲黃旗、正白旗、鑲白旗、正藍旗。
右翼四旗：正黃旗、正紅旗、鑲黃旗、鑲藍旗。
按照清朝時期“左高右低”、“左尊右卑”的傳統，鑲黃旗無論是位置上還是歷史沿革上，其“頭旗”的位置都是無可撼動的。而“鑲藍旗”，除了其位置上排名末位外，也因為旗主並不出自於努爾哈赤家族而是出自於努爾哈赤之弟舒爾哈齊家族，因而鑲藍旗也就此成為了八旗之中的“末旗”。
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然而，即便是在“下五旗”之中，有著名義上的座次先後劃分，但實際上，“下五旗”各旗旗民與部眾，所享有的權力以及所承擔的義務是一樣的，有的是駐防地域與方位的不同，而沒有高低尊卑之分。
只不過，“下五旗”與“上三旗”相比，地位上與待遇上的差別還是顯而易見的。例如紫禁城內的侍衛，全部由“上三旗”子弟擔任，這些侍衛的首領，即領侍衛內大臣也均出自“上三旗”。而這些侍衛所承擔的不僅僅是拱衛皇宮的職能，此後也會得到更多和更快晉升的機會，成為朝中大員，這其中最典型的例子就是乾隆朝時期的軍機大臣傅恆了。
與此同時，皇帝對於品階較高的后妃以及有過突出貢獻的在旗朝臣，也會通過“抬旗”的方式進行褒獎，這在當時也被認為是對其本人乃至其家族的最高榮譽，而這也可見“上三旗”與“下五旗”之間的地位差距。
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