1501年，已經有兩支葡萄牙遠征船隊抵達西南印度。為了儘快建立穩固的貿易關係，里斯本宮廷往往會在前次艦隊返航前，就已經派出新的接替者上路。當時的國王曼努埃爾一世，也期望利用掌握的信息不對稱優勢，為自己撈得更多好處。他在當年出資組建了1支小型船隊，馬不停蹄的開往東方海岸。
國王之所以會如此著急，主要是由於當時的香料價格非常可觀，但自己卻需要和國內貴族們去拼單完成採購。因此，每當貨物從遙遠的印度送來，所得利潤也必須按出資比例進行分配。這就逼的曼努埃爾自掏腰包，終於武裝出3艘卡拉克帆船，與1艘議會撥款的公務船同行。至於艦隊的指揮官，則是當時小有名氣的航海家諾瓦。他在臨行前還收到國王的叮囑，告訴自己如何在遇到敵方優勢兵力圍攻時集中火力。
當艦隊抵達好望角後，選擇在聖布拉斯河補充淡水。船員很快發現1只掛在樹上的鞋子，裡面留有前次艦隊返航時的信件。他們也從中得知，印度的情況遠比想象複雜，對葡萄牙船隻的敵對情緒日益上漲。儘管有卡布拉爾船隊的勝利，但難保對方不會在力量真空期內反攻倒算。因此，諾瓦讓公務船不要按計劃留在索法拉島駐防，而是伴隨國王的商船一同去印度執行任務。
當年晚些時候，4艘卡拉克帆船抵達西南印度的馬拉巴海岸。他們特意避開實力最強且態度極不友好的卡利卡特，專門在態度曖昧的科欽進行採購。然而，由於不是地區內的最大港口，那裡無法吸納足夠多的香料存貨。於是，艦隊又開往更南面的坎納諾爾，建立了一處新的貿易站點。到1501年底，他們已經獲得足夠的胡椒和生薑，準備跨年踏上返程。
但在12月30日，海員突然發現有大量船隻開始靠近坎納諾爾海岸，那是從卡利卡特開來的龐大艦隊。由於記恨葡萄牙人破壞自己的地區龍頭地位，他們決心再次用重組的武裝進行干涉，攔截不到本方港口進貨的大帆船。考慮到此前同達伽馬與卡布拉爾船隊的不愉快經歷，有備而來的印度人也儘可能武裝更多兵力出陣。通過常駐自己國內的阿拉伯海商幫助，以僱傭和求援的方式招來40艘大型阿拉伯帆船，並裝有不少鐵製火炮。沿海的村落居民也被大量徵召，湊出多達140艘的小型槳划船和帆船，上面滿載馬拉巴海岸的本地弓箭手。
面對這樣一支突如其來的大軍，坎諾拉爾的國王建議葡萄牙人棄船登岸。但諾瓦立刻婉拒了這個自殺性的避難方式，並同所有船長商議決定，儘快將船帶到海上機動。由於擔心印度人再次謀殺留守的貿易站人員，所以艦隊實際上也無法一走了之，而是需要找機會挫敗對手。然而，由於沿岸的風向不對，艦隊只能安靜的停在港內。卡利卡特人也抓緊時機，在次日凌晨就對坎納諾爾完成封鎖。
天亮後，諾瓦知道自己不能繼續等待，強行帶著4艘卡拉克船衝出口岸。由於印度人以大量小船進行淺水區部署，所以很快就同大帆船發生近距離激戰。他們根據阿拉伯人帶來的中世紀舊俗，將艦隊分為2-3個橫排，逐次發起群體圍攻。遠程火炮在此時沒有太大作用，反倒是單兵操作的火槍、弩和小口徑火炮更加實在。也是有因為卡利卡特的小型戰艦數量過多，造成前排人開始交戰時，後面的友軍還只能焦急的進行“排隊”。
依靠自身的船體堅固和火力強勁，諾瓦的4艘船也很快突破了對手的第一線船隻。在遭遇到更多小型戰艦圍攻前，她們迅速順著風向調整了位置，組成首尾相連的早期戰列線。接著開始以最好的銅製火炮展開射擊。卡利卡特人小船根本追趕不上，只能在中遠程躲避炮火襲擊，場面一度非常被動。
但隨著海風在中午停歇，葡萄牙大船的速度優勢又變得蕩然無存。於是，更多小型槳划船開始蜂擁而上，從四面八方開始攀爬這些浮動的木質堡壘。諾瓦的手下幾乎全部出動，將遠程火炮、近距離支援火銃和單兵武器全部用上，才將卡利卡特的人海攻勢逼退。大量傷亡開始出現在印度人一邊，卻依然不能減低他們的決戰熱情。
戰至下午，南風再次吹拂海面，4艘卡拉克帆船得以向著東北方向突圍。葡萄牙人再次有意用速度拉開差距，接著以自己最為舒適的方式發射火炮。落入捱打境地的印度艦隊，便一直在射程距離的邊緣徘徊，不放棄任何可以進行纏鬥的機會。這樣的追逐持續到了日落，才讓雙方因夜幕降臨而分頭下錨休整。但印度人還是不想讓葡萄牙人度過一個稍微安逸的跨年夜。他們在夜裡不斷釋放火船，鬧的諾瓦的部下徹夜未眠，不斷用火炮攔截熊熊燃燒的小船。結果，這種帶有濃郁中世紀特色的海戰大殺器，便沒有取得任何實際效果。
1502年1月1日，卡利卡特人再次從早晨就開啟全面圍攻模式。諾瓦則利用風力駛往深水區，順便將敵人帶離盟友的海岸。經過類似前日的鏖戰，又在傍晚返回淺水區休息。他們已經殺死了數千阿拉伯-印度聯軍，並擊沉10艘對方的小型戰艦。許多首次來亞洲的海員，開始摸清對手的實際能力，並從最初的驚恐中恢復過來。這就為戰鬥第三天的徹底反撲打好了心理基礎。
1月2日，葡萄牙人主動向如影隨形的印度艦隊發起挑戰。這一大膽舉動也讓對手沒有立刻反應過來，就被卡拉克船的縱隊突破了防線。為了打擊敵人的士氣和協調能力，諾瓦選擇以載有貴族和軍官的大船下手。這些穆斯林世界的大型海船，往往載有幾倍於西洋商船的士兵，也裝備著性能並不那麼糟糕的火炮。4艘葡萄牙船幾乎開動全部火力，猛攻他們抓住的其中3艘。在完全沉沒之前，阿拉伯帆船被各類槍炮打的千瘡百孔，也連累到拱衛自己的數艘小船一起傾覆。
這次反擊也幾乎逆轉了雙方的攻守之勢。看到己方艦隊的核心遭到重擊，不少印度小船開始動搖和感到恐懼。先前遭到2天圍攻的葡萄牙獵物，立刻轉變為獵人，開始追殺的逃跑者。由於隊形完全混亂，印度人在這個過程中也損失劇增。連續的高強度作戰，讓不少槳手出現嚴重疲勞，以至於逃跑的速度都變得緩慢起來。諾瓦的艦隊則在後面不斷追趕，並用火炮再次擊沉數艘敵船。
直到這天的太陽西下，葡萄牙船隊才返回坎納諾爾休息。他們再次發現1艘因混亂而迷航的大型阿拉伯帆船，便抓緊時間予以搶佔。出於報復和洩憤，諾瓦下令不留俘虜，而是縱火將他們同帆船一起焚燬。整個卡利卡特組織的艦隊，也在發現勝利無望後四散而逃。當卡拉克船隊踏上回國航途，又最後捕獲了1艘落單的阿拉伯船。船上所有成員在被擊敗後關入下層甲板，並隨著毀滅性的火焰一同葬身大海。
這場耗時5天的坎納諾爾戰役，讓總數7000的阿拉伯-印度聯軍死傷400多人。5艘大型阿拉伯海船被毀，12艘小型艦船沉沒。葡萄牙艦隊卻沒有成員陣亡，只有十幾人因弓箭和小型火器發射的彈藥碎片負傷。由於保護了坎納諾爾港，也促成後者堅定的倒向里斯本當局。同時，這也是近代海軍戰列線的亞洲首秀。一直到1944年，類似的海戰原理才在亞太地區完成全部演出。
諾瓦的船隊在1502年9月返回本土，沒有船隻因惡劣的海況而中途遇險。通過季風北上的途中，他們發現了孤懸任何大陸之外的聖赫勒拿島。近代的歐洲海員，就此多了一處去往東方的中轉站。日後的法蘭西矮子皇帝，也有了自己的魂歸之處。
