進入17世紀，經濟發展人口繁衍。此時各部封建主爭奪牧場，兵戎不息土爾扈特部首領和鄂爾勒克聯合和碩特部和杜爾伯特部一部分人遠遷伏爾加河下游；顧實汗率領和碩特部多數部眾進入青海。天山以北的廣闊牧場就剩下準噶爾部，杜爾伯特一部分和輝特部。杜爾伯特部與準噶爾部同宗，此時依附於準噶爾部，輝特部又追隨杜爾伯特部，所以老大就是準噶爾部了。葛爾丹的父親是巴圖爾琿臺吉，祖父是哈喇忽喇。1634年哈喇忽剌死，次年巴圖爾琿臺吉掌管西部蒙古，1653巴圖爾琿臺吉死，長子僧格接掌大權。父子二人致力於經濟發展，清朝建立後，西部蒙古與大清關係和睦，貿易往來不停。
此時沙皇俄國已開始東進，巴圖爾琿和僧格父子二人到是與沙俄有許多矛盾，其矛盾有二，一是“禮儀之爭”，沙俄總是高高在上，企圖讓準噶爾成為他們的臣民，而巴圖爾琿父子堅持坐著接收沙皇信函，認為彼此是平等關係；二是反對沙俄徵收伏爾加河流域蒙古人“實物稅”，認為那部分人屬於自己。
可惜好景不長，1670年僧格被異母弟車臣臺吉殺害，遠在他鄉葛爾丹聽說此事返回準噶爾。
葛爾丹是巴圖爾琿臺吉第六子，生於1644年，長康熙帝10歲。葛爾丹早年投達賴喇嘛門下，在西藏出家。葛爾丹聽說長兄被害立即還俗，在西藏僧俗上層社會大力支持下返回準噶爾。葛爾丹在僧格舊部楚琥爾烏巴什的幫助下率軍與車臣臺吉大戰於阿爾泰山區。車臣兵敗，葛爾丹統領西部蒙古。葛爾丹是個野心極大的人，掌權之後於1673年擒斬楚琥爾烏巴什，1677年又揮師殺向鄂齊爾圖車臣汗，把勢力伸展到今甘肅張掖一帶。此後他把目標轉向天山以南的回疆，此時的南疆察合臺后王勢力已衰，和卓們拉幫結夥分成白山派和黑山派，雙方對立尖銳。黑山派在察合臺后王伊馬葉勒支持下佔了上峰，他們把白山派首領阿帕克和卓驅逐出喀什噶爾，令其沿街乞討，在中亞大地區流浪了十年，最後經克什米爾進入西藏。不久阿帕克和卓拿著五世達賴的信去準噶爾投奔葛爾丹。五世達賴要求葛爾丹率兵收復“暴君統治的那些城池”，授葛爾丹尊號“普失克圖汗”，這是繼明朝也先之後又一個獲得“汗”稱號的西蒙古人。葛爾丹得意忘形，親率12萬鐵騎在白山派的配合下橫掃南疆。自此以後，準噶爾貴族統治南疆80餘年。
