肝病毒感染後可以引起急性肝炎，也可以引起慢性肝炎或隱匿性感染。這主要與感染時的年齡有關(不同年齡其免疫狀態不同)，通常在圍生 (產) 期和嬰幼兒時期感染HBV 者中，分別有90%和25%-30%將發展成慢性感染;在青少年和成人期感染HBV 者中，僅5%-10%發展成慢性HBV感染。成人期感染HBV 者90%以上均可完全治癒。這也是我們常常在體檢中發現有些人乙肝五項中抗HBs 及抗HBc陽性的原因之一。
慢性乙型肝炎病毒感染的自然病程漫長，可持續30～50年。期間可分為免疫耐受期、免疫清除期、免疫清除期和非活動或低(非)複製期。
免疫耐受期：特點是HBV 複製活躍，HBV DNA滴度較高 (>105 拷貝/ml)，血清HBsAg 和HBeAg 陽性，血清丙氨酸氨基轉移酶 (ALT) 水平正常，肝組織學無明顯異常，這也是我們常常見到的慢性HBV攜帶者;
免疫清除期：表現為血清ALT及天門冬氨酸氨基轉移酶 (AST) 持續或間歇升高，肝組織學有壞死炎症等表現，HBV DNA 滴度>105拷貝/ml，但一般低於免疫耐受期，這是通常所說的慢性肝炎。
非活動或低 (非) 複製期：表現為ALT/AST 水平正常，肝組織學無明顯炎症;HBV DNA 檢測不到 (PCR 法) 或低於檢測下限， HBeAg陰性，抗-HBe 陽性，這部分患者成為非活動性HBsAg攜帶狀態。
慢性乙型肝炎患者中，肝硬化失代償的年發生率約3%，5 年累計發生率約16%。慢性乙型肝炎、代償期和失代償期肝硬化的5 年病死率分別為0%-2%、14%-20%和70%-86%。肝硬化者5 年肝癌的發生率為6%-15%。在6 歲以前受感染的人群中，約25%在成年時將發展成肝硬化和原發性肝癌。
因此，對於慢性HBV感染者最終的轉歸大致有以下三種情況：終生攜帶病毒不發病;或轉為慢性乙型肝炎;或進一步發展成肝硬化、肝癌。由於慢性感染時病情常常隱匿，不易被發覺;即使有些不適如不想吃飯、精神差、乏力或噁心等亦不被引起注意。常常在病情嚴重時才來就診，可能這時已經失去了許多治療機會，所以我們強調在發現有HBV感染後要定期做相應的檢查。
