建文帝即後位，為了鞏固政治地位決定削藩。在剪除了幾位勢力較弱的藩王后，直指實力較強的燕王朱棣。
由於朱元璋在位時幾乎殺掉了所有開國功臣，等到建文帝派兵攻打朱棣時，竟無將可用。考慮再三之後，建文帝任命耿炳文為徵虜大將軍，率三十萬大軍征討朱棣，其實只有十三萬。
耿炳文是朱元璋開國功臣之一，但才能遠不及徐達、常遇春、湯和、鄧愈等人。但朱元璋在晚年非常倚重耿炳文，將已故太子朱標的長女江都郡主（建文帝姐姐）嫁給耿炳文的第三子耿璇。這樁政治婚姻其實是朱元璋為了保護即將即位的皇太孫，故意籠絡耿炳文。
朱元璋為何將“保嫡大任”，交給並不是大將之才的耿炳文呢？
耿炳文是朱元璋的同鄉，朱元璋回鄉募兵時，耿炳文隨父親耿君用入伍。耿君用官至管軍總管，與張士誠作戰戰死，耿炳文承襲父位，跟隨朱元璋南征北戰，成為朱元璋的謫系。
耿炳文雖作戰勇猛，但幾乎沒有機會獨立統帥大型團戰。明初較大的一些戰役，他都是以副將的身份出現。比如：洪武十四年，隨大將徐達出塞，打敗元朝平章乃兒不花；洪武十九年，隨潁國公征討雲南，平定曲靖蠻；洪武二十一年，隨永昌侯藍玉北征，到達捕魚兒海。
耿炳文雖不是大將之才，但也有很多優點。耿炳文為人謙遜，軍事上特別擅於防守，曾死守長興十年，“以寡御眾，大小數十戰，戰無不勝，士誠迄不得逞”。耿炳文的長期防守，讓張士誠無法前進一步，立下大功，在洪武三年被封為長興侯。
洪武末年，開國功臣盡隕，倖存的只有耿炳文和郭英二人。耿炳文終於有了獨立帶兵的機會。比如：洪武二十五年，平定陝西、徽州妖人之亂；洪武三十年，剿四川賊寇高福興；洪武三一年，鎮守遼東。
由於耿炳文是朱元璋嫡系（忠心耿耿），和朱元璋還有姻親關係，再加上眾開國功臣不是死的死就是被殺，所以朱元璋晚年特別信任他，將“保嫡大任”交於他。
建文帝元年，朱棣在北平起兵，六十五歲的耿炳文披掛上陣。耿璇（耿炳文兒子）建議父親直搗北平，不給朱棣喘息的機會。但耿炳文行動遲緩，大軍到達真定後，將大軍分駐在滹沱河的南北兩岸。
當時時值中秋，防衛鬆懈，朱棣突然來襲，打的耿炳文潰不成軍。建文帝十分失望，將耿炳文召回，派李景隆去應戰。而李景隆根本不會打仗，連戰連敗，以至全軍覆沒。建文帝四年，朱棣直逼南京，谷王朱橞與李景隆開金川門投降，宮中大火四起，建文帝不知所蹤。
朱棣稱帝后，耿炳文遭刑部尚書鄭賜、都御史陳瑛彈劾，說他的衣服、器皿上有龍鳳圖案，是大逆不道的行為。耿炳文怕朱棣對自己發難，自殺。他的三個兒子耿璇、耿瓛、耿瑄，也受到牽連被殺。
關於耿炳文最後的結局一直存在爭議。明史專家顧誠在耿炳文的墓誌銘中發現耿炳文死於真定，朝廷痛惜不已，以很高的葬禮安葬了他。其他一些歷史專家或歷史愛好者，也很認可這一說法。
不管耿炳文結局如何，他為明朝所做出的貢獻不應該被遺忘。雖不是大將之才，但他對明朝忠心耿耿，也應當被尊重。