蜘蛛侠死对头诺曼.奥斯本通过屠杀的寄生体附身，变成红色恶魔。并开始对蜘蛛侠周边的人，像玛丽简、梅婶进行复仇，还打算让孙子继承自己的邪恶帝国，种子蜘蛛侠的盟友们都被击倒（非蜘蛛侠系列的只有霹雳火赶来了，别人都有任务。）
詹姆森自从上次知道蜘蛛侠就是彼得帕克，推理出埃迪就是毒液，于是请他去斯塔克大厦保护玛丽简。与此同时诺曼将自己的已经被屠杀同化的孙子派去刺杀梅婶，使其有机可乘的打击了八爪博士。詹姆森则用旧版的蜘蛛杀手来救援。红恶魔突破了毒液、蜘蛛人和拿着钢铁侠手套的玛丽简的三方联合攻击，埃迪决定把寄生体让给彼得，让他有更大的力量对付红恶魔。
彼得赶到梅婶家的时候，诺曼带着孙子离开，而蜘蛛侠则惊讶八爪博士的救援，梅婶说任何人都有机会当英雄。八爪博士其实以前利用梅婶办了一场婚礼，但后来假戏真做的爱上了她，加上他取代彼得肉体时有了相关的记忆，了解到何为英雄，所以基本上八爪博士现在算是个反英雄，所以会来帮助自己曾爱过的人也正常。而诺曼带着孙子来到炼金术公司，遇到了媳妇丽兹、丽兹的哥哥和儿子哈里，在短暂的冲突中，父母的爱让儿子暂时脱离了屠杀寄生体的控制。
蜘蛛侠继续追击红恶魔，但这时诺曼说说为何他不给所有人最后一击的原因，原来他把屠杀寄生体用红针刺进所有人体内，所以他们随时都可能死亡。但这时毒液特工闪电汤普森赶来，他说已经用自己的能力清除了所有人体内的屠杀针，他也知道彼得就是蜘蛛侠这件事，希望他能原谅过去霸凌他的事，但蜘蛛侠早在大学时期就原谅他了，所以他们才会一直都是朋友。
听到这些的红恶魔气炸，复仇计划被汤普森搞砸了，于是他开始虐杀毒液特工。蜘蛛侠降到这个场景愤怒指数飙升而被毒液寄生击飞了红恶魔。汤普森让彼得冷静，不要被寄生体控制。冷静下来的彼得发现自己朋友快死了，于是想让寄生体回到他身上，但汤普森拒绝了，他说人们需要蜘蛛侠，而后就死了。
最后蜘蛛侠和红恶魔在时代广场大战，彼得说大家只会想到这一切都是屠杀所为而不会觉得是绿魔做的，诺曼被激将法所骗以普通绿魔的姿态出战，而彼得也对毒液寄生体说这附近都被诺曼破坏了都是大火不安全，所以也要它离开，自己以一般蜘蛛侠的姿态应战。只抓下回应了周遭的人教导他的事，打败了诺曼.奥斯本，而此时詹姆森拿着枪出来想要杀了这个恶棍，以免他再出来威胁所有人的加人，但彼得以肉身阻扰，说到力量越大责任就越大，将诺曼移送高级监狱，让他面对制裁。
蜘蛛侠来监狱看诺曼，但对方已经疯掉了，说蜘蛛侠才是诺曼而他本人则是屠杀。另一面，哈里和丽兹要将体内的屠杀寄生体排出，但并未完全成功。
最后，大家出席了闪电汤普森的葬礼。最后的最后，八爪博士以假身份来到大学就业，当然遇到了他在当蜘蛛侠时期的爱人安娜。
总之感谢Dan Slott这十几年下来担任蜘蛛侠的主编的付出，之后就等别的编剧团队接手打开蜘蛛侠的全新篇章吧。