提出保留意见，通常出于三种情况：缺乏一贯性；存在重大的不确定性；对公司持续经营能力有所怀疑。
（1）一贯性。如果一家公司变更了以前年度一直使用的会计原则，审计报告必须在“强调事项段”或“保留意见”中专列一段予以说明。例如，在强调事项中注明，“某公司在某年变更了计提折旧的方法”。
（2）不确定性。有时某个重大的不确定性事件（例如一项未决诉讼）最终会对公司的财务状况产生重大影响，但该事件最终结果尚未出来，这时就需对该类事件予以特别关注，并描述出该不确定性事件的性质。
（3）持续经营怀疑。所有的财务报表都是以公司持续经营为前提的。如果审计人员对持续经营存在怀疑，如有的已连续亏损数年，有的已资不抵债，还有的主要业务已处于停产状态，等等，那就必须在保留意见中予以列示，并且对为什么会产生持续经营怀疑的某些重要细节作出解释。