宁夏的马兆元、马化龙攻下灵武、平罗后，回军进抵石嘴山，该处回民带领汉民迎回军进礼拜寺，结果回军中有阿訇喝称见汉不留，于是回军一顿大刀片子……
固原石家沟回民杨达娃子等闻陕西回民起义后，迅速响应，纠众四处焚杀。清军提督金文带被免职回省，州城只剩平庆泾巡道万金镛居守。州民上万人去告万金镛回变之事，均被万金镛斥之，他认为这只是民间械斗而已，回民断不可起事。州民又请求把团防交给他们，万金镛昏聩无能，居然不答应！他传集汉回年长者入皇庙，怀抱经书发誓：“回汉两不相害”。同治元年（1862年）十二月下旬，回民杀掠四起，扬言北破七营镇，南破瓦亭，然后杀往固原。一时人心惶惶，急请万金镛选丁授械，加强城防。万金镛认为自己平素厚待回民，回民必不背叛他。学正岳镇东上书，请乘回民初变，急请兵剿之，不可养痈成患。万金镛也没有采纳。回民于是以金玉财宝送万金镛，万金镛也偏袒回民。
此时，张岳奉檄率西宁兵300来防，途经七营镇，适逢回军正攻镇，张岳立即振旅迎战，其部皆精兵，回军遂被击散。各镇群众犒劳军队，要求留下，哭声震野，张岳说要去州城，许多百姓携眷跟随。张岳军至固原，万金镛居然以粮饷紧绌，辞去不要。一些富户主动捐银捐粮，要求留下。万金镛迫于众议，才将张岳所部留下。下马关、预望城相继被回军攻陷，形势岌岌可危，固原城中百姓因为有张岳军在，所以风鹤不警。于是回军乃设“调虎离山”之计，假作平凉调援书送进城里，要张岳驰援平凉，万金镛便对那些有身份的老人说，张岳应该服从调动，赴援平凉，不宜久留，州城有回绅阿訇足够保卫。绅耆皆大哭，恳求留下。万金镛坚决不答应。知州贾元涛请求急办团防，又请留张岳军，金镛避而不见。贾元涛遂离去。万金镛将州事城防委任马维岳，倚之如左右手。马维岳系陕西回民马百龄族侄，既任事，回民气焰愈张。
万金镛催促张岳率兵起程，要求士兵手里不要拿军械，以免沿途回民警疑。张岳走后，商民附从逃者数万人。张岳率兵行至白土口堡，有些瘦老回军头目在路边相迎，中规中距，如送别友人。张岳还不及答应，回军已从后面杀出，张岳被杀于马下，由于清兵军械均捆载在后车，措手不及，兵民尽被回军杀死。
万金镛闻讯，仍持两可，守备尚虚。不久瓦亭陷落，绅耆力挟万金镛筹防御。他这才选了五六万壮丁交替守城。万金镛忽然又令守军休息一二日，等过年后再说，不从者以激变论处！城守遂废驰。同治元年除夕夜，本地回军与莲花城穆生华回军千余人，潜行至城外二里雷坛庙。掌管南门城守的妥贵本是回民头目，随即开门迎进回军，右营把总仇占林投敌变节。回军自南城杀入，烧鼓楼。此时，万金镛正率属僚在万寿宫朝贺。见火起，即归署，见回军蜂拥而入，万金镛便用白布缠头，说需要军饷则署内有黄金白银万斤，需要军粮则仓储万石。这会儿回军哪听你扯淡？入署即开始抢掠。万金镛这时才知道什么叫做回军！可是一切都晚了。他气愤地说：“前若听绅耆的话，你们绝不会这么快就来到这里。”回军持枪包围，万金镛一边斗一边乞怜，回军遂并其眷属全部掳去杀之。知州马维岳亦叛，学正岳镇东全家死，千总张凌汉激战而死，贡生张凤岁将全家焚烧于家祠后，持械迎战，以身殉职。有回民马义春不愿从回军叛乱，也被杀，其妻王氏持菜刀，儿子马生彪、侄儿马生英也各持枪杀死回军数人，力竭而死。千总朱殿勋赴中营参将景文处商量办法，及至，景文已经头缠白布喊“安拉”了！朱殿勋随即举军旗，在城内小教场聚得民众千人，率往营库发给军械，开始和回军干。回军稍退，朱殿勋益加鼓励，回军稍溃败。民团见回军一退，也都作鸟兽散了，回家照看家眷去了。朱殿勋大声说：“今日之事，胜则全城可保，败则靡有孓遗，宜急努力逐敌。”民兵无人应，朱殿勋大声呵止，直至声嘶力竭，还是不能制止。民众愈来愈少，而回军愈集愈多。无奈，朱殿勋只好让剩下的民众逃命，他独自挺戈与回军战，手杀数人后力屈被擒，后被回军大卸八块。全城官民凡二十余万人全部被屠。真是可怜之人，必有可恨之处！即将被屠，还不知团结一心，奋力一搏，却顾自己的小家去了，结果玉石俱焚！呜呼！汉民这种小农意念导致被屠的悲剧，在蒙古人手里上演过，在回军手里上演过，在日本手里也上演过……
当时，许多回民不愿跟着叛乱，许多人是被裹胁的。凉州总兵万年新驻防盐茶厅，闻固原城陷，遂前往剿灭。至李旺堡时，回军头目穆生华伪为投诚，万年新知其诈降，便让阿訇王大桂前去劝说。王大桂先是被马兆元逼反，后又悔之，投入清军。这次去当说客，回军自然不从。不久，盐茶厅被攻陷，万年新被杀，王大桂集众拒守，城破后王大桂纵火自焚。于是回军中编出谣歌：“王阿訇心变了，草胡子火炼了，大教场揭面了，王阿訇烧烂了。”