华大基因是一个专门从事生命科学的科技前沿机构。以学、研、用为主的科研方式。涉及人类、医学、农业、畜牧、濒危动物保护等分子遗传层面的科技研究。
1999年
9月9日，北京华大基因研究中心成立。
2000年
6月26日，克林顿与布莱尔共同宣布由美国、英国、德国、日本、法国和中国六国16个中心共同承担的人类基因组”工作框架图”绘制完成。江泽民同志接见了人类基因组计划科学家。
2001年
1月21日， "杭州华大基因研发中心"在杭州市西湖湖畔成立。
10月12日，中科院、国家计委、科技部联合宣布：中国率先在世界上完成了水稻(籼稻)基因组的"工作框架图"和数据库。
2002年
华大基因牵头中华协作组，承担10%国际人类基因组单体型图计划。2005年10月27日，该计划成果以封面文章形式发表在《自然》上。
2002年4月5日，美国《科学》杂志以封面文章的形式发表中国水稻(籼稻)基因组工作框架图学术论文。
2003年
华大基因在国内第一个破译四株SARS病毒全基因组序列，在全球首个公布SARS诊断试剂盒。
4月，中科院宣布在华大基因基础上组建北京基因组研究所。
5月，华大向全国防治非典型肺炎指挥部捐赠30万人份SARS病毒诊断试剂盒。
2004年
5月21日，禽流感病毒基因组测序，同时开发出了相应的检测试剂盒。
12月30日 印度洋发生海啸，代表中国政府、由华大方瑞派出了一支海啸遇难人员DNA鉴定救援组赶赴泰国海啸灾区参与救援。
2005年
2月1日，水稻基因组计划"精细图"研究成果论文文章发表在《PLoSBiology》2005年第3卷第2期上。
10月27日，国际人类单体型图计划成果以封面文章的发表在英国杂志《自然》上。被《Science》评为2005年全球十大科学进展第一位。
2006年
10月18日，DNA双螺旋结构发现者之一、享有"DNA 之父"称誉的诺贝尔奖获得者詹姆斯.沃森教授来到我单位参观访问。
2007年
2月，华大健康（现华大医学）事业部正式成立。
6月19日，深圳华大基因研究院成立。
10月11日，深圳华大基因研究院完成绘制“第一个中国人基因组图谱” ，并在《自然》封面文章发表。
12月，《科学》杂志报道“第一个中国人基因图谱”工作。
2008年
1月22日，“千人基因组计划”正式启动。2010年10月28日在《自然》发表。
2009年
1月，华大农业植物平台成立。
3月20日，香港华大成立。
2010年
1月，华大基因购买了Illumina公司的128台HiSeq 2000测序仪，成为全球测序通量最大的基因组中心。
1月11日，武汉华大成立。
3月4日，《自然》封面发表“人体肠道菌群元基因组参考基因集的构建工作”，12月17日，入选《科学》杂志“本十年卓见”。
4月27日，美洲华大在波士顿成立。
5月17日，欧洲华大在丹麦哥本哈根成立。
年底，日本华大在神户成立。
2011年
1月10日，国家发展改革委正式批复同意依托深圳华大基因研究院组建深圳国家基因库。
9月1日，天津华大成立。
10月，华大基因学院成立。华大基因学院致力于国际化开放办学，建立“以项目带学科 、带产业、带人才”的新型培养方式。
11月，华大启动“百万基因组计划”,由“百万动物”“百万植物”和“百万人基因组计划”三部分组成。
11月11日，上海华大成立。
2012年
2月17日，华大-加州大学戴维斯分校联合基因中心成立。
4月，华大科技正式成立。
7月12日，华大基因和生物医学中心（BioMed Central）宣布其共同创办的生物学期刊《GigaScience》首刊正式发行。
9月27日，华大基因-费城儿童医院联合基因组学中心成立。
2013年
3月18日，华大基因成功收购人类全基因组精准测序的创新领导者Complete Genomics。
2014年
6月30日，华大基因测序仪及胎儿染色体非整倍体检测试剂盒获国家食品药品监督管理总局批准上市。这是国家食品药品监督管理总局首次批准注册的第二代基因测序诊断产品。
2015年
2015年12月18日，证监会公布华大基因拟创业板上市《申报稿》，该公司上市保荐券商为中信证券（600030）。
2016年
2016年2月23日BGI宣布在阿里云计算平台部署的服务产品BGI Online国内beta版本正式上线。 [1]
2017年
2017年11月8日，华大基因入选时代影响力·中国商业案例TOP30。