介观商务模式的提出不仅发现了企业管理理论研究的新视角，为企业管理研究提供了新的独立分析单元，也对研究方法提出了新的挑战。新的概念体系需要新的科学方法论和分析工具。将在借鉴自然科学和社会科学研究方法的基础上，根据介观商务模式的概念框架，应用适当的理论和形式化的分析工具，研究商务模式创新的内在规律。因此，把介观商务模式的研究视角和其特有的方法论有机地结合起来，
（1）根据介观商务模式及其创新的概念体系和基本思想，分析商务模式各组分之间的相互作用关系，进而剖析商务模式作为一个复杂系统的形成机理，分析商务模式的复杂系统特性，探讨描述商务模式复杂性的形式化方法，从而为应用复杂系统理论及其有关方法和工具，研究商务模式创新奠定方法论的基础。
（2）根据商务模式组分及其相互作用关系的特点，探讨复杂系统理论的相关研究方法在商务模式创新研究中应用的可能性和具体方法，建立基于复杂系统理论的商务模式创新的基本分析框架。
（3）根据研究的需要和商务模式的复杂系统特性，对复杂系统理论等相关方法和模型做适当改进，建立基于复杂系统理论的商务模式创新模型，进而对模型进行解析分析或计算机模拟。在大量统计结果的基础上，分析商务模式性能与商务模式复杂性之间的关系，为商务模式创新规律的分析提供形式化和定量的依据。
（4）细分创新的传统内涵，把商务模式创新独立于技术创新，视商务模式为最大限度地挖掘技术创新的商业潜力的转化机制和桥梁，研究商务模式创新与技术创新的协同问题，建立商务模式创新与技术创新的协同模型，用形式化和定量分析的方法，分析商务模式创新与技术创新的必要性和可能性。