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謝謝@悟空小秘書的邀請。之前我回答了崇明島會不會堵長江口時，大概說了崇明島的面積增大的原因，有位網友總結特別好，“南守北攻”，即人工防禦南岸沖刷，北支徑流的減少造成河沙淤積，另外由於潮汐作用，目前崇明島的東灘是造陸的主力軍。
而題主關心的是航道通行，那得首先了解長江口航道分佈。
長江口經長期演變和人工干預形成了三級分汊、四口入海的格局，即自徐六涇以下，長江被崇明島分為南支、北支，南支又被長興島與橫沙島分為南港、北港，南港則再被九段沙分為南槽和北槽．1984年北槽通過人工疏浚開通了7．0m航道，1998年開始的長江口深水航道治理工程選擇北槽攔門沙航道作為整治對象，按照“一次規劃、分期實施、分期見效”的原則分3期實施，以整治和疏浚相結合，2002年9月竣工一期工程，航道水深由工程前的7．0m分別逐步增深至的8．5m、2005年11月竣工二期工程的10．0m，2011年5月竣工三期工程的12．5m深水航道．
但由於航道是需要維護的，以長達92．2km，寬為350～400m的長江口，12．5m深水航道為例，年正常維護疏浚量約6000萬m3左右。維護過程中產生的大量疏浚土約60%直接外拋，其餘約40%通過吹泥站中轉用於橫沙東灘吹填造陸．為了面對每年如此大的清淤工程量，我國還造了一個清淤神器，“天鯤號”。
長江口深水航道，不僅大幅提升“江海聯運”能力，而且還產生不錯生態效益。
綜合以上，崇明島會影響長江北支的航道，將來是可能直接淤積與北岸的南通相連。而南支的深水航道是國家一直在清淤維護，題主不用擔心南支航道受其影響，因為有人在默默在做了。
我在悟空上的相關問答；大家關注可以擴展閱讀；
1，為什麼上海浙江一帶的海水是黃的，但是往北的青島煙臺，往南深圳那邊的海就很藍？
2，崇明島以後會把長江口堵住嗎？
希望大家多多點贊和評論，今後我會在悟空問答上精選一些有趣的問題，從科學角度來解釋問題。
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崑崙還東國
不會，長江在崇明島的位置形成了南跨個北跨，北跨的江面狹窄，水也淺，大船不能通航，長江的出海航道在南跨，長江的水流也主要在南跨，水流量大水流急，泥沙不容易沉澱堵塞航道。北跨江水流速慢，如果不是每年清理，會越來越淺，將來會與南通海門連接，形成半島。
爺1158154554
島是趆來趆大了，人口越來趆少了，特別青少年少看見了，每家每戶白頭髮老頭老太看家護園。
用戶5969832487
河口淤積出的土地是上天賜予的寶貝，不光崇明，連上海都是淤出來的。過去圍墾出大片的土地，建設了許多農場，建設了金山石化，現在土地稀缺卻不開發了。為什麼不鼓勵社會資本圍墾開發，科學合理的規劃完全可解決生態問題的。
wxj23006884
我是啟東的，崇明島是不是想靠過來了？
迅捷斥候提莫寶寶
再大也沒有啊，過橋費還是貴
雙魚139207869
只要長江不斷流，就不會影響航道
五虎8
不會，中國疏浚技術，國際一流。
一個人在新疆
這個島，，會有大文章的
北京大哥007
你學過地轉偏向力嗎？