1965年印尼发生政变事件，时任总统苏加诺被迫下台，印尼军方苏哈托上台。该年9月30日印尼马上发生恶性屠杀事件，印尼当地华人遭受非人待遇。许多华人被剥夺经济权利，华人被从城市赶往恶劣的乡村。甚至华人都不能使用中华的称号，只能使用支那。
残害印尼华人的苏哈托，在1965年9月30日后上台，进行了长达三十几年的统治。
苏哈托执政后规定华人不能使用中华族的这个称号，只能cina（支那）这个称号，华人在印尼也不能拥有汉字和汉语，所有中文学习都被迫关闭。有许多华人因为肤色不如印尼本地人那样黝黑而备受歧视。
图为艾地
当时备受印尼华人支持的印共也被取缔，印共艾地也被抓获，并在同年被印尼官方杀害。伟人还为他写了一首悼念诗歌《卜算子·悼艾地》“疏枝立寒窗， 笑在百花前。奈何笑容难为久，春来反凋残。残固不堪残，何须自寻烦？花落自有花开日，蓄芳待来年。”
1965年9月30日被苏哈托领导的印尼军队迫害华人，华人被抓。华人与印尼原住民之间的矛盾最早见于荷兰殖民地的时期。印尼独立前，殖民政府采用“分而治之”的管治策略令占少数的华人较有优势，打压大多数的原住民，引起双方矛盾。在1965年9月30日后印尼人掌握大权，苏哈托对付华人。
1965年9月30日后印尼苏哈托挑拨大雅人与华人，谎称华人杀害大雅人长老，使得华人被大雅人杀害。美国中央情报局曾把这段悲剧称为“20世纪最惨的集体谋杀”。
1965年9月30日后华人在印尼遭到不公平待遇，华人不能有华人名字，不能不准开办华人学校，不得进入政府部门工作，不得使用中华和中国这样的字眼。
之后中国启动史上最大规模的撤侨活动，大量华侨归国，9万多旅居印尼的华侨回国，广东福建等地建有归侨农场。
而现在的印尼官方对于此历史一直都没道歉，2016时该国总统佐科下令在全国各地寻找埋葬遇难者的万人塚，表示如果能找到万人冢才能有证据证明那段大屠杀历史。