增值税发票综合服务平台（企业端）优化升级了原增值税发票选择确认平台和发票查验平台，为纳税人提供了增值税发票的网上抵扣勾选、退税勾选、代办退税勾选、进销项发票查询、成品油消费税管理和发票下载等功能，功能更加完善、界面更加友好。
一、抵扣勾选特别注意事项
1.所有发票均需确认用途后再进行勾选。可勾选的发票类型为：增值税专用发票、机动车统一销售发票、增值税电子普通发票（通行费）。发票用途包括：用于申报抵扣或不抵扣、用于出口退税和代办退税，三项用途相互独立、每份发票只能选择其中一项。
2.抵扣勾选增加确认签名操作。不管是扫描认证的还是平台勾选的发票，最后都需要登录综合服务平台进行签名确认，否则申报时系统无法获取进项税额。申报期内，纳税人可使用“抵扣勾选统计”功能进行抵扣申请，并对抵扣统计表进行签名确认，完成签名确认后填写申报表进行申报。
3.所属期内申请统计和确认签名后允许多次撤销和重新申请/确认签名，撤签名操作仅可在未申报或成功撤销申报的前提下进行。申请统计或签名后，发票勾选状态被锁定，需要撤销统计进行抵扣/不抵扣操作。
4.更改有效税额时，注意有效税额小于等于税额。一旦进行部分勾选申报缴税后则不可撤销，剩余的税额也不能二次被抵扣。
5.进行不抵扣勾选申报缴税后不可撤销，代表纳税人确认了该张发票不抵扣，以后税款所属期不可转为抵扣。
6.已抵扣撤销后才可以进行退税勾选。
二、退税勾选特别注意事项
1.仅外贸企业、外综服企业拥有该模块。
2.没有该模块需要查看纳税人档案是否为外贸企业、外综服企业。如未同步，需要到税务局端加载档案。
3.纳税人可在每个自然月所属期对当期勾选的发票进行多次确认，退税勾选确认后不可撤销。确认前可以在撤销退税勾选后重新选择该张发票为抵扣还是退税。
4.外综服企业在平台上具有代办退税勾选功能，该功能只适用于有代办退税标识的增值税专用发票。代办退税勾选功能勾选即确认，且不可撤销。
三、
逾期发票抵扣勾选在税务局端审核通过后，纳税人通过“抵扣勾选-逾期抵扣勾选”进入逾期抵扣勾选操作页面，进行勾选或撤销勾选操作。该功能不取代现有的逾期增值税扣税凭证抵扣申请审核流程。
四、
纳税人可以通过“注销勾选”对已勾选过的发票进行提前的确认签名，不需要等到次月首日。纳税人仅在注销税务登记时使用注销勾选功能。纳税人注销勾选后，需要完成注销申报或撤销注销勾选。
五、
在企业符合回退税款所属期条件，且企业需要回退税款所属期到上一期继续进行发票认证工作时，平台支持回退税款所属期到上一属期的功能。
回退税款所属期具体条件如下：
1.在回退税款所属期前，“抵扣勾选”模块未申请统计或已撤销统计；
2.上一属期撤销申报或征期截止日第二天平台未接收到已申报结果切换税款所属期到下期的；
3.平台从征管系统获取到的需要回退发票税款所属期申报结果为“未申报”；
4.回退税款所属期功能只在申报期内有效。
六、
增值税发票查验可通过“进项发票查询—发票查验”功能实现，发票查验按钮链接“全国增值税发票查验平台”，点击后，自动跳转。