首先，两所大学都是著名的985大学，一个位于长沙，一个位于南京，而且都是以工科为特色的名校。最近今年，两所大学的发展势头都非常好，是每年学生在高考和考研中都非常青睐的大学之一。
东南大学是原来的南京工学院，是从国立南京大学工学院独立出来的，也是著名的“四大工学院”之一，也是“建筑老八校”之一，是211工程大学、985工程大学及双一流大学之世界一流大学A类大学。东南大学的工科实力很强大的，在建筑学、土木工程、电子科学与技术 、交通运输工程、电气工程及自动化、生物医学工程、信息与通信工程等专业学科有优势。
东南大学，在教育部第四轮学科评估中，最高评级为A+级，建筑学、土木工程、交通运输工程、生物医学工程、艺术学理论。A级，电子科学与技术。A-级，仪器科学与技术、信息与通信工程、控制科学与工程、城乡规划学、风景园林学、管理科学与工程。
B+级，哲学、应用经济学、机械工程、动力工程及工程热物理、电气工程、计算机科学与技术、化学工程与技术、环境科学与工程、软件工程。B级，光学工程、材料科学与工程、工商管理、设计学。B-级，力学、公共管理。
C 级，测绘科学与技术。
中南大学
中南大学源于中南矿冶学院也就是后来的中南工业大学，在新世纪合并了湖南医科大学也就最著名的湘雅医学院而名声大幅提升。中南大学是211工程大学、985工程大学也是双一流大学之世界一流大学A类大学，王牌专业有护理学、矿业工程、冶金工程，另外材料科学与工程、机械工程、交通运输工程、土木工程、管理科学与工程也是国家一级学科。
学校设有30个二级学院，106个本科专业；现有一级学科国家重点学科6个，二级学科国家重点学科12个，国家重点（培育）学科1个，国家临床重点专科59个；博士学位授权一级学科35个，硕士学位授权一级学科46个，博士专业学位授权类别6个，硕士专业学位授权类别30个，博士后科研流动站30个。
中南大学，在教育部第四轮学科评估中，冶金工程、矿业工程、护理学获评A+级，马克思主义理论、机械工程、材料科学与工程、控制科学与工程、计算机科学与技术、土木工程、安全科学与工程、临床医学、管理科学与工程获评A-级，法学、工商管理、数学、统计学、生物学、测绘科学与工程、基础医学、化学工程与技术、地质资源与工程、交通运输工程、药学获评B+级，公共管理、物理学、化学获评B级，社会学、哲学、心理学、动力工程及工程热物理、环境科学与工程、公共卫生与预防医学获评B-级，电子科学与技术获评C+级，地质学、力学、电气工程、信息与通讯工程获评C级，口腔医学获评C-级。
最后，如果两所大学对比来看，综合实力上，目前应该还是东南大学略胜一筹，特别是工科实力上。但有一点是东南大学永远的痛，那就是当年大学缺乏湘雅这种强势医学院支撑。虽然一直传说在建医学院，但目前还没实际性进展。一旦东南大学拥有了类似湘雅这种医学院的话，那东南大学将会迎来质的飞跃。