一、种蛋的选择
1、种蛋的来源
种鸡群健康、活泼、反应灵敏和无病，所产的种蛋才有较高的孵化率。如果种鸡群不健康，特别是种鸡有垂直传播的传染性疾病（如白痢、伤寒、副伤寒、支原体病、大肠杆菌病白血病和减蛋综合征等），可经蛋传染给雏鸡，雏鸡就会发病，影响雏鸡的生产和生存。所以，凡患有上述疾病的母鸡所产种蛋，一律不能作为种蛋入孵。
2、蛋重的选择
蛋重应符合品种要求和孵化要求，蛋过大、过小都不宜作种蛋。现代种鸡入孵蛋重要求在50克以上。
3、蛋形的选择 鸡蛋形状为卵圆形，蛋形指数在1.30～1.35。常见的畸形蛋有扁形蛋、圆形蛋、两头尖的长形蛋、双黄蛋、无黄蛋、蛋包蛋等。畸形蛋不能用作种蛋，孵化率非常低或无法入孵。
4、蛋壳质量的选择
蛋壳质地应致密均匀，厚薄适中为好，过薄、过厚、壳面粗糙，矿物质分布不均匀及裂纹蛋等都应剔除。
5、蛋壳颜色的选择
蛋壳颜色应符合本品种的要求。
6、蛋面清洁
入孵的种蛋要清洁。若蛋壳被粪便、灰尘等污染，这些污染物不仅会堵塞蛋壳膜气孔，影响胚胎气体交换，造成死胎，而且因微生物侵入蛋内进行繁殖而导致胚胎污染，脏蛋孵化率低，危害大，在种蛋生产中应加以避免和严格挑选。
二、种蛋的消毒
种蛋由母鸡产出就已被病原微生物等污染，尤其蛋壳有粪便等其他污物时，细菌更多，经存放一段时间后，这些微生物还会迅速繁殖，若蛋库温度高，湿度大时，微生物繁殖就更快。所以种蛋在保存前和入孵前，都应进行1次严格的消毒，以确保种蛋的入孵质量。
1、消毒时间及次数
种蛋保存前消毒时间，最好在种蛋产出后2～3小时进行。每次集蛋完毕应立即消毒，然后入库保存。据报道，刚产出的蛋，表面细菌数为100～300个，15分钟后增到500～600个，1小时以后增至4000～5000个，并且有些细菌透过蛋壳上的细孔进入蛋内，严重影响孵化率与雏鸡质量，因此种蛋不可以在鸡舍内过夜。种蛋码盘后，应在孵化机里进行第2次消毒；孵化期胚蛋移盘后，在出雏机中进行第3次消毒。另外，可在孵化中期视情况增加消毒次数。
2、消毒方法
种蛋消毒的方法有熏蒸消毒法、药液喷雾消毒法、药液浸泡消毒法、紫外线消毒法及臭氧发生器消毒法等，生产中常用的方法是甲醛熏蒸消毒法。