自首是犯罪以後自動投案，如實供述自己的罪行的行為，但在司法實務中，有常見的兩種特殊的自首情節該怎麼認定？這兩種特殊的情節分別是先逃跑後投案和如實作供但否認指控的情形，該認定為自首情節嗎？
(一)先逃跑後投案問題
實踐中存在犯罪分子因害怕或逃避懲罰等，犯罪後及逃離現場，隱匿並逃避偵查。後因為悔罪或其他原因，主動向有關機關投案。
法院在自首的認定過程中須注意以下兩種情況：
1、對過失犯罪的犯罪分子符合自首的法定要件的，應當認定構成自首。因過失犯罪的行為人主觀惡性相對較小，面對犯罪的危害結果可能因驚慌失措，同時對國家刑罰措施極度畏懼從而選擇潛逃。
實踐中比較常見的是交通肇事犯罪案件。肇事者在事故發生後直接地面對鮮血淋漓的被害人，難免會驚恐而手足無措。若肇事者家庭經濟狀況不佳，則更有可能為逃避高額的賠償和刑事處罰而選擇逃逸。但潛逃者必然是惶惶不可終日的，肇事者在認識錯誤以後往往會選擇自首。對此，應貫徹落實寬嚴相濟刑事政策，對其認定自首。
值得注意的，根據《具體意見》的規定，交通肇事案件的犯罪嫌疑人在事故發生後主動報案(含自行或委託他人撥打110、119、120、122等電話)或者明知他人報案，沒有逃離現場，在司法機關詢問時交代自己罪行的，應當認定其構成自首。公安、檢察機關在偵查、公訴中未對此情節進行認定的，法院在審判時可要求其進行補充相關訴訟材料。
2、對同案犯或犯罪相關人員已被司法機關採取強制措施或予以懲罰的，犯罪分子玩弄法律手段先逃跑後主動投案並如實作供的，一般不予從輕或者減輕處罰。
實踐中，常見的是毒品犯罪案件。如販賣毒品案件中，販毒分子的購買(獲得)毒品、售賣毒品的行為往往比較隱蔽，能與其接觸的人員相對少且固定。為躲避偵查，販毒分子與其共同實施販毒行為及與其進行毒品交易的人員的來歷、去向比較關心。如其明知相關涉毒人員已被抓獲，公安機關掌握其基本罪行，其雖有自首情節，但嚴格限制對其從輕或減輕處罰。除非其能提供證據證明在知曉相關涉毒人員已被抓獲後即積極準備投案，或者能提供相反證據證明其不知相關涉毒人員已被抓獲而主動投案。
(二)如實作供但否認指控問題
在訴訟中經常遇到犯罪嫌疑人、被告人在偵查及開庭審理的過程中對其犯罪事實均供認不諱，但由於其法律知識的缺乏或認識的偏差，至始至終認為其行為不構成犯罪或不構成公訴機關指控的犯罪。
實踐中，涉嫌非法吸收公眾存款罪的犯罪嫌疑人、被告人由於對刑事法律學習不夠，對非法吸收公眾存款的社會危害性缺乏認識，在生產經營的過程中盲目追求利潤而公開向社會公眾吸收借款，或對社會公眾的主動藉資抱著來者不拒的態度，其自以為這只不過是一般的民事借貸行為。直到被司法機關追究其刑事責任的時候仍堅持認為其行為屬於民事借貸行為，但其在訴訟的過程中對其吸收社會不特定多數人的借款行為事實如實交待，毫不隱瞞。
由於最高法的《批覆》已明確指出：“被告人對行為性質的辯解不影響自首的成立。”最高法的意見表明，被告人的合法辯解權與自首情節並不衝突。犯罪嫌疑人只要能主動投案並如實供述自己的主要犯罪事實(此指客觀的犯罪事實而非犯罪嫌疑人認罪而陳述的事實)，即可認定為自首。
一般情況下，被告人成立自首的，會自願表示認罪，對指控其所犯罪名不持異議。但由於主動投案的方式相對寬鬆、開放，在相對被動的投案的情況下(如親友主動報案後，將犯罪嫌疑人送去投案的)，犯罪嫌疑人可能是迫於別無選擇而在如實供述自己的主要犯罪事實，其對自己行為的定性則或表示僅屬違法，或表示只成立輕罪。姑且不論犯罪嫌疑人的目的與行為的真實性質，其對指控的否定無疑是在行駛正當、合法的自我辯護權。
儘管偵查機關或公訴機關會對犯罪嫌疑人的上述辯解判定為認罪態度不好而對其自首事實不予認定，但是法院在審判是仍需謹慎審查，一旦被告人的行為符合自首的，就應當依職權直接對自首情節予以認定。
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