單位：清算單位的認定
土地增值稅的清算單位，應基於納稅人的核算項目來認定，根據《土地增值稅暫行條例實施細則》第八條規定“土地增值稅以納稅人房地產成本核算的最基本的核算項目或核算對象為單位計算。”，以核算項目來確認清算單位，即可以保證成本的估計和分配的準確性，又可以避免與納稅人核算產生過多的偏差。
為進一步明確清算單位，國稅發[2006]187號又細化了“有關部門審批項目”及對於分期開發的項目，以分期項目為單位清算的規定。但是什麼是有關部門呢？是的，有關部門太多了。
目前實踐中很多的省份採取以《建築工程規劃許可證》為標準認定，但是政策規定的一般都是“結合”有關證價進行劃分，到執行層面，往往就變成了“必須”，爭執再所難免，因為差異太大，畢竟有的項目可能僅僅幾棟樓就辦理了一個規證甚至有的一棟樓也會存在辦出兩個規劃證的情況。
對象：二分法還是三分法
這個問題的起因是普通住宅增值未超20%可以免徵增值稅，所以普通住宅要單獨計算確定，而深層次的問題是普通和非普通住宅的成本是按建面均攤還是可以據實分攤或是可以按等增值率劃分。（增值到底是誰的增值呢）
根據國稅發[2006]187號規定“開發項目中同時包含普通住宅和非普通住宅的，應分別計算增值額”，因此這個爭議就來了，那麼是非普通的住宅，還是非，普通住宅之外的產品呢？車位歸集在那類呢？
自稅總髮【2015】114號公佈後，視乎爭議少了。但二分還在。
車位：地下非人防無產權車位是否參與清算
地下非人防的車位，開發商一般都是以出售給業主，那麼車位是否屬於土地增值稅應稅範圍呢？
一些省份以產權定調，有產權就參與清算，無產權就不參與清算，地稅局選擇無產權不參與清算，根源是車位收入成本倒掛，參與清算勢必造成土地增值稅減少。
那麼國家層面是否有明確規定呢，我們看一下國稅發[2006]187號對於配套的停車場規定是“建成後有償轉讓的，應計算收入，並准予扣除成本、費用”。貌似規定的很明確了，建成後有償轉讓應參與清算，但是各地執行的可是千變萬化。
分攤：地下無產權車位成本的分攤
接著上一個問題，確定了是否參與清算，下面就是核心的問題就是成本如何分攤，地產車位無產權，不計容不分攤土地成本是沒有爭議的。
如何分攤其他開發成本？是僅分攤建安成本還是包括地上精裝修、園林景觀、開發間接費用等等？是據實分攤還是全部一刀切按面積“大平攤”？
按什麼面積分攤，無產權車位面積一般沒有單獨計量，是地下的全部是車位面積還是剔除一些公共設施、設備間、夾層後的面積？
土地：土地成本分攤
對於土地成本分攤，存在期間分攤及期內分攤兩種爭議。
在確定土地增值稅清算單位之後，一般只有這個“土地成本”才是最大的共同成本，需要在各個清算單位之間進行分攤。分攤方法，按佔地面積法、建築面積法、市場價法或是稅務機關認定的其他辦法？
佔地面積法貌似因為規定“一般”採用，而成為實際執行的唯一“必須佔地”，對就是這麼任性。
佔地面積是按各期土地總面積還是可轉讓面積？實踐中，如果一個分期一個土地證，這樣倒是簡單了，按土地證面積直接劃分；但是實際上各個分期沒有獨立的土地面積，特別是以工程規劃證劃分的分期，這個面積如何確定，是各期劃線面積麼？還是各個分期的可轉讓土地使用權的佔地面積？一塊土地各個分期，容積率可是不一樣的。
國稅函[1999]112號規定“在計算轉讓土地的增值額時，按實際轉讓土地的面積佔可轉讓土地總面積來計算分攤”，好像也是很明確的，但是實際執行確依然是五花八門。還有對於群商如何在商業和住宅的可轉讓土地面積也是一個問題？對按面積分攤是最好的，因為簡單。
人防：人防車位的處置
地下車位還有一種就是無產權的人防車位，目前很多地方人防車位也是無法辦理產權的，竣工後移交人防辦。那麼之後呢？
開發商移交後，又以另一種形式租賃回來，再次轉租或是變相銷售轉讓給業主，這個人防車位是參與清算？還是不參與清算？還是按已經移交的公配套設施允許扣除呢？
成本：成本分攤
同一個清算單位內，對於可以直接歸屬於某一類產品的建安成本是否可以單獨確認，並按配比原則計算呢？
比如一個清算單位內，同時存在別墅和高層，精裝和毛坯，那麼對於這樣的成本如何仍按“建築面積”均攤勢必造成與配比原則背離。實踐中，依然存在非常多的稅務機關，不認可企業的成本核算，以“寧可錯殺一萬，不可放過一個”的氣勢，任性的平攤著。因為這樣不會錯，還簡單。
紅線：紅線外成本扣除
對於土地增值稅清算，“紅線外”成了一個禁忌，只要有這幾個字，基本稅務局審核時，不管實際如何全部剔除，其他扣除項目也是，對他們只看字眼。不看競買須知，不看合同。
各級ZF機關，往往對開發商獲取土地，額外附加了很多條件，比如紅線外建造公園、地鐵接駁口、橋樑、中小學...各種拿地條件所發生的支出,如何進行稅務處理出現了非常大的爭議，從實質上說，紅線外的發生的成本，本身就是一種實務地價，但是沒有幾個地稅局認可這個觀點，無論發生多少都不允許扣除。
普通：普通標準住宅的認定
普通住宅的各地認定標準是不一樣的，動態的變化著。
普通住宅認定時間是按產權辦理時間，還是開具結算髮票時間或是按網籤備案時間？各地存在差異。如果預售時候時點認定是普通住宅，開發商也是這樣設計和銷售的，假如到了竣工時候普通面積提高了就變成非普通住宅了，那麼勢必造成鉅額的增值稅。但是房子都買了，只有認虧了。所以有時候按面積籌劃是不靠譜的。
普通住宅對房地產企業，最核心的是增值率不超過20%可以免稅的，但是是否可以放棄優惠而與其他產品統一計算增值額呢？好像沒幾個允許的，你分不清，那就均攤，當然了你分清了也均攤。
還有住宅類公寓到底是住宅可以享受普通住宅的優惠還是非住宅呢？
二次：是否可以二次清算
實踐中，二次清算只是個傳說，因為一次清算都是工程量巨大爭議滿天飛，稅務局哪有功夫二次清算？但是如果納稅人申請二次清算，就不可以了麼？
房地產項目工程量計量複雜，實際上一般清算時點成本很難全部結算完畢，因此存在大量無法最終確定成本，未付款尚未取得發票，沒有發票稅務局都是不允許扣除的，那麼以後取得了是否可以二次清算申請扣除？答案是否定的。
還有一個問題，車位一般銷售滯後於住宅，如果清算時點車位沒有銷售，那麼因車位負增值就無法抵扣其他產品的正增值，導致企業稅收成本的鉅額增加，是否可以二次清算呢？答案是：呵呵。
爭執而稅不是睡
以上簡單的說了一下實踐中土地增值稅的爭議，不完全對，因為是土地增值稅。實際清算，爭議更多，各種沒有列舉的費用扣除項目還有很多。這個稅種亂象太多，很難體現稅收公平，為了避免執法風險，地稅局執行政策都是非常苛刻的，但是納稅人的利益應該由誰來考慮呢？
房地產行業是定期被調控的，但是稅法應該是剛性的。
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