高歡起兵之時，曾擁護安定王元朗為帝，大敗爾朱氏之後，考慮到元朗雖是太武帝拓跋燾的五世孫，但與皇族嫡系比較疏遠，於是派僕射魏蘭根前往洛陽慰問，同時觀察一下節閔帝的為人，打算再推奉他為帝。
魏蘭根觀察後認為節閔帝神采飛揚，擔心以後難以駕馭，便與高乾兄弟及黃門侍郎崔㥄（ling）一起勸高歡廢掉節閔帝。
高歡召集百官向大家徵詢應該立誰為帝，沒人做聲。太僕綦毋俊盛讚節閔帝賢明，認為應該立他做社稷之主，高歡很高興，認為綦毋俊說得很對。
崔㥄正顏厲色地駁斥道：“如果要說賢明，自然應該等待我們高王慢慢登上皇位。廣陵王既然是由叛亂的胡人所立，怎能還讓他做天子！如果聽從了綦毋俊的話，大王您的隊伍怎麼稱得上是義舉！”高歡便將節閔帝幽禁在崇訓佛寺中。
高歡進入洛陽時，斛斯椿私下裡對賀拔勝說：“當今天下之事，全在你和我了，如果我們不先發制人的話，將會被別人所制。高歡現在剛到洛陽，對付他還不難。”
賀拔勝說道：“高歡有功於國家，殺害了他不吉祥。最近幾個晚上，我與高歡同住，敘談往昔之情，同時他又很感謝你的恩義，為什麼要怕他呢？”斛斯椿這才作罷。
當時北魏諸王大多逃走藏匿了起來，平陽王元修是孝文帝之孫，躲藏在鄉間的田舍中。高歡想立元修為帝，便派斛斯椿去尋找元修。斛斯椿找到元修所親信的員外散騎侍郎王思政，向他打聽元修的下落。
王思政警惕地說：“我要知道您為何找他。”
斛斯椿說：“想立他為皇帝。”王思政這才說出來元修在什麼地方。
斛斯椿隨王思政去見元修，元修見了他們臉色大變，對王思政說：“你不是要出賣我吧？”
王思政說：“當然不是。”
元修又說：“你敢保證麼？”
王思政答道：“事情千變萬化，怎麼能保證呢！”
斛斯椿飛馬向高歡作了彙報，高歡派四百名騎兵將元修接入大帳之中，向元修表達了自己的誠摯之心，言談之際淚水沾溼了衣襟。
元修以寡德為由推讓再三，高歡又拜了兩拜，元修也拜了一拜，這才同意。高歡從大帳出來，令人準備好皇帝的服裝、用品讓元修沐浴更衣，徹夜嚴加警戒，又讓安定王元朗作詔書禪位於元修。
於是，孝武帝元修在洛陽東郭外即皇帝位，大赦天下，任命高歡為大丞相、天柱大將軍、太師，世襲定州刺史，加封高澄為侍中、開府儀同三司。
當初，高歡從信都起兵之時，爾朱世隆知道司馬子如跟高歡有老交情，便將司馬子如從侍中、驃騎大將軍的職位上撤下，將他調離洛陽到南岐州任刺史。高歡進入洛陽後，徵召司馬子如為大行臺尚書，從此司馬子如朝夕在高歡身邊，參與軍國大事。
北魏朝廷任命樊子鵠為南道大行臺，與徐州刺史杜德一起追擊爾朱仲遠，但爾朱仲遠已經逃出境外，急於取信朝廷的樊子鵠便到譙城去攻打元樹。
樊子鵠在譙城包圍了元樹，分兵攻取了蒙縣等五座縣城，以斷絕元樹的援兵之路。為了減少攻城的損失，樊子鵠派人與元樹交涉，詐稱只要元樹放棄譙城，便允許他南歸梁朝。
元樹相信了樊子鵠的允諾，同意棄城退兵，與樊子鵠訂立了盟約。正當元樹的部隊一半人馬出城時，樊子鵠突然發動襲擊，抓獲了元樹和譙州刺史朱文開，把他們帶了回來。
南梁羊侃準備率軍接應元樹，行軍至官竹時，聽說元樹已經兵敗，便只得撤回了。元樹被押到了洛陽，他又打算南奔梁朝，結果被魏人殺掉了。樊子鵠立此大功，晉升為吏部尚書，不久又加封驃騎大將軍。
高歡徵召賀拔嶽，任命他為冀州刺史，賀拔嶽很害怕高歡，便打算單人匹馬入朝接受任命。
薛孝通勸賀拔嶽道：“高歡以幾千鮮卑軍隊打敗了爾朱氏的百萬大軍，您確實很難與他相匹敵。但各位將領有的過去一直職位在他之上，有的跟他職位相當，現在俯首聽命於他，是迫於情勢上的不得已。如今這些將領有的在京師洛陽，有的佔據著州鎮，高歡若除掉他們則會失去人心，若留著他們則會成為他的心腹之患。況且爾朱兆雖然敗逃，卻仍在幷州，高歡正在內撫群雄，外抗強敵，怎能離開老窩，與您爭奪關中之地呢！現在關中的豪傑，都傾心於您，願意為您效力。您若以華山當做城牆，以黃河作為溝塹，進可以兼併崤山以東的區域，退可以封鎖函谷關，為什麼要捆住自己的手腳，受制於別人呢！”
他的話還未說完，賀拔嶽便緊緊握住薛孝通的手說：“您說得對！”於是客氣地給高歡寫了封信加以推辭，沒有到京城接受任命。
孝武帝在門下省用藥酒毒死了節閔帝，之後下詔各部門大辦喪事。不久，又殺死安定王元朗及東海王元曄。他因為淮南王元悅與自己親屬關係近而且地位又高，所以也殺了元悅。
高歡認侍中高隆之為弟，高隆之依仗高歡的權勢對公卿們的態度很是驕橫，南陽王元寶炬將他痛打了一頓，還罵道：“鎮兵竟敢如此狂妄！”孝武帝因為高歡的緣故，將元寶炬貶黜為驃騎大將軍，令其回到家中思過。
丞相高歡親自率兵入滏口，大都督庫狄幹率兵進入井陘，準備去攻打爾朱兆。孝武帝任命高隆之為丞相軍司，派他率步騎十萬與高歡在太原會師。
高歡在武鄉駐紮，爾朱兆大肆搶掠晉陽，向北逃奔秀容，從此幷州地區平定。高歡見晉陽四面有山為屏障，便在晉陽建立了大丞相府，住在那裡。
孝武帝娶高歡的女兒為皇后，命太常卿李元忠將彩禮送至晉陽高歡處。李元忠與高歡宴飲，談到過去的往事，李元忠說道：“昔日您興兵起義的時候，熱熱鬧鬧、何等快活，現在卻悽清冷落，無人來問了。”
高歡拍手大笑，說道：“你這人是在逼我起兵啊！”
李元忠開玩笑說：“如果不給我侍中的職務，我就再找一處能夠起兵的地方！”
高歡說：“起兵的地方不怕沒有，只是恐怕像我這樣的老頭兒你不會再遇到了！”
李元忠說：“正因為這老頭兒難以遇到，所以我是不會離開的。”於是捋著高歡的鬍鬚大笑起來。高歡知道李元忠平素的想法，因此很是看重他。
爾朱兆逃到了秀容後，分兵把守險要隘口，四處侵犯搶掠。高歡揚言要討伐爾朱兆，軍隊已經出發然後又停止討伐，這樣搞了多次，於是爾朱兆便懈怠了下來。
高歡估計爾朱兆在年初可能要舉行宴會，便派都督竇泰率領精銳騎兵飛速行軍，一天一夜三百里，高歡率領大軍隨後出發。
新年之際，竇泰率領的軍隊突然出現在爾朱兆大本營的廳堂，軍中的人因為正在擺宴而疏於防守，忽然看見竇泰的軍隊，連忙驚慌地逃跑，後來在赤嶺被竇泰追上擊潰，不是投降就是失散了。
爾朱兆逃到荒山中，命令在身旁侍奉的張亮和陳山提砍下自己的頭顱去投降，但二人都不忍心這麼做。爾朱兆就殺掉自己所騎的白馬，自己吊死在樹上。
高歡親自來到爾朱兆自殺的地方，為他舉行了隆重的葬禮。慕容紹宗帶著爾朱榮的妻子、孩子以及爾朱兆剩餘的人馬向高歡投降。高歡看在過去的交情上，給予他們很優厚的待遇。
爾朱兆在秀容的時候，他的近臣們都悄悄地向高歡表示投靠之意，唯獨張亮沒有寫信聯繫，高歡對他很讚許，任命他為丞相府的參軍。
侍中斛斯椿聽到爾朱仲遠帳下都督喬寧、張子期被斬而死，內心驚恐不安，他與南陽王元寶炬、武衛將軍元毗、王思政一道秘密勸說孝武帝除掉丞相高歡。舍人元士弼又告訴孝武帝，說高歡對皇帝頒下的詔書不恭不敬，孝武帝因此不大愉快。
斛斯椿勸說孝武帝設置了負責皇宮守衛的內都督部曲，又在皇帝居住的朱華閣增添了值勤侍衛的人數，在這些侍衛下面，還有定額以外的侍衛幾百人，充當侍衛的都是從各地精選出的驍勇善戰的人。
因此，有關朝政、軍機方面的大事，孝武帝只與斛斯椿商議決定。由於關中大行臺賀拔嶽手中掌握重兵，孝武帝就與他秘密聯繫，又派侍中賀拔勝擔任統管三荊等七州軍事的都督，想依仗賀拔勝兄弟的力量與高歡抗衡，高歡心裡更加不高興。
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