果樹發生爛根，輕者樹勢變弱，重則會出現死樹毀園的情況，而且爛根死亡的果樹，地下均殘留很多有害病菌，補栽小果樹，一是不易成活，二是即使成活生長也不旺。果樹發生爛根絕大多是都是因為以下幾個原因。
1、施肥不當
長期施用尿素、複合肥、二銨、硫酸鉀等化學合成肥料， 容易造成土壤酸化、板結，使土壤的透氣性變差，影響果樹地下部分的生長，砂石地區錳中毒的現象越來越嚴重。再就是，施用氮肥過量，造成果樹徒長，旺而不壯，腐爛病嚴重。還有單一施肥，不注重中微量元素的補充，導致生理病害嚴重，果實品質下降。
2、大量施用未腐熟的土雜肥
土雜肥價格便宜而且效果也不錯，但是若是使用不當也會造成果樹爛根的現象。很多果農將土雜肥買回家，蓋上塑料布曬一段時間就施用，若是肥料還沒有充分腐熟，施入地下後還會繼續發酵，會產生大量的熱量，燒傷樹根，造成爛根。還有就是，沒有腐熟的土雜肥攜帶大量病菌、害蟲鹽分等，都會對根系造成嚴重損傷。
3、施肥方式
為了省工、省力,採用穴施、溝施,挖溝(穴)少而小,把肥料填滿穴、溝覆土,燒死根也是普遍現象。
蘋果的根系，主要分佈層在地表下20-80釐米範圍內，集中分佈層在地表下40釐米左右。果農為省工省力，挖溝施肥越來越淺，甚者將化肥撒在地面澆水或等待下雨。
根隨肥走，年復一年把果樹的根系引向地表，既不抗旱,又不耐澇，更不利於肥分的吸收利用。根系趨地表的嚴重後果是,果樹的抗逆性變差,遇旱、澇、凍,就容易造成死枝、死樹。
4、長期放棄土壤管理，加劇了土壤板結
果園長期不予整刨，春、夏滅草全部依靠滅草劑,只滅了雜草，而不能疏通土壤的通氣性。致使活土層長期處於嚴重板結狀態，而且把果樹的根系引向地表層，既不抗旱,又不耐澇。雨後造成土壤通氣不良，根系窒息而大量落葉。
5、施肥不及時
秋季是根系一年中最後一次生長高峰期，生命活動旺盛，這段時間是施基肥的最佳時期，此時果樹內的影響被果實帶走，若不及時補充養分，冬天很容易造成凍傷，死樹。
根據以上造成死樹的原因，可以採取以下措施
1、改單一施肥為多樣化施肥
除了施用大化複合肥以外多施用有機肥、菌肥，適當補充中微量元素肥料和礦物質肥。
2、施肥要恰當
施肥時不宜距離樹幹太近，一般在樹冠邊緣附近施肥較為安全。土雜肥一定要腐熟以後再施用，施肥深度儘量控制在地下20~40公分之間。
3、秋季施足基肥，增加貯存營養
要充分認識果樹冬季樹體貯存營養充足，既是保證樹體健壯的基礎，又是保證下一年果品高產優質的關鍵。
4、加強果園土壤管理
對土壤管理,要堅持每年春季進行一次整刨果園，既保持活土層通氣性良好,又防止把根系引向地表層。
春季、夏季要少用滅草劑，多利用四輪微耕機，及時通過鬆土滅草,保持表土層疏鬆通氣良好。特別是遇到持續大雨,雨後要及時鏵鋤通氣，防止根系窒息造成大量落葉。
5、加強土壤改良，科學補栽幼樹
爛根死亡的果樹,如果下部屬於粘重土壤，一定要挖大穴(1-1.2米深,1-1.5米見方)，中、下部填表土、沙土和雜草、秸稈等有機物,創造一個疏鬆的活土層。
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