豆苗爸
《拳皇》99開始，故事背景就正式進入音巢篇。雖然草薙京和八神仍然是主角，但是第一主角卻變成了改造人K'。
因此所有的故事背景幾乎都是圍繞K'的主線完成的，而八神和草薙京卻成為隱藏人物，在選人界面不適用秘籍還不能使用。
本作的最終BOSS古利查力度，實際上的戰鬥力是低於K'的，但是為了打造出BOSS氣場，在遊戲中設定是非常強悍的人物。他的很多招式都是無責任的，“紅美玲”曾經是多少玩家的陰影。
但是很多玩家不知道的是，拳皇99還有隱藏BOSS，那就是被困音巢內部的草薙京和尋找草薙京的八神庵，滿足一定條件就可以遇到他們並交戰。
“拳皇”從《拳皇95》至今，歷代遊戲作品從來都不會缺少隱藏要素的設計，隱藏角色的秘籍指令、隱藏劇情的觸發條件在廣大玩家之間廣為流傳。
《拳皇99》作為“音巢篇”劇情的第一部作品，隱藏要素自然沒少，最被玩家熟知的應該就是在選人界面的問號處按住“開始”鍵後搖出指令“左右上左下右，右左上右下左”，分別可以選出“真草薙京”與“八神庵”
另外，對於打敗最終boss古利查力度之後，玩家可以挑戰亂入的“真草薙京”或“八神庵”這個隱藏要素，可能有很多人都不知道。
下面來說下挑戰亂入的“真草薙京”與“八神庵”的觸發條件：
八神庵亂入：選擇完整的一組角色成功打敗“古利查力度”通關之後，遊戲得分在200分與280分之間，玩家即可對戰亂入的八神庵。
真草薙京亂入：選擇完整的一組角色成功打敗“古利查力度”通關之後，遊戲得分在280分上，玩家即可對戰亂入的真草薙京。
對於很多玩家來說打出真草薙京倒是很容易，但八神庵卻不容易打出，因為遊戲得分稍微打一打就能輕鬆超過280分，所以將遊戲得分控制在280分以內還是很不容易的。
另外還有些隱藏劇情需要特定隊伍才能打出：
選主角隊（或稱“K”隊，音巢篇主角“K”），通關之後出現的真草薙京劇情會與其他隊有所不同。
選餓狼隊，用不知火舞打敗“古利查力度”，會出現餓狼隊的第二種結局動畫。
選超能力隊，用椎拳崇打敗“古利查力度”，也會出現稍有不同的結局動畫。
街機時代
哇，這是個什麼遊戲？聽起來好酷哦。。
巴神是什麼東西？？看好厲害的樣子。。
古力查力度四個毛？聽起來好。。。胡謅八扯這樣子………
朋友，你要知道有時候ag拉不是萬能的………
這種雜遊戲我可是不玩嘍………
