黃強
有參基因組和無參基因組一般不會單獨拿出來這樣定義,應該是在做轉錄組測序的時候的區分,主要是涉及到兩個後續分析的差異。
在RNA測序中,特別是轉錄組測序的時候,由於基因在DNA水平上包含有外顯子和內含子,在轉錄為mRNA(信使RNA)的時候,成熟的信使RNA會將內含子的片段剪切掉,拼接為成熟mRNA。
所以假設我們直接進行轉錄組測序的時候,沒有參考基因組DNA序列的時候,就只能檢測到RNA不同樣本之間表達量和序列之間的差異,並且要先做de novo組裝,分析的難度會加大很多,準確度也會比有參考序列的測定差。
所以,我覺得可以這麼來回答這個問題:
有參基因組是指已經通過基因測序,將物種的整個基因組的序列測序並形成參考序列的基因組。
無參基因組是指尚沒有該物種的基因組的參考序列的基因組。
LichKings
基因組做過完全測序的叫做有參基因組,一般模式生物都是有參基因組,比如,人,小鼠,大鼠,斑馬魚,擬南芥等等。其他叫做無參,舉例說,轉錄組測序後,如果是無參基因組,很難用RNA-seq的結果直接分析,因為沒有已知的基因組數據作為依據,只能重新拼接,這樣的方式一般稱為de nova.