1860年，清政府開始對東北地區局部解禁。1881年，清政府開放了寧古塔管轄下的鐵嶺河，1904年，牡丹江流域全部開禁，大批漢族人進入了這一地區。
到了二十世紀初，今天的牡丹江市還是一片人煙稀少、土地荒蕪的地區，當時的地圖記載這一帶叫“黃花甸子”，因有大片黃花點綴於草地上而得名，僅有四、五戶人家分散居住，屬於寧安第五區管轄。
1903年，沙俄修築的中東鐵路在牡丹江沿岸修建了一座車站，因車站南臨牡丹江，便為車站命名為牡丹江車站，這便是今日牡丹江的雛形。從此，人口不斷增加，牡丹江站開始迅速發展。
1907年，清政府將東三省將軍制改為行省制，牡丹江境域屬吉林省寧安府管轄。民國初年，牡丹江地域沿襲清制，仍歸吉林管轄。
東寧清末設治，以其地居寧古塔東部而得名。屬寧古塔副都統轄區。光緒七年，寧古塔副都統派員於三岔口地方設招墾局，招民墾荒。
光緒十五年，將招墾局改為招墾總局。光緒二十八年十二月十三日，清廷批准，撤銷招墾總局，於三岔口地方設置綏芬廳。宣統元年批准，將綏芬廳升改綏芬府，移駐寧古塔城，另於三岔口設置東寧廳，隸屬吉林省東南路道。
民國二年3月，將東寧廳改為東寧縣，民國三年6月隸屬吉林省延吉道。民國十八年2月，撤銷道區，由吉林省直轄。時為三等縣，東寧縣總人口3.3萬人。
1932年5月，日本侵略軍佔領牡丹江站等地，1937年1月，成立偽牡丹江省公署，轄寧安、穆稜、東寧、密山、虎林五縣。同年12月1日，正式成立偽牡丹江市公署，當時的牡丹江省共轄5縣1市，省會設在牡丹江。
牡丹江東寧，1929年。【攝影資料：東洋文庫】
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