在亨利八世的強力支持下，英格蘭艦隊有了穩步發展，不但艦隊的數量上去了，更是採用了當時先進的船舷開炮口的技術以增加火力。在之後亨利八世的兒子和女兒執政時期，海軍沒有得到明顯發展但是依然保持著之前的規模。
這種穩定在之後的伊麗莎白一世時期有了改變。約翰·霍金斯（John Hawkins 1532—1595），既是一個商人和水手，又是一名英格蘭海軍，也是一個航海家冒險家，但更確切的說法是他是一個海盜。事實上那個年代，海盜和海軍之間並不矛盾。霍金斯出生於一個商人世家，他的家族專業從事海上貿易活動。到了他這一輩，更是參與了當時流行的奴隸販賣的罪惡勾當。主要方式就是從非洲地區像打獵一樣抓捕奴隸到船上，然後遠洋過去到新開發的美洲，將奴隸賣給在美洲的莊園主等金主以賺取暴利。但是這個買賣冒犯了當時海上霸主西班牙的壟斷地位，西班牙並不喜歡有他國人士來搶他們的生意，因此從官方途徑向伊麗莎白一世告狀。或許出於對此種惡劣行徑的鄙視，又或許忌憚於西班牙的實力，女王開始有意無意的避開霍金斯之類的奴隸販子。但最後還是利益驅使，當負債300萬英鎊的伊麗莎白得知奴隸貿易的鉅額利潤後，女王開始秘密投資霍金斯，將自己一艘700噸的海船“盧卑克的耶穌”號摺合為4,000鎊股份投資於他的船隊。而霍金斯不負眾望，通過奴隸貿易給女王帶來了鉅額利潤，伊麗莎白甚至頒發了獎章獎旗給霍金斯以表揚其“豐功偉績”。但最後，霍金斯的貿易活動還是導致了西班牙和英格蘭的直接衝突。
英國海軍 奴隸販子 改革者霍金斯
霍金斯得到的獎勵
1577年，由於他的“豐功偉績”，霍金斯他接替了他岳父擔任海軍財務官職務，開始了對英格蘭海軍的一系列改革。在以霍金斯和他的表弟弗朗西斯·德雷克（Francis Drake，1540-1596）為主的航海冒險家的實戰經驗下，霍金斯建造了一批新的戰船，擁有著速度快，行動靈活等優點。並且霍金斯認為以炮戰為主的新的打法才能使海軍有更大威力，而當時海戰還是以靠攏敵船並登上甲板進行刺刀戰為主（腦補加勒比海盜打鬥場面）。因此，一種新型的反衝小、發射快、射程也更遠的火炮被髮明瞭出來並安裝到戰艦上。1588年，由於英格蘭新型戰船的優良性能和天氣的幫忙，英格蘭戰勝了神話般存在的西班牙無敵艦隊。這也是英格蘭海軍歷史上的輝煌一刻。
在伊麗莎白一世之後的詹姆士一世，採取了收縮海軍的政策，不但不斷削減海軍的預算，甚至對北非來的巴巴里海盜的打擊也綿軟無力，導致海軍再次衰弱。其子查理一世雖然試圖再次發展海軍，但是由於查理一世和議會之間爆發了長期的英國內戰，也未能再次讓海軍輝煌，直到1649年查理一世被
奧利弗·克倫威爾（Oliver Cromwell）處死。英格蘭開始了其短暫的共和階段，克倫威爾成了英格蘭的實際統治者。
女王 伊麗莎白一世
克倫威爾對海軍的發展有過很大的推動，著名的《航海條例》就是新政權頒佈的，它規定來往英國和其殖民地的生意必須由英國船隻進行運輸，這就觸犯了當時的新興海上霸主荷蘭，直接導致了後來的英荷戰爭。
肯梯斯諾克海戰（Battle of the Kentish Knock），荷蘭在損失了兩艘戰船後就由於內部政治原因撤退了。這使得英國錯誤的認為暫時荷蘭人不會來犯，便分散了兵力去地中海，在多佛爾海峽只留下了42艘戰艦。1652年12月10日70多艘荷蘭戰艦再次來犯，力量懸殊的一戰使得英國戰敗。戰後海軍上將羅伯特·布萊克（Robert Blake）發現，很多當時被政府租用的武裝商船其實存在著嚴重的出工不出力，有些武裝商船的艦長就是船東本人，為了不讓自己的財產被打壞，一旦有危險的時候，這些被租用的艦長就努力逃跑，因為他們擔心自己的船被打壞後政府沒有錢來賠償。為了重整軍紀，布萊克主導了一次調查，將有逃跑行為的艦長都抓進了監獄。
護國主 克倫威爾
這應該可以被認為從海盜到海軍的正式蛻變，從此海盜海軍不再是同一類人。而在這之前的海戰中，雙方其實更像是兩夥海盜在打群架。1653年4月8日，布萊克正式頒佈了海軍發展史上兩個歷史性文件，包括保持隊形並遵從上級指揮；各艦船都必須盡力與其隊長保持一線隊列前進等等的海軍規範條例和戰術條例。
英國海軍 海軍上將羅伯特布萊克
在達格尼斯海戰兩個月後，荷蘭艦隊再次護送商船隊通過英吉利海峽。在整頓過軍紀和重新集中力量後的英國海軍奮勇出擊擊敗了荷蘭人。雖然荷蘭人的商船隊通過了英吉利海峽，但是荷蘭人的艦隊損失了近10艘，另外還有近50艘商船被擊毀。而荷蘭人回去之後卻稱再次打敗了英國，但其實英國的戰損只有3艘戰艦以內。
英國開始挑戰荷蘭的海上霸主的苗頭已經出現。
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