作為一個只會做實驗的生物學學生,怎樣開始學習R語言?

易紅青

我也曾經是一個只做實驗的生物學學生,但現在已經能夠比較熟練地應用R語言完成自己需要的分析、實現想要實現的功能了。

起步的話,其實R就自帶手把手入門教程:swirl。想要使用也非常簡單,裝好R和R Studio(只裝R不用R Studio也是沒問題的,只不過R Studio提供了非常友好的界面,可以提高編程效率)之後,在命令行中輸入install.packages("swirl"),即可快速安裝swirl。

安裝完成後,再輸入library(swirl)加載swirl,加載成功後,輸入swirl(),就可以根據提示來一步步學習R語言的基本規則了。

swirl的學習界面,可以通過它從頭開始一點點了解R的操作。

學完了swirl的基本課程,你就會對R的基本操作有所瞭解了。此時,就可以讀入自己的數據,試著用各種函數對你的數據進行練習了。

我個人認為,對著一兩本書從頭看到尾對於提高編程能力的幫助比較有限。反而,我覺得學習編程語言最重要的一點就在於勤動手,所以如果能找到一個學習案例,自己對著改一改參數、練一練算法,會對理解和掌握編程語言有極大的幫助。

如果只是要分析數據而對於掌握編程原理沒有太大要求的話,R裡提供了非常豐富的輯程包(packages),通常來說,對於生物學裡的許多分析,都可以找到專門的package進行相應分析,需要用什麼函數,只需要在閱讀一下函數的幫助文檔,然後按照格式輸入參數就可以了。以進行線性迴歸計算的lm函數為例,基本的函數就是lm(),你需要做的基本操作就是在formula中輸入公式和在data中輸入數據表就可以了。假設我們有一個表格table,包含兩列,分別是y和x,如果你想做一元線性迴歸,用最小二乘法求這兩列數計算所得的迴歸線的斜率和截距,那麼只要輸入公式y~x,指明data為table就可以了:

這是最基本的操作,如果想要做多元線性迴歸,只需要y~x1+x2+...(x1、x2為列名)就可以,具體的可以詳細讀formula的幫助。其他的參數設置,比如如何處理缺失值(na.action),也都寫在幫助中了,只需要詳細讀Arguments這一欄就好啦。實在不懂,可以在網上搜相關的例子,具體看看別人是如何操作的。不過當然,還是自己動手最重要!

千萬別被“編程”兩個字嚇到,R中的函數跟圖形界面的分析軟件的按鍵其實沒有本質上的差別,只不過後者只需要用鼠標點點,而前者需要手動寫入參數而已。建議題主拿出一兩天甚至只是一個下午的時間,親手在R中敲幾個函數練習一下,掌握了R的基本操作,後續也就會越走越輕鬆了。

祝好運~


卓慕

簡單來講,題主應該算是零基礎,想要學習R語言,作為生物信息學的研究生,我來談談我的看法。

是否有需求

題主作為一個溼實驗的學生,有沒有必要去學習R語言,這其實是一個值得思考的問題。對於普通的分析來講,有很多軟件可以使用,是否需要你苦心費力敲代碼呢?

R語言進行的數據統計分析跟你想象的生物統計分析是否一樣,我不太瞭解,但是以我的經驗來看,統計學可以認真學,至於說實現你分析數據的工具可以挑合適的,比如說一些商業分析軟件。

學習方法

如果一定要學習R語言,其實沒有太多的路好走,刻意練習是王道。

首先一開始別抱著大部頭的R語言類書籍進行苦讀苦練,用中學才是最容易記住的,我們要明確的知道,解決問題才是最重要的,很多問題網上都有優化過的答案,那為何不去搜索看看別人是如何通過編寫代碼解決的。

然後,最好能夠有機會接觸一些生物信息學的項目,嘗試著自己去練練手,培養培養自己對於編程和生物數據的感覺。

最後,多敲代碼!多敲代碼!多敲代碼!



微妙世界

所有的精進式學習都是基於需求出發的實操式刻意訓練!

你先要弄清楚,你作為一個“溼實驗”的學生,學習R語言的訴求是什麼?

畫圖? 那麼應該是畫有限的幾種較為常用的統計圖表,希望用R來替代SPSS吧,最直接的辦法是找到相關的畫圖R包,也就是R package,這個可以看看文章裡有沒有你覺得畫的漂亮的圖剛好用了R畫的,看看method裡面有沒有提及用了什麼包,然後看包裡的說明書,先按流程默認參數走一遍把基礎圖畫出來後,就可以自己嘗試著去搗鼓改變各種參數的結果是如何了,再慢慢摸索出一個你認為漂亮的參數,就可以了!

轉行做準備?那建議你還是先想辦法入行,數據分析軟件講究的是熟練上手,能調試,所以一切的模擬演練都比不上實際一個個數據去跑一個個表去分析一張張圖去畫,R的生態決定了其對編程的要求極低,所以只有真正進入一個項目根據項目數據去實際分析,才能算開始學R。

只是感興趣?那就買幾本入門的書,找幾個基礎的包,看看公開課,coursera上面有一個比較出名的R語言課程,一個華裔教授的,挺不錯,推薦,我當時就是看的這個,另外統計之都也出了一些R的書,實用性比較高,可以買來練練。

就這樣吧,祝好


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