該病多因性交時損傷局部粘膜，皰疹病毒乘虛侵入而感染。生殖器皰疹的臨床表現主要是在生殖器部位有一個或多個小的紅色皰疹，多伴有瘙癢，丘疹迅速變成小水泡，3～5天后形成膿皰，破潰後糜爛、潰瘍、結痂、伴有疼痛，皮損單發或多發，融合一體。
男性患者皰疹好發於龜頭、冠狀溝、陰莖、肛門周圍及尿道口處；部分病人伴有生殖器以外的病損，主要在口唇、手指、臀部、大腿、手臂等處。本病一般經過3周左右可以痊癒，但常會反覆發作。
其復發的原因主要是人體對生殖器皰疹病毒不產生永久免疫力，原發感染消退後，病毒潛伏於神經節內，當機體免疫力低下時，如某些發熱性疾病、過度疲勞、情緒波動、感冒等，或者過食辛辣厚味的食物，如飲酒、吃辣椒、吃海鮮等，容易使體內潛伏的病毒即被激發而發病，出現一系列臨床症狀。
初發皮損較大，症狀也較重，復發一般症狀較輕。一般複發性生殖器皰疹多在原發病後1～4月內復發，特點是復發疹一般均在原處，全身症狀較輕，病程較短，皮疹約十天自行消退。
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