楊默晗
秦瓊秦叔寶是齊州歷城人，曾在隋朝名將來護兒、張須陀、裴仁基帳下任職，驍勇善戰，隨裴仁基投奔瓦崗李密，瓦崗失敗，轉投王世充，見王世充為人奸詐，便與程咬金等投奔李唐。在李世民帳下聽用，東征西討，平定宋金剛，王世充，竇建德等，戰功卓著，封翼國公胡國公，由於長年征戰，秦瓊久病纏身，在貞觀十二年病死。
秦瓊死後五年，貞觀十七年，李世民年邁體衰，人一老便開始懷念往事，遙想當年金戈鐵馬意氣風發，大生感觸，為紀念當初一同打天下治天下的各位功臣，命閻立本在凌煙閣內描繪了二十四位功臣的圖像，褚遂良題字，第一位功臣長孫無忌，秦瓊名列最末一位，而在民間與他齊名的尉遲恭名列第七。（今日頭條南方鵬首發）
凌煙閣二十四功臣：長孫無忌，李孝恭，杜如晦，魏徵，房玄齡，高士廉，尉遲恭，李靖，蕭瑀，段志玄，劉弘基，屈突通，殷開山，柴紹，長孫順德，張亮，侯君集，張公謹，程知節，虞世南，劉政會，唐儉，徐世績，秦叔寶。
據說凌煙閣功臣排名遵循兩點，一，官大功大在前，以左為尊。二，參與玄武門之變有功在前，沒有參與的在後。史書中記載，秦瓊在玄武門之變前功勞和官職都在尉遲恭之上，在李淵當皇帝的時候就已經封了翼國公。李世民登基後，秦瓊傷病復發，已不能再立大功，玄武門之變也沒有參加（僅舊唐書說參加），再者，秦瓊生前官職左武衛大將軍，僅是正三品。如此，秦瓊被列在最末並不奇怪。
南方鵬
凌煙閣24功臣的名單大約是這樣：
長孫無忌，李孝恭，杜如晦，魏徵，房玄齡，高士廉，尉遲恭，李靖，蕭瑀，段志玄，劉弘基，屈突通，殷開山，柴紹，長孫順德，張亮，侯君集，張公謹，程知節，虞世南，劉政會，唐儉，徐世績，秦叔寶。
聽過《隋唐演義》的會在這裡面看到很多熟人，比方說魏徵，尉遲恭，侯君集，徐茂公，程咬金，秦瓊等人。
其中在《隋唐演義》中大老粗程咬金輪排名還排在徐世績，秦叔寶之前。為啥？
李世民在說明凌煙閣入駐條件時，有這麼幾條：
或綢繆帷帳，經綸霸圖；
或學綜經籍，德範光茂；
或竭力義旗，委質藩邸；
或闢土方面，重氛載廓。
或綢繆帷帳，經綸霸圖，我們太原起兵您就跟著一起打天下來著，秦二爺顯然不和這一條，即使是隋唐演義，也是說他先投王世充，後來才歸了李唐，這時候李淵都當皇帝了，天下的形式業逐漸明朗。
或學綜經籍，德範光茂；，這是說魏徵房玄齡之類文官的入住條件，秦瓊一介武夫，大約無法學綜經籍吧。
或闢土方面，重氛載廓。這條說的是李唐建國，李二成了唐太宗，然後開始了他開疆拓土的成為天可汗的偉業，突襲七千裡滅高昌，渭水單騎會突厥，在唐太宗這些開疆拓土的豐功偉業中，沒有秦瓊的身影，因為他正重病纏身。
而秦二爺大約只符合一條，竭力義旗，委質藩邸，但是這一條也只符合一半。
竭力義旗秦二爺是做到了，和程咬金等人投唐以後，大戰宋金剛，收服尉遲恭，這倆日後的門神終於團聚了，後來李世民再爭王世充，秦瓊做先鋒每每身先士卒。
武德四年三月，竇建德與王世充結盟，共同對抗大唐，李世民讓弟弟李元吉率兵圍住王世充的洛陽城，自己親率秦瓊程咬金等人前去打援軍。
經過兩個月的鏖戰，斬殺竇建德，王世充也出城投降了。
後來竇建德手下擁立劉黑閥反叛，秦瓊再次隨李世民出征。
《新唐書》說他：
從討世充、建德、黑闥三盜，未嘗不 身先鋒鏖陣，前無堅對。積賜金帛以 千萬計，進封翼岡公。每敵右驍將銳 士震耀出入以誇眾者，秦壬輒命叔寶往取之，躍馬挺槍刺於萬眾中，莫不如志，以是頗自負。
秦二爺確實是員勇將，但是後一句委質藩邸，秦瓊可能不太給力，這句話是說和唐太宗發動玄武門之變，殺了建成元吉，這是成為唐太宗鐵桿心腹的最重要的砝碼，類似於上梁山的投名狀。
秦瓊在這場政變中的表現是什麼呢？
《舊唐書》中說他“從誅建成元吉”也就是跟著幹了，《新唐書》乾脆說他根本沒有參於，“即平巢，隱，功拜左武衛大將軍”滅了巢王建成，隱王元吉，李世民主政後，秦二爺就升官了，他跟著幹了嗎？應該沒有。
看看比他晚投唐的尉遲恭在玄武門之變前後的表現，尉遲恭和長孫無忌侯君集不停的勸唐太宗要先下手為強，尉遲恭還威脅唐太宗，你要是不先下手除掉建成元吉，我就不跟你混了，我就顛了，我不能在這兒坐等建成元吉來殺我。
同時尉遲恭還準備了800勇士控弦披甲只等秦王下決心。
李世民下定決心要起事時，派人聯絡被李淵趕出秦王府的房玄齡杜如晦，這倆人因為被貶，不敢來，說皇帝李淵下旨不讓他們摻和秦王府的事情。
李世民大怒，把自己的腰刀交給尉遲恭，告訴他：你去看看老杜和老房，如果他倆不願見我，那就讓他倆的腦袋來見我吧。
可見戰場殺伐出身的李世民有股子狠勁，而此時，李世民也把尉遲恭當成了自己的絕對心腹。
再看看和秦瓊一起投唐的程咬金，這時候他已經改名叫程知節了。建成元吉為了削弱秦王的力量，讓程咬金遠離京城去做康州刺使，程咬金和李世民說：
建成元吉把我趕出京城，這是打算砍您的左右手，下一步就是朝你心臟扎一刀了，所以我哪兒也不去，就留在秦王您的身邊，作您的左右手，大不了一死而已。
對比秦二爺的一語不發，一個猜測就是很可能在奪嫡這件事上他作壁上觀，兩不想幫，所以在凌煙閣上他的排位只是論功行賞，和尉遲恭程咬金這種有擁立之功的從龍之臣就差了行市了。
所以秦叔寶在凌煙閣上排名墊底，大約在太宗心裡也算是實至名歸了。
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文 /薛白袍
ps1：這問題存了好幾天，終於寫出來了，好不好您先嚐嘗。
ps2：詩曰：二爺來到天堂縣，當鐧賣馬等您“贊”。關注也走一波唄。
薛白袍
秦瓊排在凌煙閣倒數第一的原因大概和出身和政治態度兩個原因有關。
首先說出身，秦瓊從軍的時候家裡已經落魄了，算是寒門出身，而隋唐是貴族政治，寒門天生就沒有政治優勢和人脈支持。秦瓊的出身在二十四功臣裡也就和侯君集和尉遲恭差不多，但侯君集是最早跟隨李世民的嫡系將領，尉遲恭就不用說了，玄武門之變中他的功勞排第一。
再說政治態度，秦瓊離開王世充後是投唐，注意，是投“唐”而非投秦王，也就是說他並非李世民派系的，在玄武門事變前李世民找過他，但秦瓊是反對通過政變手段獲取政權的，這裡也有兩個比較，李靖和徐世績，但李靖是關隴貴族出身，而徐世績在李密和單雄信死後是瓦崗一系的領頭人，並且是帶兵帶地盤投唐的。所以他們兩雖然沒參加玄武門之變但可以做為李世民的政治盟友繼續發光發熱，反之秦瓊僅僅只能做為前隋將領的代表高高掛起，不得重用。
秦瓊因為隋唐英雄傳的原因在民間很有名，和他有一比的是三國演義中的趙雲，都是小說裡很厲害，但歷史上未或重用的代表。
種花家孤寡老人
秦瓊的武力值在《舊唐書·秦瓊傳》中有明確記載：“躍馬負槍而進，必刺之萬眾之中，人馬辟易”，這種“百萬軍中取上將首級”的能力在關羽張飛的身上也出現過。
秦瓊歸唐後成為李世民旗下的頭號戰將，為李世民的天策府立下了赫赫戰功。
這樣武勇的秦瓊在凌煙閣的排名墊底，我認為主要還是和當時的政治環境及皇帝心情有關。
秦瓊死得太早，又是武將出身，能進凌煙閣是李世民對他生前功勞的肯定。
秦瓊死於唐貞觀十二年，凌煙閣建造於貞觀十七年，而且這本身也是李世民效仿劉秀的雲臺二十八將，為跟隨自己的文武功臣樹立的豐碑。
但武將要為文官讓路，死人要為活人讓路，所以在這樣的思維下，為大唐立下赫赫戰功的秦瓊進凌煙閣最後一位也就不奇怪了。
李世民雖然雄才大略，治國有方，為大唐盛世打下了基礎。
人無完人，李世民在治國上取得了“貞觀之治”的美名，但在家庭教育上卻是失敗的。
面對著太子離心離德的謀反，曾經並肩作戰的屬下的背叛，高句麗日益威脅大唐邊疆的擔憂，讓李世民心力憔悴。
所以李世民需要國內的安定，好騰出手來對付高句麗，這樣收買人心就十分必要了。
有什麼樣的榮譽能比皇室設立的紀念館更受人尊敬，更讓人動心呢？
劉秀的雲臺二十八將對唐人來說是一種嚮往，如今大唐皇帝卻真正付諸行動，將他們的畫像掛在凌煙閣上，這種莫大的榮譽是能讓人熱血沸騰的。
秦瓊是武將但早死，李世民依然將他選進凌煙閣，就是要告訴天下臣民，只要你有功並忠於他，那麼無論生死都會被皇家紀念，皇帝是念情的人。
凌煙閣的意義重大，收買人心固然重要，但也要考慮實際情況。
綜合之下，秦瓊就只能排在凌煙閣的末尾了，但這是皇家給予的榮耀，誰又能說個不好呢？恐怕當時的秦家後人不知道有多高興吧！
李世民絕對是心理學高手！
江東汪郎
大家知道單雄信怎麼死的是徐茂功把秦瓊支走讓他二人運糧食到最後單雄信一個人拿著金頂棗陽塑打進唐營如入無人之地其實大唐裡有多少大將都不願意和單雄信打，最後尉遲恭才把他抓了到最後斬他時秦瓊運糧快到了徐茂功下令讓羅成監斬單雄信三聲炮響人頭落地，秦瓊當時就從馬上摔了下來從此之後往日的雄心一掃而光。從那時起李世民感覺秦瓊對他也不是以前那些有話就說的人知己了，所以在後來殺李建成李元吉時就沒有通知他，到後來凌煙閣24功臣也指能排最後了
塵埃落定5815
主要原因是秦瓊沒有參加宣武門政變，另外秦瓊很早就病休在家，去世比較早也是客觀原因！從參與政變的人員來看，尉遲恭等應該屬於李世民的親信和得力助手，遠疏和親近一目瞭然，李皇帝心中的名次早就排定了，只不過老百姓不認可罷了！或許秦瓊對政變還有不同的看法？
茗茶泉水
上一位回答者已經說的很清楚了，不過我覺得原因的順序可以調整一下
最重要的一點，應該還是秦瓊沒有參加玄武門之變，咱們可以看到凌煙閣功臣裡，排在前面的，都是在玄武門之變中起到關鍵作用的人，不是參與策劃，就是親自上陣，秦瓊實在排不到前面。
咱們應該探討更深一點，設置凌煙閣功臣錄到底是要做什麼，是拉攏人心？還是真的懷念故友？
這目的恐怕才是排名先後的依據。
