1996年的馬刺開局3勝15負，隨後主教練鮑勃-希爾被解僱，而令所有人意外的是球隊執行副總裁波波維奇親自站在了主教練的位子上，從此馬刺開始了逐漸復興的道路。雖然在波波維奇執教的第一個賽季，馬刺只有20勝62負，但這是波波維奇故意擺爛的結果，幸運的是擺爛得到的回報是馬刺獲得了1997年的狀元籤，這改變了馬刺20年的未來。
馬刺隨即用狀元籤選擇了來自維克森林大學的鄧肯，鄧肯在個人生涯的第一場常規賽中就得到了15分10個籃板，在之後的一年喬丹拿下個人生涯第二個三連冠，喬丹時代的結束標誌著鄧肯時代的開始。在之後鄧肯的第三個賽季，馬刺便獲得了總冠軍，鄧肯總決賽場均27.4分14個籃板2.2次封蓋獲得MVP，在鄧肯職業生涯的19個賽季中，馬刺幾乎每個賽季都是總冠軍的有力爭奪者。
這同樣也帶來了一種弊端，就是鄧肯之後，馬刺再也沒有獲得高順位選秀權，馬刺只能從現有陣容中尋找合適的球員，包括髮現了帕克和吉諾比利，隨後GDP組合成為NBA歷史上勝場最多的組合，簡直令人不可思議。
2016年5月12日，鄧肯在馬刺賽季最後一場比賽中打滿了12分鐘，之後這位聯盟歷史第一大前鋒徹底離開了NBA賽場，但馬刺並未衰落，本賽季雖然因為倫納德受傷被勇士在西部決賽橫掃，但馬刺常規賽取得了60場以上的勝利，他們依然是聯盟其他29支球隊都無法忽視的力量。
波波維奇已經在馬刺主教練的位子上執教長達20年，並且在20年間波波維奇擁有絕對的掌控和領導權，也正是這樣才有了馬刺獨有的文化，但本賽季之後馬刺到了做出改變的時間，這將是他們不得不面對的問題。
最要說的是吉諾比利，在本賽季西部決賽第四節吉諾比利打了10分鐘，隨後在觀眾的歡呼和不捨中下場休息，而這或許是吉諾比利職業生涯的最後一場NBA比賽，很難想象在倫納德受傷之後，馬刺比賽中最出色的球員是已經禿了頭的吉諾比利，任何球員的職業生涯終究敵不過時間的摧殘。
若吉諾比利選擇退役，GDP將剩下帕克一人，但帕克卻非常有可能會被馬刺送走，當年的小跑車失去了速度優勢，在衝擊和發起進攻方面也已難當大任，顯然馬刺的薪金空間不會讓帕克這樣的球員留在隊中擔任替補，唯一的方法是交易。控衛位置將是馬刺在休賽期補強的重點，雖然帕克要在明年1月份才能復出，但身披馬刺球衣的時間已經屈指可數。
馬刺最堅守陣線的是波波維奇，在近20年間其他29支球隊平均換帥8次，但馬刺始終如一。無論是馬刺奪冠還是被橫掃，波波維奇都是榮辱不驚 ，即便下賽季帕克被送走，馬刺的陣容搭配也很難出現三巨頭抱團的現象，因為他們是馬刺，他們有獨特穩固的球隊文化，只要是適合馬刺的球員，都可以在波波維奇手中發揮出最大的能量。
下賽季的馬刺依然是總冠軍熱門。
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