长久以来，日本一直都宣称需要“以科研为目的”的捕鲸活动，以便更好地了解鲸群的迁徙、进食等习性。实际上这种所谓的科研捕鲸站不住脚，动物保护人士不断在强调，并不需要通过猎杀鲸鱼来开展研究。2014年，联合国海牙国际法院也认定，日本每年在南极海域捕鲸并非出于“科研目的”，要求日本停止这一活动。但是日本政府不顾反对，甚至从2016年开始，以数十亿日元的补助金进行支持。日本为何执着捕鲸？捕鲸背后有着什么样的利益链条？
原来，日本负责进行“调查捕鲸”的是“日本鲸类研究所”和“共同船舶株式会社”。前者负责“调查“，后者负责捕鲸和销售鲸肉。二者和日本农林水产省及其下属部门水产厅有着密切的利益关系。“日本鲸类研究所”每年接受水产厅补贴，也被认为是水产厅官员退休后的安身之地。从最近6年这一机构的人事来看，多名成员是前水产厅官员，年收入上千万日元 。此外，“共同船舶株式会社”97%的股份由农林水产省主管的5个财团法人拥有，不少成员原先也供职于农林水产省。
“海洋守护者”创始人保罗·沃森表示，捕鲸公司是日本政府的产业，董事会成员都是退休的政客，他们是首相安倍的老朋友。2011年的海啸来自国际的3000万美元对日援助被补贴给了捕鲸产业，这让人非常气愤。
除部门利益外，捕鲸业还涉及大约10万日本人的生计。就党派利益而言，从事农林渔业和出身农村的选民是自民党的重要支持基础，自民党自然不会放弃这部分票田。
据调查，近年来，日本人对于鲸肉的需求大幅降低。约89%的受访民众表示，他们在过去一年中从未购买过鲸鱼肉。如今日本食用鲸肉的比例仅为60年代顶峰时期的1%。保罗·沃森认为，日本捕鲸产业之所以还存在，很重要的原因是日本政府的大量补贴。
历史沿袭：日本捕鲸历史悠久，商业捕鲸始于17世纪，日本捕鲸协会称，捕食鲸鱼已经成为信仰
日本的捕鲸历史可以追溯到8000多年前的绳文时代，在当时的近畿地区（和歌山）与北陆地区（富山）都出土过大量的鲸骨、鲸皮等捕鲸遗存物。公元8世纪，史书就有正式捕鲸的记载，到了奈良与镰仓时代，捕鲸的记录越来越多，鲸鱼已经成为当时民众餐桌上必不可少的内容。而到了江户时代，鲸肉成为江户、大阪等地人们喜欢的料理。
民间观念：日本人把鲸鱼当作鱼类，视鲸鱼作为食物，但目前食鲸肉的比例非常有限，2006年，仅4%的人常吃
在日本人的观念中，鲸鱼只是鱼类之一，鲸鱼也主要是作为一种食物而存在。日本渔民无法理解国际社会对他们捕鲸的指责。太地町渔民认为，海豚只是一种大鱼，海豚肉只是一种食物。实际上，在70年代以后，日本食鲸肉的比例就在不断下降，直到目前食鲸肉的比例都非常有限。而对于食鲸肉的情况，日本《朝日新闻》在2006年有过统计，根据调查，在日本国民中，只有4%的人常常吃鲸鱼肉，有9%的人非常偶尔地吃鲸鱼肉，而有53%的人没有吃过，33%的人也永远不准备吃。为了重振“ 鲸文 化”, 日本政府开始对捕鲸业提供大力支持，每年不惜斥500万美元巨资 在国民中推广“食鲸文化”, 并在全国 设立专门的“鲸鱼美味协会”。
拯救日本：二战后日本国民对鲸肉的实际依赖一度达到70%，日本老人对鲸肉有着特殊的感情
古代日本的生产力不发达，捕鲸的数量极为有限，所以捕鲸乃至吃鲸肉的传统仅限于沿海地区。鲸肉在日本全国范围内的推广是在第二次世界大战结束后。二战后日本经济崩溃，民不聊生，民众的营养缺乏至极。麦克阿瑟下令盟军司令部放松对日本渔船捕鱼范围的限制，允许它们在小笠原群岛和硫磺列岛周围捕鲸，大量捕鲸帮助日本解决饥饿问题。
在二战前后极端困难时期, 鲸鱼肉一度大大缓解了日本的粮食危机，并为当时的日本人提供了宝贵的蛋白质。根据東京农业大学名誉教授小泉武夫的著作《鲸鱼救国》一书，1947年，在日本食肉供给量中，鲸鱼占动物性蛋白质供给的46~47%，而在捕鲸量达到顶峰的57年-62年，在动物性蛋白的来源获取上，日本国民对鲸肉的实际依赖达到70%。甚至在1954年，日本学校午餐法要求在义务教育（小学和初中）阶段提供鲸鱼肉，以改善日本儿童的营养。现在，日本许多60多岁的人，对鲸肉有一种特殊的感情。时至今日, 鲸鱼在日本人心目中仍然有着其他鱼类所不可取代的地位, 鲸鱼肉博物馆、纪念碑、资料馆林立于全国各地。
商业捕鲸：在日本，捕杀海豚合法，2006年，有九成民众支持重开商业捕鲸，即便2012年，支持捕鲸人数也多于反对者
1986年以来，世界上大多数国家都禁止商业捕鲸，日本一直我行我素，目前日本的小型鲸类捕杀行为，在日本国内本身确实是合法的，2006年11月雅虎日文网站的民意调查则表明，竟有90%的日本人支持重开商业捕鲸。据《日本时报》报道，2012年10月，在日本研究中心面向全国展开的一项1200人的调查中，26.8%的人认为日本应该继续捕鲸，而只有18.5%的人表示捕鲸活动应该停止，而其余54.7%则表示无所谓。
科研捕鲸：日本人认为“科研捕鲸”是以研究为目的的“限量”捕鲸活动，将鲸肉作为食品投放与“科研捕鲸”不矛盾
由于《国际捕鲸管制公约》对以科研为目的的捕鲸给与了豁免，《濒危野生动植物种国际贸易公约》也允许科研捕鲸获得的附录Ⅱ所列鲸类标本的贸易。而一旦被确定是科研目的，则《生物多样性公约》中各项义务的违反亦不存在。日本人认为, 他们的“科考”行为符合世界捕鲸委员会1986 年通过的《全球禁止捕鲸公约》, 该公约只是严格禁止世界各国进行商业捕鲸，但并未禁止“ 以研究为目的”的“限量”的捕鲸活动。日本水产厅官员森下丈二就解释说，采用致死性取样的主要目的是计算小须鲸的群体参数和进行摄食生态学的研究……需要通过选择性地减少某些物种的数量来保护渔业资源，促进一些经济价值更高的种类（如蓝鲸）的恢复。
曾任日本驻华大使馆新闻文化中心主任的井出敬二也在接受采访时表示，把鲸肉利用为食品投放在市场上，这和“科学捕鲸”并不矛盾。在2001年，社团法人新情报中心对国民进行的捕鲸问题调查表明，有75.5%的日本人赞成世界各国科学捕鲸，反对的只有9.9%，而对日本沿海科学捕鲸有71.9%的人表示赞同。
地方产业：捕鲸是太地町等地支柱产业，沿太平洋地区有捕鲸船1000艘，工人10万
据日本鲸类研究所的统计数据, 日本鲸肉供给量已从上世纪90年代的1700多吨增加到2006年的5500吨。围绕捕鲸活动, 日本已形成了颇具规模的产业和市场。捕鲸产业在日本经济中的作用微乎其微，但对沿海地区的经济影响却十分重要。目前, 日本仅太平洋地区就有捕鲸船1000艘, 工人10万, 并拥有北海道函馆市、和歌山县太地町以及山口县下关市等六个捕鲸基地。其中，太地町是一个非常小的乡村城镇，没有其他的主要产业，捕猎海豚是他们的谋生手段，许多人靠此生存。
危害程度：宽吻海豚有60万头且“无危”，由于设定捕杀数量限制，太地町的捕杀量不会对其种群数量造成影响
目前日本小型鲸类捕杀行为，本身确实是合法的，也难以站在生态角度谴责，因为它们的数量并未受到捕猎的影响。在《海豚湾》这部电影中多次指责国际捕鲸委员会（IWC）不把在太地町被屠杀的宽吻海豚等小型鲸类列入禁捕名单。但宽吻海豚分布极广，十分常见，国际自然保护联盟（IUCN）将它列入“无危”，并估计全世界种群数量至少也有600,000只，西北太平洋约有168,000只，哪怕仅日本海岸也有4万只，太地町的捕杀量无法造成影响。日本水产厅认为，日本近年来捕鲸的数量有所减少，为了防止滥杀，每个地方政府都会设定捕杀数量限制。对座头鲸等较珍稀的鲸类，日本已于2007年12月21日宣布不再捕杀。
海洋资源：对南极小须鲸的捕杀可以有效巩固蓝鳍金枪鱼的种群数量，进而保证日本进口需求
对于严重依赖渔业资源的国家，特别是日本，捕鲸确实包括了人与鲸鱼“争夺”渔业资源的涵义。在2001年的一次IWC会议上，日本水产厅官员森下丈二在解释为何反对南极小须鲸管理政策时表示：“这对南大洋蓝鳍金枪鱼的管理是非常不利的。”蓝鳍金枪鱼其市场几乎全部在日本。由于生长缓慢和过度捕捞，全球具有繁殖能力的蓝鳍金枪鱼数量近年大大减少。2007年，国际大西洋金枪鱼保护委员会一份独立审查报告说，日本当年进口3.2万吨蓝鳍金枪鱼，而当年大西洋可供捕捞的蓝鳍金枪鱼只有2.95万吨。SC成员克拉彭认为，这一幕暴露了日本捕鲸业和其他海洋资源控制之间千丝万缕的关系。作为一个极度依赖海洋资源的岛国，离开了捕鲸业，日本的渔业政策就得不到保障。对于日本而言，捕鲸更像是一场海洋资源的战争。
外部因素：日本的“科研捕鲸”得到了中国等国支持，中国曾在日本“取消小型鲸豚类保护”提案中投了赞成票
很多人以为自身并不捕鲸的中国“理所当然”应站在反对日本一边，但其实并不这么简单。事实上，自2000年以来，在IWC历届会议的争吵中，中国和韩国、俄罗斯等日本的周边国家都一直支持日本“科学捕鲸”的计划。例如，在2000年，中国代表团在国际捕鲸委员会的年会上支持了日本60个提案中的59个，而在2006年的IWC年会上，日本曾提出“将大会投票程序由公开转为秘密投票”及“取消小型鲸豚类保护”两个提案，中国都投了赞成票，对要求IWC“恢复正常化”即允许重开商业捕鲸的《圣其茨和尼维斯岛宣言》投了弃权票。正是中国在这个提案上投了弃权票，结果反捕鲸力量以32:33一票之差败给以日本为首的捕鲸国集团。按照法定程序，重开商业捕鲸禁令需要75%以上的选票，因此即使票数过半，日本也未能如愿以偿。
根据联合国环境规划署自然保护监测中心（UNEP-WCMC）的数据，从1975年到2012年，日本报告出口了668头活海豚，其中，330头出口到中国大陆，46头到韩国，34头到美国，27头到香港，25头到台湾，其它国家进口数量较少。
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