中藥材市場價格受自然條件和病情發生情況、人為炒作等因素影響起伏很大。部分品種短時間內（半年或一年）可以漲幾倍，甚至幾十倍，帶動種苗價格同時漲落。當種植戶選擇的品種正處於高位時，種苗投資成本增加，當藥材品種出現價格暴跌時，就很容易出現虧損。因此中藥材品種選擇是關鍵，是賠是賺關鍵在選擇品種。
品種選擇應該符合以下幾點：
如清熱解毒、心腦血管和高血脂類藥材，如丹參、黃芪、黃芩、板藍根、麥冬等；還有藥食兼用型桔梗、菊花、薄荷類等；還有部分品種屬於家種規模不大，技術要求較高的品種，如石斛、旱半夏、天南星等，這類品種一般對技術要求較高、投資較大、種植面積不大、價格較高而且穩定。這些品種對於有資金實力的種植戶較為適宜，還有生長週期較長適宜于山地、丘陵、坡地種植的品種如梔子、山萸肉、皂刺、金銀花等，這類品種屬於多年生品種，一次投入多年受益。因為週期較長，可以考慮在荒山、坡地、丘陵地栽種，林下套種週期短的中藥材來彌補收益。
2.價格波動不大、長期穩定的、無人為炒作因素的品種適宜種植。
因為某些品種受炒作或者自然災害等因素影響出現暴漲暴落，價格極其不穩定，比如太子參、三七、黨參、白朮、桔梗等品種不適宜選擇。這類藥材因種植面積、庫存和自然因素等原因，其價格變動較快較大。而紫丹參、玄參、生地、柴胡、天南星、旱半夏、薏米、薄荷等品種，由於種植面積和用量等因素決定其價格比較穩定，適宜種植。
3.技術難度不大，管理省工的品種。
有些藥材品種因為技術難度較高，草害、病蟲害較為嚴重，人工成本投入較大，不宜規模種植。如桔梗、徐長卿等種籽類品種，這些品種播種時需淺播。尤其是春季種植需要覆蓋麥草或者薄膜，否則出芽率不高，而出苗後還要投入大量人工除草，管理複雜影響產量，一般達不到預期效益，多數規模種植戶出現虧損現象。而芽苗類種植品種，如紫丹參、玄參、紫苑、天南星、薄荷、新品種白芍、牡丹、皂刺等相比較技術要求不高、管理容易、人工成本較低、效益也較突出，屬於可以選擇的種植品種。
4.品種選擇還要結合當地土壤、氣候、水、肥等條件。
一般沙質土壤北方適宜種植根莖類藥材，如丹參、天南星、牡丹、白芍、紫苑、柴胡、板藍根等，這類藥材對土壤要求疏鬆、肥沃、富含有機質和水分，生長期長而產量較高。南方紅土壤和山地適宜種植果實、種籽類藥材，坡地和貧瘠的山地適宜種植全草類藥材，如車前草、薄荷、貓爪草、蒲公英等，而山地則適宜種植皂刺、山萸肉等藥材。
5.品種選擇還要注意易於採收和加工。
規模種植中藥材一定要考慮自身條件是否具備採收、晾曬和儲存、加工等條件。如種植金銀花面積超過1000畝，就要考慮人工是否滿足採收要求，加工、晾曬是否及時等；薏米種植在500畝以上要考慮晾曬和儲存倉庫等問題。
以上幾點是種植中藥材品種選擇時必須考慮的因素，否則會出現價格風險、中藥材質量和產量不符合期望值、投入成本大而收益低，極易出現虧損局面。
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