劇場版以針對東京峰會會場的大規模爆炸案為開端，講述了身為偵探的柯南與公安警察從正面發生衝突的故事。小五郎被捕入獄表白妃英理，小蘭因此是崩潰，唯一可以揭開真相的柯南破案途中遇到被稱為zero的人，敵友難分！每個人都有自己想要守護的東西，所以拼上性命也在所不惜！
為東京峰會召開地的東京灣新設施“Edge of Ocean”。在峰會召開的5月1日有約2萬名警察出動的這一超巨大設施，發生了大規模爆炸案！那裡，有從屬於指揮全國公安警察、俗稱為“零”的警察廳秘密組織的安室透的身影。秘密暗中出動的安室的神秘行動令柯南不禁感到蹊蹺。根據現場留下的作為證據的指紋，犯人被斷定為曾在警視廳就職的毛利小五郎！與安室圍繞小五郎的逮捕開始敵對的柯南聽說了過去安室曾將嫌疑人逼至自殺的奇妙案件。隨後在決定起訴小五郎的那時，在戒備森嚴的東京都內，同時爆發了多起難以理解的恐襲！柯南和公安警察正接近著隱藏在案件後的陰謀，峰會召開那天也被確定是大型無人探測器“天鵝”完成在火星的任務返回地球的日子。究竟，迫近的X日會發生什麼？神秘的存在——安室透，究竟是敵人，還是夥伴？
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