2003年，剛剛離開校園的吳亞馨便以廣告模特的身份開始了個人的演藝生涯，此後一段時間吳亞馨參與了各式各樣的時尚發佈會，並擔任了眾多歌手音樂錄影帶的女主角。
2006年，吳亞馨出演了個人的首部影視作品，她與明道、張芯瑜、楊雅筑共同出演了浪漫愛情偶像劇《星蘋果樂園》，並在劇中飾演了身材火辣卻充滿心計的小馨 。
2008年，吳亞馨開始擔任旅遊時尚節目《來去日本》的主持人。
2009年，吳亞馨與郭品超、明道、李小璐合作主演了都市愛情劇《敲敲愛上你》，[3]吳亞馨在劇中飾演了精明幹練的女主角姚子望 ；隨後，吳亞馨又與楊丞琳、羅志祥、李威共同出演了都市愛情喜劇《海派甜心》，劇中吳亞馨飾演了優雅迷人的美麗校花莫莉 ；[4]同年，吳亞馨還與林佑威、戴君竹、黃鴻升合作出演了內地年代劇《我在1949等你》
10年，吳亞馨先是與陸毅、韓智慧、劉牧聯袂主演了愛情懸疑劇《天堂秀》，吳亞馨在劇中飾演了美麗睿智的女強人袁斯朗 ；
2011年，吳亞馨在與朱孝天、陳妍希、吳中天合作主演的都市言情劇劇《記得，我們有約》中飾演了外表美麗嫻淑內心卻冷酷強悍的夏寶兒 ；
2012年，吳亞馨與林心如、汪東城、林更新聯袂主演的現代都市劇《姐姐立正向前走》中飾演了沈沛妮 ；同年，吳亞馨因被捲入李宗瑞迷姦案而宣佈暫別演藝圈 。
2013年，吳亞馨復出並與廖柏翔、黃健瑋共同出演了電視短劇《閉鎖鏈》 ；同年，吳亞馨又出演了迷你偶像劇《久戀不婚》；
2014年，吳亞馨與邱品程、陳尚澤、範峻銘等藝人合作主演了熱血校園劇《一代新兵之八極少年》，劇中吳亞馨飾演了年輕優秀的熱血助教蘇絲琪
2015年，吳亞馨主演了臺灣藝術大學電影學系100級畢業短片《珊迪不遲到》，並在片中飾演了外表亮眼且身材姣好卻脾氣暴躁高人氣歌手程穎佟。
吳亞馨美貌與性感兼具，雖然是模特出身，但她卻憑著在戲劇與主持方面的努力成功轉型，同時她也憑藉在多部影視劇中的不俗表現，得到了業內人士與觀眾的肯定和喜愛
在電視劇《天堂秀》中吳亞馨飾演了一位職業新女性，她在劇中的表演不僅大方得體、性感嫵媚，同時也把人物的修養和睿智演繹的非常到位
2012年吳亞馨因捲入李宗瑞事件而暫別演藝圈。
015年，吳亞馨主演了喜劇短片《珊迪不遲到》。
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