1969年中蘇發生珍寶島事件，林副統帥下達了“1號命令”，東北成了對蘇前線。根據由林下令成立的“軍委辦事組”的指示，國防科委命令“哈軍工”分散南遷。1970年“哈軍工”導彈工程系、電子工程系、計算機工程系以及院直機關內遷長沙，成立“長沙工學院”(現國防科技大學)。“哈軍工”原子工程系與“哈工大”合併，歸屬於國防科委二機部，內遷四川，組建重慶工業大學；空軍工程系遷往西安與西北工業大學合併，歸屬於國防科委三機部；原定海軍工程系遷至武漢，“軍工大院”是軍產劃歸黑龍江省軍區。後來由於種種原因海軍工程系留在了哈爾濱，組建“哈爾濱船舶工程學院”，後來發展成為現在的“哈爾濱工程大學”。
哈軍工舊址
“哈軍工”，建校最初的出發點，是為新中國軍隊培養大批軍事技術人才。1952年3月建校，它的全稱是“中國人民解放軍軍事工程學院”，校址設在哈爾濱，簡稱“哈軍工”。
1953年迎來第一批學員，直到1970年，哈軍工南遷，分拆為多所院校，哈軍工就不復存在了。哈軍工這18年的歷史，共有兩個黃金期。一個是1954年-1957年，通過全國高考招生。1958年“大躍進”開始後，哈軍工擴招，並改為組織保送，家庭出身成了主要標準，這就導致一些“關係戶”進入，綜合質量明顯下降。從哈軍工畢業的學生約有1.6萬人，高幹子女有1000多人，大多是在空軍、原子彈、導彈研究等系。
1961年招生，走後門的幹部子弟如大潮一般湧來，校長劉居英焦頭爛額，上報給總參謀長羅，羅又呈報給周。兩人對此事均做了批示，向全軍下發文件，要求杜絕這種行為，這場風波震動全國。為此，劉居英得罪了不少首長。
1962年12月1日，湖北省公安廳查獲一封用化名同泰國曼谷的美蔣特務機關聯絡的信件，經過湖北省公安廳和公安部反覆調查和鑑定，最後的目標鎖定在哈軍工導彈工程系學員陳東平的身上。
湖北省委和總政黨委對此案極為重視，省委第一書記王任重和總政肖華副主任親自抓案件的核實工作。在證據確鑿、滴水不漏之後，1963年3月18日，總政保衛部部長蔡順禮中將才率領工作組北上哈軍工，配合學院黨委處理此案。
陳東平是時任武漢軍區司令員陳再道上將的兒子，紈絝作風、有玩弄女性的惡習，案發後，被送去勞動教養。毛責令哈軍工為此寫了一份“高幹子女情況調查”，9名“落後”學生的家長，有3位上將、一位中將、一位少將、兩位省委書記、一位省長。那位省長比較突出，他的一兒一女都榜上有名。
為此，一些被點名的高級幹部大動肝火，一位大軍種上將司令員指著劉居英的鼻子大罵。後來哈軍工於1966年退出軍隊序列，改名為哈爾濱工程學院，直至最後被拆分，也與此事件有一定關係。
哈軍工解體之後衍生出來的學校：
國防科學技術大學：1970年，原軍事工程學院主體（院直領導機關、4個系及基層單位，“合法取得最多軍工院系完整建制”）南遷到長沙，成立長沙工學院，1978年改建為中國人民解放軍國防科學技術大學，習慣簡稱為“國防科技大學”或“國防科大”，也稱“長沙國防科大”。1999年4月，長沙炮兵學院、長沙工程兵學院和長沙政治學院併入原國防科學技術大學，組建新的國防科學技術大學，升格為大軍區級單位，直屬中央軍委管轄。國防科大繼承了“哈軍工”精華加之其強大的學術科研實力，堪稱“真正的哈軍工”；
南京理工大學：1960年，由原軍事工程學院炮兵工程系（二系）遷到武漢組建中國人民解放軍炮兵工程學院。1962年遷至南京，1966年退出部隊建制，改名為華東工程學院。1984年改名為華東工學院。1993年更名為南京理工大學。現隸屬國防科學技術工業委員會。
裝甲兵工程學院：1961年，原軍事工程學院裝甲兵工程系（四系）遷至西安擴建為裝甲兵工程學院。1969年遷至北京改稱為坦克技術學校，1978年又改建成裝甲兵技術學院。現隸屬中國人名解放軍總裝備部。
解放軍理工大學工程兵工程學院：1961年，原軍事工程學院工程兵工程系（五系）遷至西安成立工程兵工程學院。1969年遷至南京改名為工程兵技術學校，1978年恢復為工程兵工程學院。1997年，與原通信工程學院、空軍氣象學院、總參第六十三研究所合併組建解放軍理工大學。現為解放軍理工大學的一個分院。現隸屬中國人民解放軍總參謀部。
防化指揮工程學院：1961年，在原軍事工程學院原子化學防護系的基礎上，在長春成立了防化學兵工程學院。1962年南京軍事學院防化學系併入該院．並更名為防化學院。1969年防化學兵學院與防化學兵學校合併．在北京成立了防化技術學校，1975年更名為防化學校。1977年9月，擴編為防化學院。1986年改名為防化指揮工程學院。現隸屬於中國人民解放軍總參謀部。
哈爾濱工程大學：1970年，海軍工程系（三系）全建制及原軍工其他各機關係部的部分幹部教師（“獲得哈軍工最多‘中國王牌’師資”），在“哈軍工”原址組建“哈爾濱船舶工程學院”，簡稱“船院”，曾經船舶工程上所建樹，尚能與那時的哈工大一爭高低的學院。不像現在的哈工程大，面對灼灼逼人的哈工大，毫無還手之力，早已不是一個級別的對手了，多少年除了“水下機器人”還有什麼能拿得出手？可悲可嘆！1994年，更名為哈爾濱工程大學。現隸屬國防科學技術工業委員會。
“哈爾濱船舶工程學院”的建立標誌著“哈爾濱軍事工程學院”（哈軍工）正式解體。
從1953年建校到1970年拆校分建，哈軍工只存在了17年。40多年後的今天，“哈軍工”這個名字幾乎湮沒在人們的記憶中，然而“哈軍工”的精神仍然在激勵著和“哈軍工”有著血脈親情的後生們。
與哈軍工相關的學校還有：
海軍工程大學（部分專業）
解放軍理工大學空軍氣象學院（部分專業）
空軍工程大學（西安）（部分專業）
中國人民解放軍軍械工程學院（部分專業）
第二炮兵指揮學院（部分專業）
西北工業大學（部分專業）
1966年，文革爆發，哈軍工被迫退出軍隊序列，並更名為哈爾濱工程學院，1970年哈爾濱工程學院空軍工程系部分併入西北工業大學航空系（另有部分併入空軍工程學院），成為西北工業大學航空系的一部分。
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