1969年中苏发生珍宝岛事件，林副统帅下达了“1号命令”，东北成了对苏前线。根据由林下令成立的“军委办事组”的指示，国防科委命令“哈军工”分散南迁。1970年“哈军工”导弹工程系、电子工程系、计算机工程系以及院直机关内迁长沙，成立“长沙工学院”(现国防科技大学)。“哈军工”原子工程系与“哈工大”合并，归属于国防科委二机部，内迁四川，组建重庆工业大学；空军工程系迁往西安与西北工业大学合并，归属于国防科委三机部；原定海军工程系迁至武汉，“军工大院”是军产划归黑龙江省军区。后来由于种种原因海军工程系留在了哈尔滨，组建“哈尔滨船舶工程学院”，后来发展成为现在的“哈尔滨工程大学”。
哈军工旧址
“哈军工”，建校最初的出发点，是为新中国军队培养大批军事技术人才。1952年3月建校，它的全称是“中国人民解放军军事工程学院”，校址设在哈尔滨，简称“哈军工”。
1953年迎来第一批学员，直到1970年，哈军工南迁，分拆为多所院校，哈军工就不复存在了。哈军工这18年的历史，共有两个黄金期。一个是1954年-1957年，通过全国高考招生。1958年“大跃进”开始后，哈军工扩招，并改为组织保送，家庭出身成了主要标准，这就导致一些“关系户”进入，综合质量明显下降。从哈军工毕业的学生约有1.6万人，高干子女有1000多人，大多是在空军、原子弹、导弹研究等系。
1961年招生，走后门的干部子弟如大潮一般涌来，校长刘居英焦头烂额，上报给总参谋长罗，罗又呈报给周。两人对此事均做了批示，向全军下发文件，要求杜绝这种行为，这场风波震动全国。为此，刘居英得罪了不少首长。
1962年12月1日，湖北省公安厅查获一封用化名同泰国曼谷的美蒋特务机关联络的信件，经过湖北省公安厅和公安部反复调查和鉴定，最后的目标锁定在哈军工导弹工程系学员陈东平的身上。
湖北省委和总政党委对此案极为重视，省委第一书记王任重和总政肖华副主任亲自抓案件的核实工作。在证据确凿、滴水不漏之后，1963年3月18日，总政保卫部部长蔡顺礼中将才率领工作组北上哈军工，配合学院党委处理此案。
陈东平是时任武汉军区司令员陈再道上将的儿子，纨绔作风、有玩弄女性的恶习，案发后，被送去劳动教养。毛责令哈军工为此写了一份“高干子女情况调查”，9名“落后”学生的家长，有3位上将、一位中将、一位少将、两位省委书记、一位省长。那位省长比较突出，他的一儿一女都榜上有名。
为此，一些被点名的高级干部大动肝火，一位大军种上将司令员指着刘居英的鼻子大骂。后来哈军工于1966年退出军队序列，改名为哈尔滨工程学院，直至最后被拆分，也与此事件有一定关系。
哈军工解体之后衍生出来的学校：
国防科学技术大学：1970年，原军事工程学院主体（院直领导机关、4个系及基层单位，“合法取得最多军工院系完整建制”）南迁到长沙，成立长沙工学院，1978年改建为中国人民解放军国防科学技术大学，习惯简称为“国防科技大学”或“国防科大”，也称“长沙国防科大”。1999年4月，长沙炮兵学院、长沙工程兵学院和长沙政治学院并入原国防科学技术大学，组建新的国防科学技术大学，升格为大军区级单位，直属中央军委管辖。国防科大继承了“哈军工”精华加之其强大的学术科研实力，堪称“真正的哈军工”；
南京理工大学：1960年，由原军事工程学院炮兵工程系（二系）迁到武汉组建中国人民解放军炮兵工程学院。1962年迁至南京，1966年退出部队建制，改名为华东工程学院。1984年改名为华东工学院。1993年更名为南京理工大学。现隶属国防科学技术工业委员会。
装甲兵工程学院：1961年，原军事工程学院装甲兵工程系（四系）迁至西安扩建为装甲兵工程学院。1969年迁至北京改称为坦克技术学校，1978年又改建成装甲兵技术学院。现隶属中国人名解放军总装备部。
解放军理工大学工程兵工程学院：1961年，原军事工程学院工程兵工程系（五系）迁至西安成立工程兵工程学院。1969年迁至南京改名为工程兵技术学校，1978年恢复为工程兵工程学院。1997年，与原通信工程学院、空军气象学院、总参第六十三研究所合并组建解放军理工大学。现为解放军理工大学的一个分院。现隶属中国人民解放军总参谋部。
防化指挥工程学院：1961年，在原军事工程学院原子化学防护系的基础上，在长春成立了防化学兵工程学院。1962年南京军事学院防化学系并入该院．并更名为防化学院。1969年防化学兵学院与防化学兵学校合并．在北京成立了防化技术学校，1975年更名为防化学校。1977年9月，扩编为防化学院。1986年改名为防化指挥工程学院。现隶属于中国人民解放军总参谋部。
哈尔滨工程大学：1970年，海军工程系（三系）全建制及原军工其他各机关系部的部分干部教师（“获得哈军工最多‘中国王牌’师资”），在“哈军工”原址组建“哈尔滨船舶工程学院”，简称“船院”，曾经船舶工程上所建树，尚能与那时的哈工大一争高低的学院。不像现在的哈工程大，面对灼灼逼人的哈工大，毫无还手之力，早已不是一个级别的对手了，多少年除了“水下机器人”还有什么能拿得出手？可悲可叹！1994年，更名为哈尔滨工程大学。现隶属国防科学技术工业委员会。
“哈尔滨船舶工程学院”的建立标志着“哈尔滨军事工程学院”（哈军工）正式解体。
从1953年建校到1970年拆校分建，哈军工只存在了17年。40多年后的今天，“哈军工”这个名字几乎湮没在人们的记忆中，然而“哈军工”的精神仍然在激励着和“哈军工”有着血脉亲情的后生们。
与哈军工相关的学校还有：
海军工程大学（部分专业）
解放军理工大学空军气象学院（部分专业）
空军工程大学（西安）（部分专业）
中国人民解放军军械工程学院（部分专业）
第二炮兵指挥学院（部分专业）
西北工业大学（部分专业）
1966年，文革爆发，哈军工被迫退出军队序列，并更名为哈尔滨工程学院，1970年哈尔滨工程学院空军工程系部分并入西北工业大学航空系（另有部分并入空军工程学院），成为西北工业大学航空系的一部分。
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