どんなに恐ろしい武器を持っても、たくさんのかわいそうなロボットを操っても土から離れては生きられないのよ!
不管你擁有多麼驚人的武器，不管你擁有多少可憐的機器人，只要離開土地就沒辦法生存。
小姑娘希塔是傳說中“天空之城拉普達”的後裔，那曾是超越地上文明不知幾千年的空中文明，但不知為何，希塔的祖先離開“天空之城”，拋棄發達的科技，在地面上過起隱居的生活。而希塔嚮往著多彩的大千世界，她帶著母親的遺物——天空之石偷偷出走。
故事由希塔所坐的飛艇（可能被穆斯卡等特工局人帶走）遭到空中海盜的襲擊而開始。爭鬥中希塔從萬米高空的飛艇上跌落下來……事另外一個主人公少年巴魯是礦工機師的徒弟，這一天收工時，發現天上有個亮晶晶的東西正在慢慢地下落。是什麼？UFO？他飛也似的跑過去，發現是一個好可愛的女孩子，在一團藍光的包圍下從天上飄下來了……
第二天希塔在巴魯的房間裡醒來，發現房裡有一張“天空之城拉普達”的照片。這是巴魯的父親冒著生命的危險歷盡艱險才拍到的真正的天空之城，但除了斯威夫特之外，沒有人相信他。於是父親被世人當做瘋子在鬱鬱寡歡中去世了。巴魯發誓，一定要向他人證實，世上真的有天空之城存在！
然而嗅覺靈敏的海盜很快就找上門來了。接下來就是一段令人眼界大開的追捕與逃跑鏡頭，最後二人在眾目睽睽之下掉入萬丈深的礦井，希塔戴的天空之石又一次發光，令他二人安全飄落。礦井中，天空之石和井下的礦石發生共鳴，原來這裡曾是開採天空之石原料的地方，但提煉天空之石的技術，傳說只有拉普達的人才掌握著。
二人剛出礦井，就被軍隊的人抓住了。希塔被帶往要塞，在那裡一個叫穆斯卡的人給希塔看一個巨大的機器人，說是從天空之城掉下來的，憑當時的科技無法令它再啟動。當天晚上，希塔念起祖輩所流傳的尋求幫助的咒語，天空之石發出光，令機器人再次活起來，整個要塞變成火的海洋。
巴魯趁亂和海盜達成聯盟飛入要塞救出了希塔。匆忙中希塔丟失了天空之石，而穆斯卡得到了寶石，命軍隊按照寶石上聖光的指引，飛向天空之城。另一方，海盜媽媽從希塔的記述中算出了天空之城的方位，帶著希塔的二人乘海盜飛艇全速前進！
即將到達之時，忽然前方出現龍捲風，和穆斯卡的艦艇又狹路相逢，交戰中巴魯和希塔的滑翔機被捲入龍捲風裡
這裡是被上帝拋棄的領域，自然的恐怖與眾神的憤怒在這裡集結，飛越濃重的黑暗，在縱橫飛嘯的電光中，穿過閃電的迴廊，突破生與死的界限，命運之門再次敞開在少年的面前……龍捲風的中心，正是傳說中的飛鳥“天空之城拉普達”！這兒是寂靜的天堂，只有機器人值守的空中都市，植物和遠古生物的家園。
穆斯卡抓住了海盜們，也來到了拉普達，他迫希塔和他一起進入中央控制室，啟動黑石碑上的文字，即將開始他稱霸世界的野心。希塔搶回天空之石，為了阻止穆斯卡，她和巴魯一起念起毀滅一切的咒語:Punish。Laputa解體，邪惡和助紂為虐的武器系統一同化為大氣層的火球墜入海中，而澄清的“天空之石”載著拉普的生命之樹，上升到天空的盡頭……
而男主和女主靠樹根保住了性命，男女主角和海盜一家族都活了下來
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