1999年NBA選秀，肖恩·馬里昂在首輪第9順位被菲尼克斯太陽隊選中。在太陽對陣掘金的比賽中，馬里昂首發35分鐘，拿下14分14板3助攻2封蓋的數據，完成了自己的首秀。
第二年，馬里昂就坐穩了太陽隊的首發，出戰79場全部首發，場均36分鐘的時間可以拿下17.3分10.7板2助攻的數據。2001年2月14日，太陽對陣森林狼，肖恩·馬里昂得到新高的38分。可以說，馬里昂已經展露出明星選手的潛質了。太陽也不會放走馬里昂，2002年8月9日，肖恩·馬里昂6年7900萬美元續約太陽。02-03賽季，馬里昂也沒有辜負太陽隊的大合同，場均出戰41分鐘，拿下21.2分9.5板2.4助攻的數據，命中率達到了45.2%，三分命中率也有38.7%。
而後，馬里昂、阿馬雷·斯塔德邁爾、納什、喬約翰、理查德森等領銜的陣容成為21世紀跑轟戰術的創始者，一股極具觀賞的進攻狂潮成為太陽隊的代表，其中馬里昂就是之一。陣容中的每位選手都極具運動能力，可以說如今的勇士隊就是曾經太陽隊的仿版，小球球風和炮轟戰術有著千絲萬縷的關係。
05-06賽季，馬里昂來到了職業生涯狀態的巔峰，場均貢獻21.8分11.8板1.8助攻2搶斷1.7封蓋的數據，入選全明星和第三陣容。但是常規賽神擋殺神佛擋殺佛的太陽，在季後賽中總是被防守強悍的隊伍所擊敗，馬里昂在季後賽的得分也會略微比常規賽少上幾分，也是因為季後賽中強悍的對抗防守，讓進攻難度變的沒那麼容易。也正是太陽隊的屢屢失利，讓一眾球迷、球員、教練堅信，得防守者得季後賽，得總冠軍。07-08賽季，馬里昂狀態出現下滑，場均得分下降到了15.8分，也或許因為太陽隊在季後賽的幾次折戟，也讓太陽隊管理層萌生了變革的想法，馬里昂也在這一年別交易到了熱火。
在熱火和猛龍的三年裡，馬里昂也屬於在泥潭中徘徊，場均得分一再下降，狀態也是一日不如一日。也有人說，馬里昂之所以在太陽隊風生水起，是因為納什的原因盤活了他。
09-10賽季，馬里昂簽下5年3900萬美元奔赴小牛（如今的獨行俠），開啟了新的生涯。或許馬里昂自己也沒有想到，在小牛馬里昂以另外一種形式獲得新生。10-11賽季，馬里昂在小牛隊以替補出戰，場均28分鐘可以拿下12.5分6.9板1.4助攻的數據，這種數據和他巔峰相比已經是天差地別，然而作為第二陣容的帶領人，馬里昂發揮多以進攻內線為主，不過馬里昂的狀態確實下滑太多，三分命中僅僅只有慘淡的15.2%，靠著進攻籃下的能力馬里昂整體命中有52%。不過這一年，馬里昂得到了自己生涯夢寐以求的總冠軍，在季後賽中，馬里昂選擇不投3分，0次三分出手，全部以進攻籃下的方式拿到分數，46.7%的命中率也算中肯。季後賽場均出場33分鐘貢獻11.9分6.3板2.1助攻，輔佐諾維茨基拿到了小牛隊隊史的第一枚戒指。
這一年後，馬里昂的實力再度下滑，小牛和馬里昂都失去了再度衝擊總冠軍的能力。在完成了小牛隊剩餘合同後，馬里昂也淡出人們視線，或許大家都忘記最後一年他是在騎士效力。
雖然對別人的外貌指手畫腳會顯得沒有禮貌，但是馬里昂的確有著“望之不似人君”的容貌，和及其醜陋的投籃方式，也許有人會忘記馬里昂在太陽隊的神勇，忘記在小牛隊奪冠，但是馬里昂的投籃姿勢或許會被眾人所記住，所留念。4屆全明星，1枚總冠軍戒指，最佳第三陣容1次，或許人不可貌相，海水不可斗量，說的就是肖恩馬里昂。
人物評價：
肖恩·馬里昂彈跳驚人，速度如飛，意識出色。跑位飄忽，神出鬼沒地出現在籃球場的各個位置上。古怪而不識時務的三八式投籃。如果說太陽最有藝術感的是納什的傳球，那麼能與此匹敵的就是馬里昂的籃板和跑位。馬里昂身體素質很好，臂展驚人，擁有非凡的籃板才華。防守能力出眾，有很好的協防意識。缺點是缺乏個人持球進攻的能力，不喜歡身體對抗，很大程度上依賴助攻，三分命中率不穩定。——佚名
生涯數據：
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