1142年1月27日，宋高宗下達命令：“岳飛特賜死。張憲、岳雲並依軍法施行，令楊沂中監斬，仍多差兵將防護。”岳飛在大理寺獄中被殺害（宋代史料並無“風波亭”的記載），時年39歲；岳雲和張憲被斬首。岳飛的供狀上只留下八個絕筆字：“天日昭昭，天日昭昭！”
千古奇冤：
1141年（紹興十一年），金國在無力攻滅南宋的情況下，準備重新與宋議和。宋廷乘機開始打壓手握重兵的將領，尤其是堅決主張抗金的岳飛、韓世忠二人。完顏兀朮在給秦檜的書信中說“必殺岳飛，而後和可成”。
四月，張俊、韓世忠、岳飛三大將被調離軍隊，到臨安樞密院供職。
五月，張俊在和岳飛巡視楚州韓世忠的軍隊時，暗中挑唆岳飛，欲一同分解此軍，卻遭飛嚴肅回絕。秦檜又欲陷害韓世忠，飛再次保全了韓。 岳飛回朝後，即遭秦檜黨羽万俟卨、羅汝楫的彈劾，誣衊飛援淮西“逗留不進”、主張“棄守楚州”，要求免除岳飛樞密副使之職。八月九日，岳飛被罷樞密副使，充“萬壽觀使”的閒職 ，飛自請回到江州舊居賦閒。
岳飛此時已無兵無權，但對他的迫害卻仍在步步緊逼。在秦檜授意下，張俊利用岳家軍內部矛盾，威逼利誘都統制王貴、副統制王俊先出面首告張憲“謀反”，繼而牽連岳飛。
張俊私設公堂，向張憲嚴刑逼供，毫無結果之下，竟捏造張憲口供“為收岳飛處文字謀反”。岳飛在江州居留，為時甚短，就接到宋廷命令，召他回“行在”臨安府。十月十三日，岳飛被投入大理寺（原址在今杭州小車橋附近）獄中，此前其長子岳雲也已下獄。
岳飛義正詞嚴地面對審訊，並袒露出背上舊刺“盡忠報國”四大字，主審官何鑄見此，亦為之動容。何鑄查得嶽案冤情，如實稟告秦檜。秦檜卻說：“此上（高宗）意也！”改命万俟卨主審此案。
卨用盡手段，也無法使岳飛三人屈招一字。飛寧死不自誣，乃至以絕食抗爭，經其子嶽雷照顧，才勉強支撐下來。
十一月初七日，宋金“紹興和議”達成：由宋向金稱臣，將淮河以北的土地全部劃歸金國，並每年向金貢奉銀絹各二十五萬兩匹。
和議雖已達成，但岳飛始終未能被釋放。万俟卨等逼供不成，為了坐實冤獄，又為岳飛羅織搜剔了所謂“指斥乘輿”、“坐觀勝負”等數條罪名，欲將飛一舉定為死罪。
大理寺丞李若樸、何彥猷以飛為無罪，與万俟卨竭力爭議，均遭罷官處分。布衣劉允升上書為飛申冤，被下大理寺處死。已賦閒的韓世忠因岳飛入獄之事質問秦檜，檜回答：“飛子云與張憲書雖不明，其事體莫須有。”世忠忿然道：“相公，‘莫須有’三字，何以服天下？”
十二月廿九日（1142年1月27日），宋高宗下達命令：
“岳飛特賜死。張憲、岳雲並依軍法施行，令楊沂中監斬，仍多差兵將防護。 ”
岳飛在大理寺獄中被殺害（宋代史料並無“風波亭”的記載），時年39歲；岳雲和張憲被斬首。岳飛的供狀上只留下八個絕筆字：“天日昭昭，天日昭昭！”
岳飛的死訊傳出，百姓們都為之哭泣，消息傳到金國，金國大臣們為此酌酒慶賀，並說：“和議自此堅矣！”
岳飛被害後，獄卒隗順冒險將岳飛遺體背出杭州城，埋在錢塘門外九曲叢祠旁。隗順臨終前，始將此事告知其子。 1162年（紹興三十二年）宋孝宗即位，岳飛冤獄終於平反。隗順之子告以前情，乃將飛以禮改葬在西湖棲霞嶺。1178年，宋廷為岳飛追贈諡號“武穆”，宋寧宗時追封為鄂王，宋理宗時改諡忠武。
岳飛雖然被殺害了，但他的業績不可磨滅。岳飛表達了被侵犯民族的要求，堅持崇高的民族氣節，堅持了抗金的正義鬥爭，為漢民族的文明綿延起了中流砥柱的作用！岳飛聯合抗金軍民一道，保住了南宋半壁河山，使南中國人民免遭金人的蹂躪，從而保住了高度發展的中國經濟和文化，並使之得以繼續向前發展。
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