造成工程欠款的原因多種多樣，其中甚至夾雜行政干預、項目主管的私心。但就通常而言，主要有以下幾個方面的原因造成。
1、監理工程師方面的問題。施工單位要想得到業主的工程進度款，必須先得到監理工程師對工程質量和進度的肯定。但是有些監理工程師素質不高，將業主賦予的權力看作是獲取私利的工具，只有施工單位滿足了監理工程師的私慾後，才能得到本該得到的工程進度款。
2、施工單位的問題。施工單位項目經理責任心不強，對工程進度的統計工作不夠重視，少報、漏報的現象時有發生，造成報表不準確。
3、業主方面的問題。
(1)有些工程的業主是由政府或集體單位，該項目的主管將手中的權利看作是謀取私利的工具，當施工企業沒有滿足主管的不合理要求時，就無法得到本該得到的工程進度款。
(2)當前的建築市場是工程少，而施工企業多的“僧多粥少”的局面，有些建設單位利用施工單位急於承攬工程的心理，在建設資金不完全到位，甚至只有很少建設資金的情況下，許下許多美言並與施工單位簽定合同，在合同實施過程中，建設單位籌不到足夠的資金而拖欠工程進度款。
（3）對多個項目開展的進度情況把控不足，資金分配不合理，導致該及時付的沒有付，可以緩一下的提前付了，從而使得資金永遠處於一個拖欠狀態。
要管理好工程進度款，大致有以下對策：
1、提高監理工程師的素質。監理工程師要有高度的責任心，嚴格地按照有關法律、法規公正地進行監理，杜絕一切不正之風。同時，國家有關部門應加強對監理單位的資質審查和日常管理，加大處罰力度；監理單位也要加強對現場監理工程師的監督和管理，堅決撤換不稱職的監理人員。
2、施工企業應加強對工程項目的管理。施工企業在加強對工程管理人員管理的同時還應將所有在建工程建立工程臺帳，每個工程每月根據倉庫和工地實際使用材料，按照與建設單位簽定合同時商定的材料價格和計價方式作出中間結算，對照工程合同，及時瞭解工程的實際進度，以便向業主催收工程進度款。
3、政府有關部門嚴格國家有關法律程序辦事，加強對建設工程的管理。對建設資金不到位的工程不予辦理工程開工，使那些有不良居心的發展商無機可乘。
4、加強對工程合同的管理，及時調解和化解矛盾。工程合同一經簽署，就具有法律效力，雙方就受合同的約束，應該自覺遵守。當雙方由於對合同條文的不同理解而產生爭執時，為了保證雙方的利益，雙方和有關主管部門應及時調解，化解矛盾，以利於工程的順利進行。
5、應該將信用制度引入建築市場，建設主管部門對拖欠工程進度款的業主，特別是房地產開發商的不良行為作記錄，並給予一定的處罰，直至取消其資格。
6、引入項目管理新理念-雲管理理念，通過協同辦公，清單計量等數據雲同步的功能特點來精簡項目審批流程；通過系統的自動結算和自動臺賬的功能來減少在數據統計和糾錯上消耗的時間，通過對現場的質量安全監控和監測系統來減少因為質量問題帶來的復工風險；通過彙總的大數據分析從而可以方便了解到各個工程項目的進度情況，合理安排資金的調配，讓各項目的進度款結算更便利迅捷。
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