硝化細菌的作用絕對不是單純的淨水，他是一個水族生態的關鍵。剛建立的新缸並不存在這些有益的細菌。當你把買來的硝化菌倒如水中的時候，細菌開始在裡面繁殖，這是一種有益菌，通過他建立一種生物過濾系統，以自然分解水中的底質和有害物質。當然這需要一段的時間，讓這些細菌繁殖，直到他足以處理魚兒的排洩物。
而這些細菌的繁殖速度，草缸要比裸缸相對快的多。裸缸必須有良好的物理過濾，然後通過硝化細菌在濾材中的繁殖，再起到生物過濾的效果。一旦生物過濾建立好了，才真正開始了你的氮循環。這樣一個氮循環的過程有時需要幾周，甚至更長的時間.硝化菌的生活空間遭到其它異營性細菌的排擠壓力，導致硝化菌族群無法持續發展，乃至有逐漸萎縮趨勢。有機物汙染不但會影響硝化細菌生長，也會引來異營性細菌，逼使它們不得不撤離家園，重覓他處尋求發展.
絕大多數硝化細菌比較喜歡生長在弱鹼性的環中，其ph值約7.5~8.2。ph值會影響硝化細菌生長與繁殖。亞硝酸菌ph範圍7.0~8.0，最佳平均是7.8。硝酸菌範圍約6.5~8.5。硝化菌合適體溫約20~28度c，最適生長及繁殖溫度約25度c。一般硝化菌在溫度低於5度c及高於42度c就停止代謝作用，超過此一範圍一般硝化菌很難存活。
硝化菌不像綠色植物及某些自營性光合細菌一般具有光合色素，因此不能利用日光進行光合作用合成有機物。不僅無法利用日光，反而會害怕日光照射。硝化細菌為了適應飢餓（缺少氨）帶來的壓力，硝化細菌中的亞硝酸菌會進行休眠，就是說在食物十分缺乏的情況下，它們可以做到暫時終止生理機能進行休眠，而這種休眠可以使亞硝酸菌延長大約兩年的壽命。在氨的濃度足夠的條件下，經過相當長的時間後，亞硝酸菌才會甦醒。在這裡提醒大家購買硝化細菌時候，根據硝化細菌的這個特點，如果是固體的硝化細菌，我推斷是休眠中的硝化細菌，是不會馬上見效的，推薦購買液體活菌.，如文章後面活菌液體，可根據自己消費買。
活菌可以維持水色，提高透明度，同時加強改底，這時候必須學會看水了，看增氧機打起來的水泡，而不是水花，就是水泡能漂多遠，越短越好，超過三，四米就要小心了。一旦遠了，不管水有多濃，趕緊硝化菌，否則兩三天就倒藻了。魚兒就有機會成為遇難者了！只要不倒藻養啥都好養。掌握這點魚兒生存的條件就有了。
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