第一，方士儒生都坑了，被坑的都是自己作的，誰叫他們自己坑蒙拐騙，還瞎嚼秦始皇舌根。始皇置酒咸陽宮，博士七十人前為壽。僕射周青臣進頌曰：“他時秦地不過千里，賴陛下神靈明聖，平定海內，放逐蠻夷，日月所照，莫不賓服。以諸侯為郡縣，人人自安樂，無戰爭之患，傳之萬世。自上古不及陛下威德。」始皇悅。博士齊人淳于越進曰：“臣聞殷周之王千餘歲，封子弟功臣，自為枝輔。今陛下有海內，而子弟為匹夫，卒有田常、六卿之臣，無輔拂，何以相救哉？事不師古而能長久者，非所聞也。今青臣又面諛以重陛下之過，非忠臣。”始皇下其議。丞相李斯曰：“五帝不相復，三代不相襲，各以治，非其相反，時變異也。今陛下創大業，建萬世之功，固非愚儒所知。且越言乃三代之事，何足法也？異時諸侯並爭，厚招遊學。今天下已定，法令出一，百姓當家則力農工，士則學習法令闢禁。今諸生不師今而學古，以非當世，惑亂黔首。丞相臣斯昧死言：古者天下散亂，莫之能一，是以諸侯並作，語皆道古以害今，飾虛言以亂實，人善其所私學，以非上之所建立。今皇帝並有天下，別黑白而定一尊。私學而相與非法教，人聞令下，則各以其學議之，入則心非，出則巷議，誇主以為名，異取以為高，率群下以造謗。如此弗禁，則主勢降乎上，黨與成乎下。禁之便。臣請史官非秦記皆燒之。非博士官所職，天下敢有藏詩、書、百家語者，悉詣守、尉雜燒之。有敢偶語詩書者棄市。以古非今者族。吏見知不舉者與同罪。令下三十日不燒，黥為城旦。所不去者，醫藥卜筮種樹之書。若欲有學法令，以吏為師。”制曰：“可。”
《史記.秦始皇本紀》以儒家博士淳于越的復古派認為，不遵循從前的制度風俗，是要吃大虧的，是不能長久的，簡直是世風日下，道德淪喪！他強烈要求始皇廢郡縣，置分封，並在政治提出一切都要師古，以周為復古榜樣。法家歷來主張尊法賤儒，擁護君主集權。李斯認為現在時勢不同了，治理的方法也應該變化。你們儒生啊，不師今而學古，道古以害今。整天就知道添亂，開歷史倒車。如果不禁止這種行為啊，你們就要蹬鼻子上臉啦，就不把始皇放在眼裡啦，你們儒生標榜私學互相勾結，反對國家法律教令，妄加議論，入朝時口是心非，出朝便在街頭巷尾議論，以汙衊君主來提高自己的聲望，以立異來顯示自己的高明。焚書焚的是哪些呢？
三類書：史官收藏的除秦國史料以外的其他六國的所有史料；儒家的《詩》、《書》；百家語。但是醫藥，算卦，農業方面的書並沒有焚燬。秦始皇沒有焚盡天下書，“非博士官所職，天下敢有藏《詩》、《書》、百家語者，悉詣守，尉雜燒之。”官方藏書沒有被燒，燒的是民間的。淳于越，伏勝，叔孫通等都是儒家博士官，掌管全國古今史事及書籍典章。而且一些儒生在秦之後，把以前背誦的書重新記錄下來，將原來藏的書又重新拿出來。所以民間焚書令的實際效力尚待考究，比如：“《古文尚書》者，出孔子壁中，武帝末，魯共王壞孔子宅，欲以廣其宮，而得《古文尚書》及《禮記》、《論語》、《孝經》凡數十篇，皆古字也。共王往入其宅，聞鼓琴瑟鍾磐之音，於是懼，乃止不壞。” ——《漢書·藝文志》西漢景帝劉啟末年（武帝末認為是記載有誤），魯恭王劉餘拆毀孔子舊宅來擴建其宮室，在孔氏牆壁中發現了古文《尚書》及其他經典，計有《尚書》四十六卷五十八篇，《逸書》十六篇，《禮古經》五十六卷，《逸禮》三十九篇，《禮記》一百三十一篇，《明堂陰陽》三十三篇，《王史氏》二十一篇，《春秋左氏傳》三十篇，《古孝經》一篇，《古論語》二十一篇。因為這些經書都是用戰國時六國文字寫成，與漢代通行的隸書相較被稱為“古文”。這就是歷史上有名的孔壁古文經。（秦始皇焚書時，孔子九代孫孔鮒將一些儒家經書，藏於孔子故宅牆壁中。）還要明確一點，焚書坑儒不是秦始皇首創的，就人類文明史而言，對書籍和讀書人的迫害時時都在發生從未中止。類似“焚書坑儒”這樣的舉動在中國歷史上既非第一次，更遠遠算不上最大的一次。“焚書“更早在秦始皇之前一個半世紀即已發生：在商君教引下秦孝公“燔《詩》、《書》而明法令”。如果我們重新查帳的話，秦始皇“焚書坑儒”的直接後果真算不得十分嚴重。第二，“焚書”和“坑儒”是兩回事。焚詩書，起於淳于越之諫；坑儒士，起自諸生為妖言
侯生盧生相與謀曰：“始皇為人，天性剛戾自用，起諸侯，並天下，意得欲從，以為自古莫及己。專任獄吏，獄吏得親倖。博士雖七十人，特備員弗用。丞相諸大臣皆受成事，倚辨於上。上樂以刑殺為威，天下畏罪持祿，莫敢盡忠。上不聞過而日驕，下懾伏謾欺以取容。秦法，不得兼方不驗，輒死。然候星氣者至三百人，皆良士，畏忌諱諛，不敢端言其過。天下之事無小大皆決於上，上至以衡石量書，日夜有呈，不中呈不得休息。貪於權勢至如此，未可為求仙藥。”於是乃亡去。始皇聞亡，乃大怒曰：“吾前收天下書不中用者盡去之。悉召文學方術士甚眾，欲以興太平，方士欲練以求奇藥。今聞韓眾去不報，徐巿等費以鉅萬計，終不得藥，徒奸利相告日聞。盧生等吾尊賜之甚厚，今乃誹謗我，以重吾不德也。諸生在咸陽者，吾使人廉問，或為訞言以亂黔首。”於是使御史悉案問諸生，諸生傳相告引，乃自除犯禁者四百六十餘人，皆阬之咸陽，使天下知之，以懲後。益發謫徙邊。始皇長子扶蘇諫曰：“天下初定，遠方黔首未集，諸生皆誦法孔子，今上皆重法繩之，臣恐天下不安。唯上察之。”始皇怒，使扶蘇北監蒙恬於上郡。 《史記.秦始皇本紀》
秦始皇三十五年，方士盧生、侯生等替秦始皇求仙失敗後，夥同復古派儒生們私下談論秦始皇的為人、執政以及求仙等各個方面，之後攜帶求仙用的巨資出逃。秦始皇知道後大怒，故而遷怒於方士，下令在京城搜查審訊，諸生招供違犯禁令者（即“偶語《詩》、《書》”，“以古非今”之類），牽涉了四百六十多人。秦始皇將他們皆坑殺於咸陽。這就是所謂的坑儒。第三 ，各家對始皇焚書坑儒的看法魯迅：秦始皇實在冤枉得很，他的吃虧是在二世而亡，一班幫閒們都替新主子去講他的壞話了。不錯，秦始皇燒過書，燒書是為了統一思想。但他沒有燒掉農書和醫書；他收羅許多別國的“客卿”，並不專重“秦的思想”，倒是博採各種的思想的。 劉大櫆：“博士之所藏具在，未嘗燒也。……
六經之亡非秦亡之也，漢亡之也。”。“書之焚，非李斯之罪，而項籍之罪也”。（《焚書辯》） 朱彝尊：秦本坑亂道之儒而非聖人之徒。 朱熹：秦焚書也只是教天下焚之，他朝廷依舊留得；如說“非秦記及博士所掌者，盡焚之”，則六經之類，他依舊留得，但天下人無有。 鄭樵：陸賈，秦之巨儒也。酈食其，秦之儒生也。叔孫通，秦時以文學召，待詔博士，數歲，陳勝起，二世召博士諸儒生三十餘而問其故，皆引春秋之義以對。是則秦時未嘗不用儒生與經學也。況叔孫通降漢時，自有弟子百餘人，齊魯之風亦未嘗替。故項羽既亡之後，而魯為守節，禮義之國則知。 梁啟超：“二事同為虐政，而結果非可以一概論。坑儒之事，所坑者咸陽四百餘人耳。且禍實肇自方士，則所坑者什九皆當如漢時文成、五利之徒，左道欺罔，邪諂以易富貴，在法宜誅也。即不然，襲當時縱橫家餘唾，揣摩傾側，遇事風生；即不然，如叔孫通之徒，迎合意旨，苟以取榮。凡若此輩，皆何足惜!要之當時處士橫議之風，實舉世所厭棄。雖其志節卓犖，道術通洽之士，亦較他時代為特多，然率皆深遁巖穴，邈與世絕矣。其僕僕奔走秦廷者，不問而知其為華士也。
始皇一坑正可以掃滌惡氛，懲創民蠹，功逾於罪也。” 呂思勉：在《管子·法禁》，《韓非子·問辨》兩篇中，早有焚書的主張。秦始皇及李斯就把他實行了。把關涉到社會、政治問題的“詩、書、百家語”都燒掉，只留下關係技術作用的醫藥、卜筮、種樹之書。涉及社會、政治問題的，所許學的，只有當代的法令；有權教授的人，即是當時的官吏。若認為始皇、李斯此舉，不合時代潮流，他們是百口無以自解的，若認為有背於古，則實在冤枉。他們所想回復的，正是古代“政教合一，官師不分”之舊。古代的情形是如此，清朝的章學誠是發揮得十分透徹的。坑儒一舉，乃因有人誹謗始皇而起，意非欲盡滅儒生，並不能與焚書之事並論。
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